Дон Хуан родился 24 февраля 1547 года в Регенсбурге, в Германии. Он был незаконным сыном римского императора Карла V и сводным братом короля Испании Филиппа II. Отнятый в раннем детстве у матери, дочери бюргера, он воспитывался при испанском дворе. После смерти Карла по завещанию отца Филипп II Испанский, относившийся к мальчику по?братски, признал его законным, представил двору и дал в 1559 году имя дон Хуан Австрийский. Предполагали, что он пойдет по церковной стезе. В 1561–1564 годах дон Хуан учился в университете Алькала, но больше увлекался военным делом. В 1564 году он поступил на морскую службу, в следующем — участвовал в освобождении Мальты от турок. В 1568 году в звании капитан?генерала — командующего эскадрой — дон Хуан выступил против берберских корсаров. В марте следующего года его назначили главнокомандующим испанских сил, пытавшихся покорить морисков (христиан мавританского происхождения) в Гренаде.

Тем временем турки отвоевывали один за другим острова, принадлежавшие Венеции. В 1570 году турецкие войска угрожали Кипру. Против них летом собрались в Кадиксе превосходящие силы Венеции, Испании и папы римского, насчитывавшие 197 галер, 1300 орудий, 48000 матросов и 16000 солдат. Однако союзники медлили, позволив туркам осенью овладеть Никосией и осадить Фамагусту, и, не приняв серьезных мер, на зиму вернулись в свои порты. Только небольшой отряд Кирини отогнал 12 турецких галер от Кипра. Обойдя берега острова, венецианцы истребили возведенные турками укрепления, но не имели сил деблокировать Фамагусту и вернулись на Крит.

Благодаря дипломатическим усилиям папы к кампании 1571 года была организована «Священная лига», в которой Испания брала на себя половину военных расходов, Венеция — треть, а папа — одну шестую. Подготовка флотов началась уже ранней весной. Так как принцы Анжуйский и Савойский отказались принять командование соединенным флотом, было решено назначить 24?летнего дона Хуана Австрийского. К 1571 году тот имел блестящую репутацию как самый храбрый, благородный и умный военачальник, который внимательно выслушивал советы и извлекал из них пользу, принимал твердые решения.

Уже в марте 1571 года 30 турецких галер прибыли на Родос, преграждая путь к Кипру. В мае на острове были сосредоточены 250 галер и армия из 80000 человек. Не дожидаясь падения Фамагусты, Али?паша с флотом и частью войск 13 июня появился у острова Милос, а затем у Крита. Однако усиленный до 60 галер отряд Кирини укрылся в укрепленном порте Канея. Турки высадились, разорили остров, но после перестрелки с гарнизоном отправились далее. Пока турки совершали набеги на острова и порты, союзники соединились в Мессине. С другой стороны, прибывший в Лепанто с флотом Али?паша получил ираде (указ) султана атаковать союзный флот.

К этому времени союзники в Мессине ожидали главнокомандующего, который прибыл 24 августа, совершив переход из Неаполя за двое суток. Сделав смотр флотам, дон Хуан разработал организацию сил и дал подробные инструкции относительно походного и боевого строя. В бою 200 галер развертывались в строй фронта на ширину около 5 миль, причем так плотно, чтобы между судами не могли пройти неприятельские галеры. Расстояние между эскадрами составляло четыре ширины галер. 6 галеасов выстраивали впереди галер и размещали на них по 100 аркебузиров. Каждая эскадра отличалась цветом вымпелов (синий, зеленый, желтый и белый — для резерва). В походе дозор выдвигали вперед на 20 миль днем и на 8 — ночью. Арьергард держался в миле от главных сил. Был назначен начальник тыла для помощи отстающим судам; эту должность по очереди выполняли командиры арьергарда. Галеасы составляли отдельный отряд, а грузовые нефы были выделены из построения, чтобы не задерживать перемещений.

26 сентября соединенный флот прибыл в Корфу. Узнав от высланных на разведку галер о том, что турки отделили 60 галер, дон Хуан хотел этим воспользоваться. Сначала он должен был пополнить запасы провизии на нефах путем реквизиций. 30 сентября флот перешел в бухту Коменица. Отправив людей на берег за провиантом, главнокомандующий развернул галеры вдоль берега носами в сторону входа; галеасы оберегали вход в бухту, а в море дежурили патрульные суда. Дон Хуан знал, что турки в Лепанто, хотя и не ведал их численности. С другой стороны, турецкие разведывательные суда преуменьшили численность союзников. На турецком военном совете некоторые предлагали Али?паше отказаться от боя и идти в Дарданеллы, рассчитывая, что осенью союзники к проливам не пойдут. Они опасались преимущества христиан в боевой подготовке, вооружении и снаряжении: аркебузы против луков, стальные доспехи. Молодой и храбрый турецкий главнокомандующий, игнорируя трудности, решил выполнить приказ султана.

3 октября 1571 года союзники вышли из Коменицы и 4 октября заняли порт Петала в заливе Аспро?Потамос, запирая турецкий флот. Они решили отомстить за взятие Кипра. Турецкий флот тем временем вышел из Лепанто и 6 сентября перешел в бухту Галата. Высланный на разведку Кара?Джали не смог подойти близко к союзникам, но сообщил, что их численность меньше, чем думали ранее.

Утром 7 октября 1571 года противники увидели друг друга. Союзники располагали 6 галеасами и 203 галерами. В сражении дон Хуан возглавил центр, тогда как левым флангом (53 галеры) командовал венецианец Барбарелло, а правым из 50 галер — генуэзец А. Дориа. На судах было до 80000 человек, в том числе 25000 солдат, вооруженных аркебузами. Венецианские галеасы были выдвинуты вперед, а позади центра, под командованием испанского адмирала Санта?Круса и сицилийского капитана Кардоны, был построен резерв (38 галер). Противостоящий турецкий флот включал до 230 галер и 66 галиотов. Али?паша построил суда традиционным полумесяцем. Его центр составили 91 галера, 5 галиотов, за которыми следовал резерв (5 галер, 25 галиотов). Левый фланг (61 галера, 33 галиота) возглавлял алжирец Улудж?Али, правый (53 галеры, 3 галиота) — османский наместник в Александрии Мехмет?Сирок?бей (Сирокко). Из 25000 янычар только 2500 имели аркебузы, остальные были вооружены луками.

Дувший с утра свежий ветер к 11 часам стих. По сигналу дон Хуана (зеленый квадратный флаг на мачте) союзный флот начал строиться в боевой порядок. Главнокомандующий отказался от сбора совета, сказав: «Теперь время советов прошло, и надо сражаться». Были заряжены пушки, гребцы раскованы и получили вино. Сам дон Хуан с секретарем Жуаном Сото на самой быстроходной галере обошел боевой строй, воодушевляя команды. Он приказал поторопить медленное построение союзников. Тем временем турки быстро развернулись в порядке и наступали.