Победа при Фидониси продемонстрировала, что из командира корабля вырос способный флагман. Войновича к концу 1788 года перевели в Херсон. Ушаков остался командующим Севастопольской эскадрой. Осенью и зимой он занимался подготовкой судов к следующей кампании. 14 апреля 1789 года Ф.Ф. Ушакова произвели в контр?адмиралы. К середине мая эскадра уже была готова к плаванию, однако Войнович, как главный начальник «над всеми частями правления и флота Черноморского», избегал встреч с противником.

В конце августа 1789 года Потемкин приказал Войновичу принять в Херсоне парусные суда Лиманской флотилии и отвести их в Севастополь. В то же время Ушакову предстояло с Черноморским флотом постараться отвлечь турецкий флот от устья Днепра, чтобы дать возможность гребной флотилии пройти к Хаджибею, на который уже направлялась колонна войск Гудовича, а парусным судам — безопасно дойти до Севастополя. Операция была успешно проведена: одно появление эскадры Ушакова заставило турецкий флот удалиться от Хаджибея и Очакова.

Чтобы активизировать действия на море, в марте 1790 года Г.А. Потемкин назначил Войновича командующим Каспийской флотилией, а командование Черноморским флотом «по военному употреблению» поручил Ушакову. Весной 1790 года по приказу Потемкина контр?адмирал боролся с турецким судоходством у берегов Анатолии. Сразу же по возвращении флотоводец поторопился снарядить главные силы. К 26 июня были готовы 10 кораблей, 6 фрегатов и другие суда. При нехватке средств Ушакову приходилось занимать деньги и даже заложить свой дом. Флагман ожидал, что противник будет высаживать десант в Керченском проливе. Он не ошибся. 1 июля большой турецкий флот проследовал на восток. Следующим утром в море отправилась русская эскадра. 6 июля, подойдя к Феодосии, Ушаков узнал, что турки прошли мимо накануне, и пошел в Керченский пролив.

В 10?м часу 8 июля со стороны Анапы при попутном восточном ветре появилась эскадра капудан?паши Гуссейна (10 линейных кораблей, 8 фрегатов и 36 меньших судов). Ушаков приказал построить линию из кораблей и фрегатов, оставив легкие суда под ветром. Капудан?паша поместил в линию только линейные корабли; вторую линию составили фрегаты и легкие суда. Турки, используя наветренное положение, атаковали и направили основные усилия против русского авангарда капитана бригадирского ранга Г.К. Голенкина. Гуссейн пытался поставить его в два огня. Но корабли Голенкина успешно отбивали натиск турок. Тем временем Ушаков приказал фрегатам выйти из линии и идти на помощь авангарду, чтобы поставить в два огня неприятеля. Так флагман оригинально решил проблему резерва. Остальным кораблям он приказал сосредоточить огонь на неприятельском авангарде и части кордебаталии. Линейные корабли сомкнули линию, после чего контр?адмирал повел кордебаталию на сближение с неприятелем. Русские корабли причинили повреждения нескольким турецким, нанесли большие потери десантным войскам на палубах. Капудан?паша пытался защитить поврежденные корабли, прошел вдоль всей русской линии и сам серьезно пострадал. Сражение продолжалось до 17 часов. Контр?адмирал, оказавшись на ветре у противника, приказал кораблям выстроиться за ним в линию, не соблюдая своих мест. Нарушая догмы линейной тактики, моряк сократил время маневра и сам возглавил боевую линию. Быстрое построение русских заставило турок растягивать линию, прикрывая поврежденные корабли. Капудан?паша решил не испытывать судьбу и бежал, используя большую скорость.

Поражение у Керченского пролива помешало туркам высадить десант на берега Тавриды. Оно положило основу славы Ушакова и впервые продемонстрировало его тактику. За победу флотоводца наградили орденом Святого Владимира 2?й степени.

В начале августа Ушаков получил приказ Потемкина совместно с Лиманской флотилией отогнать неприятеля от устья Дуная, а при удобном случае — и разбить. Только 25 августа он смог выступить. 28 августа в шестом часу с русских судов заметили неприятельский флот, стоявший на якорях между Тендрой и Хаджибеем. Под начальством капудан?паши было 14 кораблей, 8 фрегатов и 23 мелких судна, у русских — 10 кораблей, 6 фрегатов, 21 меньшее судно. Воспользовавшись попутным ветром, Ушаков атаковал в походном порядке.

Турки, беспечно не выставившие охранение, в 9?м часу заметили приближающегося противника. Они рубили якорные канаты и спешно снимались с якоря. Капудан?паша собирался избежать сражения и оторваться от русских. Но когда он увидел, что эскадра Ушакова готовится окружить и прижать к берегу отставшие суда, Гуссейн около полудня повернул, чтобы выручить свои корабли и вступить в бой. Во главе турецкой линии шли флагманские корабли.

Ушаков построил линию баталии, но в 14 часов приказал трем фрегатам выйти из линии, образовать резерв и быть на ветре авангарда. В 15 часов русский флот сблизился с неприятелем на дистанцию картечного выстрела. 6 кораблей шли на авангард и передовую часть кордебаталии, а 4 корабля и 6 фрегатов остались на ветре в резерве. Первым открыл огонь корабль «Мария Магдалина» командующего авангардом капитана бригадирского ранга Голенкина. Основной удар был направлен на головные турецкие адмиральские корабли. Не выдержав удара, турки в 17 часов начали поворачивать под ветер и в беспорядке выходили из боя.

Когда преимущество российских кораблей стало явным, Ушаков приказал резерву (4 корабля, 2 фрегата) атаковать остальную часть турецкого флота. Сражение стало общим. В это время один из быстроходных турецких адмиральских кораблей выдвинулся вперед и повернул, чтобы напасть на головные русские корабли. Тогда контр?адмирал поднял сигнал оставшимся 3 фрегатам резерва атаковать этот корабль. Фрегаты принудили неприятеля идти между двумя линиями, русской и турецкой, и он получил большие повреждения. К вечеру разбитый турецкий флот начал спускаться под ветер, а Ушаков приказал преследовать неприятеля. Он сам возглавил погоню. Турки старались убежать, но русские корабли обстреливали их, нанося значительные повреждения. Только темнота и большая скорость позволили туркам скрыться. Следующим утром русские моряки уничтожили один и взяли второй неприятельский корабли. За 29–30 августа посланные Ушаковым крейсеры захватили турецкие лансон, бригантину и плавучую батарею. При переходе к Босфору затонул еще один 74?пушечный корабль. Турки потеряли свыше 2000 человек. Пленных было взято 733 человека. Потери русской стороны составили 21 убитыми и 25 ранеными нижних чинов. Повреждения на кораблях эскадры оказались невелики.

За Хаджибей Ушакова наградили орденом Святого Георгия 2?й степени и 500 душами крестьян в Могилевской губернии в вечное и потомственное владение.

16 октября Ушаков по приказу Потемкина вышел с флотом, чтобы прикрыть от нападений с моря устье Дуная, где действовала Лиманская флотилия, и крейсировал до середины ноября.

В 1791 году Севастопольская эскадра была готова уже к началу мая. 10 июля она направилась к Еникальскому проливу. Ушаков встретил неприятеля у Балаклавы и четыре дня пытался завязать сражение, но неприятель уклонялся от боя, пользуясь преимуществом в скорости. 19 июля флотоводец вернулся в Севастополь. Но его действия позволили взять Анапу ранее, чем турецкий флот появился вновь.

Оставив 5 малых судов и брандер в порту, Ушаков 29 июля вышел с 16 линейными, 2 бомбардирскими кораблями, 2 фрегатами, репетичным судном, брандером и 17 крейсерами на запад, к Румелийскому берегу. Его флаг был на корабле «Рождество Христово». 31 июля заметили турецкий флот, стоявший у берега вблизи мыса Калиакрия, под прикрытием построенных на берегу батарей. Турки располагали 18 кораблями, 17 фрегатами и 43 мелкими судами. Ушаков, не меняя походный строй, под выстрелами батарей атаковал турок тремя колоннами со стороны берега, что позволило ему выиграть ветер. Турецкие корабли рубили канаты, сталкивались и в беспорядке спускались под ветер. Около 15 часов турки построили боевую линию. Преследующий Ушаков минут через 15 перестроил свою линию баталии параллельно турецкой эскадре. Вырвавшийся вперед авангард Сеита?Али пытался выйти на ветер, но Ушаков на корабле «Рождество Христово» покинул линию, прошел в голову своей колонны и атаковал с носа корабль алжирского паши, заставив его оставить строй. Потеряв фор?стеньгу, с растрепанными парусами и повреждениями корпуса, корабль Сеита?Али ушел в середину флота. Ушаков последовал за ним и довершил поражение. Остальные русские корабли, выполняя сигнал начать общее сражение, стремились сблизиться с противником и громить артиллерией в первую очередь флагманские корабли. В 17 часов русские открыли огонь с короткой дистанции, а уже через три четверти часа турецкий флот бежал, преследуемый кораблями Ушакова. Многие неприятельские корабли были повреждены. После 20 часов, пользуясь преимуществом в скорости, турки оторвались и ушли к Босфору.