Позднее в Северной Америке Непир участвовал в экспедиции против Александрии (пригород Вашингтона). Начальник экспедиции капитан Гордон высоко оценил его деятельность. Фрегат Непира от налетевшего шквала лишился бушприта и всех стеньг, но уже после 12 часов усиленной работы был готов к бою. В последующей осаде Балтимора Непир успешно командовал отрядом судов в одном из протоков реки Потапско. За заслуги на реке Потомак и при Балтиморе моряк был награжден орденом Бани.

С 1815 по 1829 год Непир оставался на берегу, затем находился в отдельном плавании на 42?пушечном фрегате «Галатея». Позднее моряк отправился в Португалию — там его ждали слава и деньги за победы в борьбе, разгоревшейся между претендентами на престол. В 1831 году он на Азорских островах поддерживал партию принцессы Марии да Глория (позднее португальскую королеву Марию II). В 1833 году он сменил адмирала Сарториуса. Как командующий португальским лоялистским флотом дона Педро Португальского, он истребил флот дона Мигуэля, претендовавшего на португальский трон, у мыса Сан?Винсенте 5 июля 1833 года. В следующем году он командовал морскими силами в обороне Лиссабона от мигуэлистов. За это Непиру присвоили титул графа Сан?Винсент и наградили большим крестом ордена Башни и Меча.

Вернулся Непир в британский флот в 1836 году. Некоторое время был вторым в командовании Сирийской экспедиции 1840–1844 годов, принимал участие в захвате Бейрута и Акры (октябрь—ноябрь 1840 года). На берегах Сирии и при Сент?Анне моряк вновь отличился, однако его порицали за то, что всю славу он приписывал себе.

В 1847–1848 годах Непир командовал флотом в Ла?Манше и по возвращении поместил в «Таймс» ряд писем. В них он нападал на английское морское управление. Позднее он издал свои письма, относящиеся к морскому делу, в книге «Флот, его прошлое и настоящее»; в письмах встречается много дельных и основательных мыслей.

В феврале 1854 года сэра Чарльза Непира назначили командующим флотом на Балтике. Против русского Балтийского флота англичане вооружали свой флот, наиболее мощный со времен Наполеоновских войн. Половину флота составляли паровые суда. В Англии считали, что никто лучше Непира не сможет использовать эти силы. В марте на Спитхэдском рейде собрался большой флот, который отправлялся на Балтику: 10 винтовых и 7 парусных линейных кораблей, 15 винтовых фрегатов и 17 пароходофрегатов с 2344 орудиями и 22000 человек экипажа. 7 марта адмирал получил инструкции и выступил с флотом.

По прибытию в Данию Непир узнал о начале войны. Он выслал на разведку пароходы, которые установили, что Финский залив до Гельсингфорса свободен ото льда и русских кораблей не обнаружено. 31 марта англичане вступили на Балтику. Не располагая хорошими картами Финского залива, Непир до конца месяца стоял в стокгольмских шхерах и 23 апреля перешел к Гангуту. Англичане проводили промеры у Бомарзунда и Свеаборга. Только 30 мая французская эскадра вице?адмирала Парсеваль?Дешена из 1 винтового, 8 парусных кораблей, 7 пароходов, 7 парусных фрегатов и 8 меньших судов с 1308 орудиями и 8300 человек вошла в Финский залив и 1 июня в Барезунде встретилась с английской.

Основной целью Непира являлся Выборг. Перед выходом в море адмирал обещал, что не будет обращать оружие против мирных берегов и судоходства. Однако с самого начала английский флот занялся именно нападением на мирные города и захватом собственности. 6 мая 2 английских парохода увели из Либавы стоявшие там купеческие суда. 18 мая 3 английских парохода сожгли верфь и ограбили магазины незащищенного финского городка Брагестада. Та же участь постигла Улеаборг и другие мирные населенные пункты. Там же, где союзникам оказывали сопротивление, они терпели неудачу. Например, 7 мая батареи Экнеза и 10 мая батареи Ганге?Удда успешно отразили нападение превосходящих сил противника. 26 мая две роты финских стрелков отбили с потерями для англичан десант, который те пробовали высадить в городке Гамле?Карлебю.

Разумеется, такая деятельность не могла окупить расходы на экспедицию. Однако Непир не решался идти на Выборг, что ему было предписано первоначально. Очевидно, он опасался мелководия и подводных камней, которые послужили причиной гибели части флота Густава III в 1790 году. Адмирал направился к Кронштадту. 14 июня союзная эскадра (15 винтовых и 4 парусных линейных корабля, 14 винтовых фрегатов и пароходов) подошла к Красной Горке и стояла, не рискуя атаковать крепость. 23 июня Непир увел главные силы к мысу Порккала?Удд, оставив несколько кораблей для наблюдения за русским флотом. Это наблюдение не помешало выходу русских кораблей в море.

Английская пресса писала, что адмирал пытается выманить русский флот из?за укреплений. На заседании парламента в августе были зачитаны выдержки из письма Непира, в котором тот утверждал: «Я не смог ничего предпринять с этим сильным флотом, так как всякое нападение на Кронштадт и Свеаборг означало бы верную гибель». Мнение Непира подтвердил адмирал Чадс, наблюдавший с маяка гранитные укрепления, слишком прочные для корабельной артиллерии. Да и корабли Балтийского флота в качестве плавучих батарей являлись сильным добавлением к батареям береговым. На якоре они не уступали паровым.

Становилось ясно, что эта экспедиция не была подготовлена. Тем не менее и правительство, и общественное мнение требовали вторжения на территорию России, которое окупило бы расходы. Непир и Парсеваль?Дешен избрали цель по силам.

За полвека, которые Аландские острова принадлежали России, их почти не укрепляли. Постройку крепости у Бомарзунда начали после 1829 года, однако были сооружены лишь оборонительная казарма и три башни, составляющие около одной пятой запланированных построек. Под командованием полковника Бодиско состояло менее 2000 человек, а на вооружении укреплений стояли пушки малых калибров. Непир предложил взять именно эту недостроенную крепость. Британское адмиралтейство утвердило план, Франция предоставила корпус в 13 тысяч человек.