Многие обращали внимание на то, что этот рейс не случайно выполнялся в составе почти удвоенного по числу лиц экипажа, а возглавлял его бывший личный пилот сеульского диктатора полковник южнокорейских ВВС Чон Бен Ин. Вот что писала о нем «Нью-Йорк таймс»: «Командир рейса 007 Чон Бен Ин (45 лет) ушел в отставку с действительной службы в звании полковника ВВС в 1971 году. В следующем, 1972-м, он поступил на службу в южнокорейскую компанию „Кориэн эйрлайнз“. Он опытный пилот, имеющий за плечами 10627 часов полетного времен (из них на „Боинге-747“ — 6618 часов). На тихоокеанской трассе R-20 работал более пяти лет; в 1982 году награжден за безаварийную работу. Иными словами, это ас южнокорейских ВВС. Поэтому просто бессмысленно утверждать, что он чем-то был „отвлечен“ во время полета».

Каждый этап действий самолета-нарушителя безукоризненно совпадал с появлением в данной зоне спутника-шпиона «Феррет-Д». Когда «Боинг» вышел за пределы международного коридора, «Феррет-Д» прослушивал советские радиоэлектронные средства на Чукотке и Камчатке, которые работали в обычном режиме боевого дежурства. На своем следующем витке «Феррет-Д» оказался над Камчаткой в тот самый момент, когда самолет-нарушитель проходил над стратегическими объектами южной части полуострова и фиксировал увеличение интенсивности работы советских радиолокационных средств. А третий виток спутника-шпиона совпал с полетом «Боинга» над Сахалином и позволил ему следить за работой дополнительно включенных средств ПВО на Сахалине и Курильских островах.

Японский журналист Акио Такахаси заметил: «…все то время, что советские истребители-перехватчики преследовали в сахалинском небе самолет-нарушитель, на станциях радиоперехвата ВВС японских сил самообороны в Вакканай и Немуро дежурные диспетчеры не отрывали глаз от экранов радаров. Они получали исчерпывающую информацию о ходе полета южнокорейского „Боинга-747“.

Гигантская система антенн на американской базе Мисава в префектуре Аомори также перехватывала содержание радиосвязи советских истребителей с командным пунктом ПВО. С максимальной загрузкой работали средства радиоперехвата американских ВМС в Камисэтани, в пригороде Иокогамы, которые немедленно направляли полученную информацию в Агентство национальной безопасности (АНБ) США. Туда же отправлялись данные радиоэлектронной разведки, поступавшие от американского самолета RC-135. АНБ в свою очередь ежеминутно докладывало в «ситуационную комнату» в Белом доме о ходе операции с южнокорейским самолетом.

Вызывает недоумение загадочное нежелание экипажа лайнера, пролетая над специальными контрольными точками, докладывать о своих координатах на землю (грубое нарушение правил ведения полета).

Американская администрация так и не дала объяснения действиям нескольких разведывательных самолетов ВВС США, находившихся в непосредственной близости от советских границ в ночь на 1 сентября. Причем одним из них — RC-135 — в течение некоторого времени сопровождался южнокорейский «Боинг». Если самолет «случайно отклонился от курса», почему американцы не предупредили об этом экипаж, вопрошал английский ученый Р. Джонсон.

Появилась информация, что пилоты «Боинга» за крупную сумму наняты американскими спецслужбами. Свидетельства этого привели адвокаты Мэлвин Бэлаи и Чарлз Харман, представляющие интересы семей экипажа лайнера. По их словам, вдовы командира «Боинга» и его помощника рассказали, что их мужьям пообещали солидную сумму в долларах, если они нарушат воздушную границу СССР и пролетят над советской территорией. Между южнокорейской авиакомпанией и американской разведкой заранее достигнута на сей счет тайная договоренность. Пилотов заставили согласиться на выполнение шпионской операции.

«Мой муж не скрывал страха перед этим полетом, — говорила вдова командира Чхон И Чжи. — За два дня до рейса он стал нервничать еще больше и застраховал свою жизнь на крупную сумму в пользу семьи. „Мне очень не хочется лететь — это весьма опасно“, — сказал он мне на прощание».

Сразу после падения лайнера начались интенсивные поиски «черного ящика», который содержит записи параметров полета и переговоров экипажа. Работавший от аккумулятора радиомаяк «черного ящика», хоть и сконструирован таким образом, чтобы передавать сигнал даже с глубины 6000 м, разрядился бы через месяц. С полностью заряженным аккумулятором его можно услышать из любой точки в пределах пятимильной зоны.

В той лихорадочной атмосфере, согласно сообщениям с американского авианосца «Стертет», лишь по чистой случайности удалось избежать столкновения судов в открытом море западнее Сахалина. В результате оба «черных ящика» оказались в руках советских спецслужб.

Самописец зафиксировал последние 30 минут полета. Расшифрованные переговоры экипажа «Боинга» не приподняли завесу тайны над этим более чем странным происшествием. Так и осталось невыясненным, почему самолет оказался в 600 км от заданной ему трассы полета Анкоридж — Сеул.

Анализ расшифровки показаний «черного ящика» свидетельствует, что полет самолета продолжался 5 часов 26 минут 18 секунд. С 4-й минуты 18-й секунды и высоты 1450 м полет выполнялся с помощью автопилота, в режиме автоматической стабилизации магнитного курса примерно 246 градусов, без подключения инерциальных систем к автопилоту в течение всего полета (при этом основной режим полета над океаном — автоматическое управление от инерциальных систем). Высота полета составляла последовательно 9450, 10050 и 10650 м, а воздушная скорость 910—920 км/ч. На всем протяжении полета инерциальные системы находились в работоспособном состоянии; экипаж, используя их показания, регулярно докладывал на наземные пункты управления (в основном через самолет КАЛ-015) о расчетном и якобы фактическом времени пролета поворотных пунктов маршрута, расположенных на международной трассе, о направлении и скорости ветра, остатке топлива, чем заранее готовил неопровержимое, с точки зрения экипажа, алиби. Даже в момент декомпрессии (аварийная ситуация после попадания ракет — в 6.24.56 1 сентября по сахалинскому времени и 22.24.56 31 августа по московскому времени) экипаж ничем не выдал преднамеренного характера отклонения от маршрута (на последнем участке удаление от международной трассы составляло до 660 км, при этом фактическая линия пути самолета в районах Камчатки и Сахалина, по данным аварийного самописца, в основном совпадает с проводкой войск ПВО СССР).