На помощь экспертам из Фарнборо пришел Королевский военно-морской флот. У берегов Эльбы курсировали два глубоководных тральщика, противолодочный фрегат и три спасательных судна, включая «Си Салвор», специальный плавучий кран, предназначенный для подъема затонувших подводных лодок. Неделю за неделей при помощи тралов и драг корабли обследовали дно Тирренского моря в надежде подцепить останки погибшей «Кометы». Использовались даже батисферы и подводные телекамеры. Но район поиска слишком велик, а значительная глубина (от 150 до 200 м) в месте падения самолета не позволяла использовать водолазов.

Наконец удалось определить примерное место падения «Кометы», и район работы английских кораблей сократился до нескольких десятков квадратных километров.

Штормовая погода значительно усложняла поиски. Тогда в дело пошли эхопеленгаторные станции, установленные на противолодочном корабле. С их помощью на дне находили обломки «Кометы», а тральщики поднимали их на борт.

В конце февраля эхолокатор показал наличие на дне большого скопления металла. «Си Салвор» поднял на палубу хвостовую часть «Кометы», хвостовое оперение и фрагмент пассажирского салона с гермошпангоутом, туалетами и баром, в котором сохранились бутылки спиртного.

Налетевший шторм вновь загнал корабли экспедиции в гавань, и только «Си Салвор» продолжал работу.

К 15 марта море успокоилось, и с помощью батисферы обнаружили задний лонжерон самолета, обломки переднего лонжерона, центральную секцию фюзеляжа с двумя двигателями и центропланом. Позже удалось поднять фрагмент фюзеляжа с двигателями и основными стойками шасси. Но большая часть «Кометы» по-прежнему покоилась на дне.

Пока экипажи спасательных судов занимались поисками останков G-ALYP, инженеры «Де Хевиленд» не теряли времени даром. В течение девяти недель все машины, принадлежавшие авиакомпании BOAC, прошли тщательную проверку с использованием новейшего диагностического оборудования. По результатам обследования эксперты предложили около 50 модернизаций, призванных сделать «Комету-1» более безопасной. Ключевым предложением стала установка броневых плит вокруг двигателей, для того чтобы предотвратить поражение топливных баков и пассажирского салона лопатками турбины в случае их обрыва.

Тем временем руководство BOAC все чаще стало проявлять недовольство медленным ходом расследования. В течение десяти недель всем «Кометам» этой компании запретили летать, что приносило огромные убытки. Поскольку официального запрета министерства авиации на эксплуатацию «Комет» не было. 23 марта 1954 года компания BOAC разрешила продолжить полеты, так и не выяснив до конца причину трагедии.

Четвертого апреля удалось обнаружить на дне моря носовую часть лайнера вместе с пилотской кабиной. Но и это не приблизило следствие к раскрытию тайны гибели «Кометы».

8 апреля 1954 года реактивный самолет «Комета-1» G-ALYY развалился и рухнул в Средиземное море в районе Неаполя. 21 человек погиб.

В течение двух недель после отмены запрета на выполнение регулярных рейсов «Кометы» компании BOAC совершали успешные полеты. Доверие к реактивным самолетам было восстановлено, билеты на них распродавались на три месяца вперед. Даже крупнейшая авиакомпания Южной Африки, главный конкурент BOAC на трассе Лондон — Йоханнесбург, вынуждена была арендовать «Комету» для полетов по этому маршруту.

7 апреля 1954 года реактивный лайнер с регистрационным номером G-ALYY под управлением южноафриканского экипажа ушел в чартерный рейс из аэропорта Хитроу.

До первой промежуточной посадки в Риме машина вела себя безукоризненно. Но во время предполетного осмотра инженер наземной службы BOAC в аэропорту «Кампино» обнаружил, что тридцать болтов, крепящий съемную панель обшивки левого крыла к набору, ослабли. Выяснилось, что за день до вылета в Йоханнесбург эта панель демонтирована в Лондоне, во время проведения регламентных работ, а затем установлена на место. Поскольку в полете еще обнаружились неполадки с указателем уровня топлива, вылет в Каир решили отложить на сутки.

Вечером 8 апреля машина полностью готова к полету. В 18.32 «Комета-1» G-ALYY поднялась в воздух. Капитан Мостерт уверенно вел машину, набирая заданную высоту 10200 м. Над радиомаяком Остии экипаж вышел на связь с диспетчером и сообщил, что они находятся на высоте 2400 м. Погода хорошая, турбулентность атмосферы практически отсутствовала, но небо затянуто облаками.

В 19.07 с борта «Кометы» передали, что набрали высоту 9600 м и корабль проходит Неаполь. Затем капитан Мостерт сообщил диспетчеру аэропорта Каира, что ожидаемое время прибытия — 21.20. На этом связь оборвалась. «Комета» разрушилась в воздухе на высоте примерно 9900 м. Обломки рухнули в Средиземное море и затонули на километровой глубине. Со дня постройки G-ALYY успел налетать всего 2704 часа.

Частная немецкая радиостанция, прослушивавшая переговоры службы УВД и пилотов, зафиксировала отчаянные попытки диспетчеров Рима и Каира связаться с пропавшим самолетом и сообщила об этом прессе. Вскоре мир облетела печальная новость: еще одна «Комета-1» погибла.

На этот раз реакция официального Лондона была жесткой. Не успела еще авиакомпания BOAC сообщить об очередном прекращении эксплуатации «Комет», как вечером того же дня министр авиации Великобритании сэр Леннокс-Бойд аннулировал сертификат аэропригодности на самолет «Комета-1». Слишком уж дорогую цену платили пассажиры и экипажи новой машины за ее освоение. С 1952 по 1954 год катастрофы «Комет» унесли жизни 111 человек, причем причины гибели трех машин так и не установлены.