Полиция не имела права ни арестовать депутатов, ни начинать выемку документов до прибытия судебного следователя; всё, на что решились полицейские – задержать депутатов в квартире до прибытия судебных властей. Хотя полиция не обыскивала и не задерживала депутатов, обыск в квартире, снимаемой депутатом, также представлял собой нарушение парламентской неприкосновенности. Затем полиция незамедлительно арестовала в казармах солдат – участников делегации. Текст наказа, содержавший разного рода жалобы, «…как запирает начальство солдат в каменные клетки-казармы, как мучает их непосильной и ненужной работой, как терзает их бессмысленными учениями…», не производил впечатления свидетельства о серьёзном противоправительственном заговоре.

Депутаты левых фракций внесли два спешных запроса правительству с требованиями объяснений по поводу обыска 5 мая. Столыпин не стал уклоняться от ответа и немедленно, без всякой подготовки, сделал заявление. Он сказал, что «…полиция и впредь будет также действовать, как она действовала». Далее Столыпин перешёл к принципиальным вопросам: «Я должен сказать, что кроме ограждения депутатской неприкосновенности, на нас, на носителях власти, лежит ещё другая ответственность – ограждение общественной безопасности. Долг этот свой мы сознаём и исполним его до конца».

20 мая министр юстиции И. Г. Щегловитов объявил правительству о нахождении при обыске 5 мая документов, свидетельствующих о групповом участии членов Думы – социал-демократов – в противоправительственном заговоре.

1 июня, в пятницу, правительство неожиданно выдвинуло Думе ультиматум. Столыпин, присутствовавший на заседании Думы, попросил объявить заседание закрытым. Затем представитель прокуратуры зачитал постановление судебного следователя о привлечении к ответственности всей социал-демократической фракции Думы на основании результатов обыска 5 мая. Выступивший после этого Столыпин пояснил требования правительства: Думе предлагалось отстранить 55 депутатов от участия в заседаниях, а с 16 депутатов снять парламентскую неприкосновенность.

Столыпин завершил свою речь словами: «…какое бы то ни было промедление в удовлетворении этого требования или удовлетворение его в неполном объёме поставит правительство в невозможность отвечать за безопасность государства».

Дума категорически отказалась ответить на правительственный ультиматум немедленно, под председательством кадета А. А. Кизеветтера была создана специальная комиссия из 22 депутатов, которой следовало разобраться в деталях обвинения социал-демократов и доложить своё суждение Думе. Заседание продолжалось до глубокой ночи.

На следующий день комиссия начала свою работу. В комиссию прибыл представитель прокуратуры, и члены комиссии приступили к внимательному рассмотрению множества документов, изъятых у социал-демократов, и актов следствия. К вечеру А. А. Кизеветтер доложил, что комиссия не успевает закончить работу ни сегодня, ни в воскресенье, 3 июня. Дума постановила собраться вновь в понедельник 4 июня.

Тем временем Николай II подписал подготовленные правительством указы и сопроводил их напутствием: «Я ждал целый день извещений ваших о роспуске проклятой Думы. Но вместе с тем сердце чуяло, что дело выйдет нечисто, а пойдёт в затяжку. Это недопустимо. Дума должна завтра, в воскресенье утром, быть распущена. Решимость и твёрдость».

Утром 3 июня 1907 года пришедшие в Таврический дворец депутаты обнаружили, что он закрыт, охраняется полицией, а на дверях прикреплён императорский манифест о роспуске Думы. 37 депутатов Государственной Думы были арестованы в ночь со 2 на 3 июня, непосредственно в тот момент, когда вступил в силу императорский указ о роспуске Думы и они лишились парламентской неприкосновенности.

В декабре 1907 года Особое присутствие Правительствующего Сената вынесло приговор по делу депутатов II Думы. 11 человек были осуждены на 5 лет каторги с последующей ссылкой, 15 человек получили по 4 года каторги с дальнейшей ссылкой, 12 подсудимых были сосланы на поселение. Бывшие депутаты распущенной Госдумы А. Л. Джапаридзе, В. Д. Ломтатидзе и С. М. Джугели умерли в тюрьме, Г. Ф. Махарадзе сошёл в тюрьме с ума. Бывший депутат Г. Е. Белоусов в 1911 году из ссылки бежал, но умер в 1916 году. Судьба бывших депутатов А. В. Архипова, М. Н. Вовчинского, А. В. Калинина, И. А. Петрова, Ф. И. Приходько, К. А. Рубана неизвестна. Остальные осуждённые после заключения оказались в ссылке, где и находились до Февральской революции.

Столыпин был интриган, позёр, фразёр и уникальный самопиарщик. Стоит только вспомнить его высказывание: «Дайте государству 20 лет покоя, внутреннего и внешнего, и вы не узнаете нынешней России». К кому обращался этот фигляр? Ведь Столыпин никогда не занимался вопросами внешней политики, обороны, финансов. То есть это обращение в никуда. Или к несуществующему богу или к императору, который не собирался давать России никакого покоя и даже не думал об этом. А имели ли 20 лет покоя, например, Григорий Потёмкин или Алексей Косыгин? Громкая и утопическая фраза! Да, он был мастером саморекламы – это единственный талант, к которому можно добавить жестокость, решительность в проведении репрессий. В смысле посадок, ссылок и казней он был последователем своего учителя – фон Плеве. Только Плеве не дали так развернуться…

Или вот ещё высказывание Столыпина: «Правительство должно избегать лишних слов, но есть слова, выражающие чувства, от которых в течение столетий усиленно бились сердца русских людей. Эти чувства, эти слова должны быть запечатлены в мыслях и отражаться в делах правителей. Слова эти: неуклонная приверженность к русским историческим началам в противовес беспочвенному социализму». (16 ноября 1907 г.). Это что за русские исторические начала? Да наверняка, как вещал в другой своей речи Столыпин, что свободная Россия, это Россия преданная как один человек своему Государю. (11 февраля 1909 г.).