Лефорт организовал в Москве тайное «общество Нептуна», председателем которого был он сам, а первым надзирателем — царь Петр. На собраниях этого общества читали черную книгу, охраняемую двенадцатью духами, и производили магические заклинания с помощью перстня царя Соломона, о котором было сказано, что «можно им делать разно: к себе печатью превратишь, невидим будешь, от себя отвратишь, все очарования разрушишь, власть над сатаной получишь…».

После смерти Лефорта, скончавшегося от горячки, его место занял Яков Брюс, потомок шотландских королей; ему перешел перстень Соломона и книга этого царя. В Москве было построено специальное сооружение, где Яков Брюс мог без помех заниматься магией: Сухарева башня на Земляном валу. Она наводила страх на москвичей долго после своей постройки, о ней рассказывали разные жуткие истории и утверждали, что ее хозяин знается с нечистой силой.

Царя Петра, строившего великую империю, прежде всего интересовало то, что могло помочь его замыслам. По царскому приказу Брюс учился в Сухаревой башне превращать свинец в золото, строить механические куклы, способные убивать вражеских солдат, и летательные аппараты с такой же целью. Кроме того, он проводил здесь химические опыты, создавая вещества, причиняющие огромные вред врагу, вплоть до полного опустошения вражеской территории. Кое-какие смертельные средства он брал готовыми: во время Северной войны, например, русские войска использовали подобное изобретение Брюса — скребки с тел умерших от чумы, для того чтобы вызвать эпидемию в стане шведов.

Достижения Брюса были оценены по достоинству: когда Петр создал Российскую империю, Яков Брюс стал первым кавалером ее главной награды — ордена Андрея Первозванного.

Между тем «общество Нептуна» не было в России единственным в своем роде: уже при царе Петре появилось еще несколько похожих, а вскоре после его смерти образуются собственно масонские ложи. Самые ранние исторически достоверные сведения о масонстве в России относятся к 1731 году, к эпохе императрицы Анны Иоанновны, когда, как гласит официальный английский источник, гроссмейстер Великой Лондонской ложи лорд Ловель назначил капитана Джона Филипса провинциальным великим мастером «для всей России». Через десять лет его сменил генерал Джеймс Кейт, шотландец, состоявший на русской службе. Таким образом, первоначальное масонство пришло в Россию, как и всюду на континенте, из Англии. Вероятно, в первые годы орденское учение распространялось лишь в тесном кругу соплеменников Джона Филипса, переселившихся в Россию.

В сороковых годах, в царствование Елизаветы Петровны среди российских «вольных каменщиков» появляются имена самих видных русских вельмож, представителей старых дворянских и даже княжеских родов (граф Николай Головин, графы Захар и Иван Чернышевы, Кирилл Разумовский, фаворит императрицы Иван Шувалов и др.). Масоном был и будущий император Петр III.

Настоящий расцвет масонства в России приходится на первые десятилетия царствования Екатерины II Великой, когда в России одновременно заработали ложи двух масонских систем — Елагинской и Циннендорфской (шведско-берлинской), пользовавшиеся огромной популярностью. Масонами были фаворит императрицы Григорий Орлов, глава иностранной коллегии, наставник будущего русского императора граф Никита Панин, генералы И.Н. Болтин, Н.М. Бороздин, графы А.А. Брюс, А.К. Разумовский, A.C. Строганов, князья Ю.В. Долгорукий, Г.П. Гагарин, А.Б. Куракин, М.М. Щербатов и другие.

Однако позже Екатерина II, вначале относившаяся к масонству с благосклонностью, если не с симпатией, обвинила Вольных Каменщиков во многих грехах, в том числе и в том, что они «употребляли разные способы… к уловлению в свою секту известной по их бумагам особы (то есть наследника престола Павла Петровича)». Многие из «братьев» были арестованы, «с пристрастием» допрошены и осуждены. Другие, как И.В. Лопухин, H.H. Трубецкой и И.П. Тургенев, «после истинного раскаяния допрашиваемых» прощены милостью государыни, повелевшей: «из единого человеколюбия освобождая их от заслуженного ими жестокого наказания… отправиться в отдаленные от столиц деревни их и там иметь пребывание». Российские Ложи указом от 1794 года были разогнаны.

Павел I, который был торжественно принят в масоны еще будучи цесаревичем — в 1784 году, и даже принявший впоследствии титул гроссмейстера Мальтийского ордена, уже через год после вступления на престол в 1797 году (по другим данным, в 1799 году), издал указ, предписывающий применять закон 1794 года (о запрете масонских лож) «со всевозможной строгостью».

Александр I, который в начале своего правления активно сотрудничал с «вольными каменщиками», открыто разрешил деятельность масонских лож, и, возможно, сам принял посвящение в 1803 году, — 13 августа 1822 года издал рескрипт о запрещении всех тайных объединений, в том числе масонских лож.

Тем не менее, несмотря на запреты властей, масонские ложи в России продолжали действовать вплоть до 1918 года, когда были запрещены уже советским правительством.

Тем не менее уже в 20-х гг. XX века восстановление мистического масонства русской традиции началось параллельно в эмиграции: во Франции (1922) и в самой России.

Однако, если во Франции русские эмигрантские ложи просуществовали вплоть до 1960-х гг., то в России к концу 1920-х — началу 1930-х гг. сталинский НКВД осуществил полный разгром всех видов масонских лож.

Некоторые источники сегодня считают, что масоны традиционно активно взаимодействуют со спецслужбами (с ЦРУ, МИ-6, БНД и «Моссад»); одновременно, и это — очевидно, сами спецслужбы активно сотрудничают с масонскими ложами, пытаясь вербовать там своих агентов.

В российских спецслужбах, например, прямо полагают, что масонские ложи «срослись» с иностранными разведками. В этой связи часто упоминают, что создатель ЦРУ Аллен Даллес был масоном.