В скором времени Иван, последовательно проводя свою политику подчинения Новгорода, решил, что настало время покончить с остатками независимости Новгорода. Поводом послужило следующее обстоятельство. В марте 1477 г. в Москву приехали двое послов новгородских — вечевой дьяк Захар и подвойский Назар. В своей челобитной они назвали Ивана не «господином», как ранее, а «государем». Иван в апреле этого же года отправил послов к новгородцам с вопросом: «какого они хотят государства», хотят ли они, чтобы всюду был «един государев суд и его управление»? Представители новгородской правящей верхушки ответили, что они совсем этого не хотят, не посылали Захара и Назара и не собираются уничтожать «старину». Весть о посольстве Ивана III и его предложениях взволновала весь Новгород. Послы вернулись «с честью», но без всяких результатов. Иван придрался к этому и заявил, что новгородцы уже назвали его своим государем, а теперь вздумали отказываться от своих слов. Начались приготовления к походу на «отступников».

9 октября 1477 г. войско московское выступило в Новгород. Последний уже не имел сил сопротивляться. Навстречу Ивану едут новгородские бояре, прося его принять их на службу, едут послы, предлагая ему мир, но Иван двигается к Новгороду, оставаясь глухим ко всем предложениям боярства, и в ноябре со всех сторон окружает город своими войсками. Начинаются переговоры. Конечным их результатом было полное подчинение Новгорода Ивану. Отныне Новгород должен был управляться княжескими наместниками, новгородские земли — «колонии» — переходили к Ивану, вечевой строй уничтожался. Даже вечевой колокол, по звону которого столетия собирался на вече новгородский люд, и тот «пострадал» — он был снят и отвезен в Москву.

Часть бояр Иван отправил в Москву. Вотчины их были конфискованы в пользу Ивана. Иван обещал не нарушать прав остального боярства на вотчины и оставить старые судебные законы. Бояре попробовали было заставить Ивана присягнуть хотя бы на том, что он обещал. Иван отказался. Просили, чтобы хоть его наместники «целовали крест Новугороду», т. е. приносили присягу. И в этом было отказано. 15 января 1478 г. бояре Ивана привели к присяге всех новгородцев по концам и улицам. Все новгородские бояре, «дети боярские» и «житьи люди» присягали «в службе» великому князю. Сейчас же приступили к организации в новгородских землях великокняжеского хозяйства и общего «посошного тягла». На Ярославском дворе в Новгороде поместились наместники Ивана, князья Оболенские — Иван и Ярослав.

Так покончено было с «главой русских республик» — Новгородом. Пал древний вечевой строй. Некогда он давал возможность народным массам бороться с боярской аристократией, но к XV в. вече превратилось в арену деятельности олигархов, власть которых становилась невыносимой. В силу этого новгородские низы поддерживали Ивана, несмотря на то что он уничтожил их вечевые порядки. Кроме того, сепаратизм бояр, их попытки отдать Новгород в компенсацию за сохранение собственного господства польско-литовскому королю и магистру ордена немецких рыцарей, их явная антинациональная и антинародная политика способствовали укреплению патриотического чувства новгородцев, стремившихся к слиянию с Москвой в единое Русское государство.

Отдельные вспышки борьбы бояр против Ивана продолжались и позднее. Так, например, в 1479 г. Иван узнал о том, что некоторые новгородские бояре снова ведут переговоры с королем Казимиром и Орденом, и осенью того же года он снова осаждает Новгород. В городе уже опять орудовали бояре, выбравшие посадника, тысяцкого и установившие все «по старине». В дело вмешался сам римский папа, которому Казимир обещал отдать новгородскую церковь. Римский папа приказал собирать деньги на организацию борьбы за Новгород. Но и на этот раз просчитались «ляхи» и глава католической церкви. Иван внезапно напал на Новгород и открыл по нему стрельбу из пушек. В городе началось смятение. Действия бояр вызвали недовольство «менших» — сторонников Москвы, и они перешли на сторону осаждающих. Бояре вынуждены были сдаться. Иван въехал в город. Владыка новгородский и сто семейств детей боярских и купцов были сосланы, а их имущество конфисковано.

Казни и «выводы» бояр, детей боярских, «житьих людей» и купцов шли в течение ряда лет. Их имущество конфисковывалось, а сами они ссылались в московские города. Было конфисковано много земель владыки и монастырей. Всего до 1488 г. включительно было переселено больше 8 тысяч семейств. На конфискованных землях Иван «испомещал» (т. е. раздавал земли в поместья) московских дворян и детей боярских, которые не были связаны с местным населением, были далеки от новгородских вечевых традиций, тяготели к Москве, к великому князю и были его лучшей опорой в присоединенном крае. Боярские «послужильцы» были превращены в помещиков. В Новгороде появились и московские купцы.

С ликвидацией местной феодальной верхушки, с перенесением в новгородскую землю московских порядков, законов, обычаев, новгородская земля потеряла свои особенности, свою специфику и слилась с Москвой в единое Русское государство.

Конфискованные на севере огромные боярские и монастырские земли Иван оставил за собой и не раздавал их московским дворянам и детям боярским. Здесь господствовало государственное землевладение. Крестьяне зависели только от князя, платили ему налоги. Это крестьянство называлось «черносошным».

Так покончено было с олигархической боярской вечевой республикой — Господином Великим Новгородом. Успех Ивана III в борьбе с богатым и могущественным Новгородом объясняется тем, что и в дни Шелонской битвы, и во времена «стояний» Ивана III под Новгородом — «Городищенского», «Троицкого» и «Славенского», симпатии народных масс, хотя и тяготевших к родной вечевой старине, были на стороне великого князя, олицетворявшего единую Русь, на стороне Москвы. И как ни пышет злобой по отношению к сторонникам Москвы новгородский летописец, преисполненный желания сохранить старые порядки аристократической боярской республики, новгородец Упадыш заклепал пять пушек, для того чтобы они не открыли огонь по московскому войску, «владычнь стяг» (полк архиепископа новгородского) отказался поднять руку на рати великого князя, а простые новгородцы не хотели идти на войну, отговариваясь тем, что они «испротеряхся конем и доспехом».