Однако, когда 27 марта капитан 1 ранга Григорович вступил в должность командира Артурского порта, капитан 2 ранга Васильев не успел принять у него дела, так как 30 марта он погиб вместе с Макаровым при взрыве «Петропавловска». После гибели капитана 2 ранга Васильева, командиром на «Цесаревич» был назначен капитан 1 ранга Эбергард, занимавший к этому времени пост флаг-капитана при адмирале Алексееве в Мукдене. Эбергард, задержавшийся с передачей дел, не успел до блокирования Порт-Артура вступить в командование броненосцем. Таким образом, после ухода капитана 1 ранга Григоровича, то есть, с 27 марта весь гигантский объем работ, связанный с ремонтом «Цесаревича», лег на плечи старшего офицера броненосца, капитана 2 ранга Шумова, исполнявшего обязанности командира до 11 мая, когда на «Цесаревича» был назначен новый командир — капитан 1 ранга Н. Иванов — в прошлом командир крейсера «Диана». [2]

Пока в высоких штабах споили о кандидатуре командира «Цесаревича», на корабле продолжались круглосуточные ремонтные работы. Вместе с тем, броненосец постоянно выделял свои катера для сторожевой и тральной службы.

Так 14 апреля катерам с «Цесаревича» было приказано протралить предполагаемое месте гибели «Петропавловска». Траление проводилось под руководством младшего минного офицера броненосца лейтенанта Щетинина и в ходе его была обнаружена и обезврежена обширная минная банка.

А между тем, только 24 апреля рабочие приступили к установке новых элементов набора корпуса в районе торпедной пробоины «Цесаревича». В ходе ремонта пришлось перебрать всю броневую палубу корабля. Ее погнутые листы правились в горячем виде на плите в мастерской и устанавливались обратно. Новые бимсы склепывали из полос и угольников из-за отсутствия коробчатых профилей и устанавливали применительно к имеющимся отверстиям для заклепок в палубных листах. Вдавленную взрывом внутрь 10" броневую плиту нижнего пояса было решено не снимать, а также не снимать и потрескавшуюся стальную рубашку. Ее просто залатали изнутри железными планками на гужонах, а наиболее смятые стойки за броней срубили, выправили и поставили на винты. Шельфовые листы палубы подогнали под кромку брони. Старые листы были разорваны взрывом, пришлось изготовлять новые в мастерской и выгнуть их так, чтобы они плотно прилегли к нижней кромке брони и к бимсам. Для выравнивания наружной поверхности брони был установлен тонкий вертикальный лист, прикрепленный винтами к нижнему шельфу и к торцу следующей броневой плиты. Зазор между этим листом и бронею заполнили смесью цемента и гари. Затем началась установка листов наружной обшивки.

Пока «Цесаревич» ремонтировался, военная обстановка на южном театре продолжала ухудшаться. Последовавшая вслед за гибелью «Петропавловска» высадка японцев на Ляодунский полуостров привела к тесной блокаде Порт-Артура и с моря, и с суши. Туманный призрак гибели флота в случае падения крепости с каждым днем приобретал все более и более реальные черты. Русская армия, теснимая десантными силами японцев, откатывалась к линии артурских фортов. Необходимость ухода флота из Порт-Артура уже понимали все. Однако, с не меньшей ясностью все понимали, что прорыв из Порт-Артура не удастся осуществить без боя с японским флотом, а это страшило и командование русской эскадры, и ее личный состав на всех уровнях...

Временно командующий эскадрой контрадмирал Витгефт, засыпаемый приказами адмирала Алексеева, требующего немедленного ухода флота из Артура, откладывал выход, ожидая окончания ремонта поврежденных кораблей. Ремонт «Цесаревича» продолжался. Броненосец продолжал высылать свои катера для дозорной службы и траления, а 5 мая с «Цесаревича» в бухту Инцендзы, где предполагался японский десант, была послана десантная полурота с четырьмя пулеметами под командованием лейтенанта Азарьева. Однако, японцы десанта в этой бухте не высаживали. И полурота лейтенанта Азарьева вернулась 14 мая в Порт-Артур в общем потоке отступления русских войск от Кинджоу. А между тем, 22 мая на «Цесаревиче» был установлен последний лист наружной обшивки и 24 мая от борта броненосца был отведен кессон. После четырехмесячного ремонта «Цесаревич» снова был в строю. (Внутренние работы по монтажу легкой настилки поверх броневой палубы и исправлению переборок продолжались еще около двух недель). 25 мая 1904 года на «Цесаревиче» поднял свои флаг контр-адмирал Витгефт, перенеся его с броненосца «Севастополь». Эскадренный броненосец «Цесаревич» стал флагманским кораблем 1-й Тихоокеанской эскадры. 1 июня «Цесаревич» занял место флагманского корабля в Восточном бассейне Порт-Артура, а «Севастополь» перешел в Западный бассейн.

Эскадра продолжала готовиться к прорыву из Порт-Артура. Выход откладывался по различным причинам со дня на день, пока наконец не последовал приказ адмирала Витгефта быть готовыми к прорыву из Порт-Артура к 03.30 10 июня. [3] Адмирал Витгефт делал все возможное, чтобы сохранить в тайне день выхода эскадры в море. Однако, весь Порт-Артур знал о дне выхода, поскольку спешную погрузку угля и других запасов, снятие кессонов и постановку орудий нельзя было скрыть. Всем, кроме того, было известно время полной воды, видны были и приготовления в порту для вывода на рейд боевых кораблей. Более того. 7 июня с «Цесаревича» был разослан по всем кораблям приказ Витгефта следующего содержания:

В тот же вечер приказ был опубликован артурской газетой «Новый край». Начался переполох: полиция кинулась конфисковывать номер газеты, а командиры кораблей были вызваны на «Цесаревича» с требованием вернуть приказ. По кораблям поползли самые невероятные слухи, настроение и боевой дух совершенно упали.

Наконец, 10 июня в 04.00 по сигналу с «Цесаревича» корабли эскадры начали выходить на внешний рейд. Выход из порта шел очень медленно из-за поломок на кораблях и организационной неразберихи. Когда броненосец «Цесаревич» вслед за «Севастополем» и «Полтавой» начал выходить на внешний рейд, к нему подошла шлюпка с крейсера «Аскольд», с которой предупредили, что на якорном месте «Цесаревича» замечено несколько мин, выставленных японцами на небольшой глубине. В этот момент с «Цесаревича» по обоим бортам было замечено несколько плавающих мин, и корабль был вынужден сменить назначенное якорное место. Мины продолжали всплывать, и вскоре стало ясно, что эскадра выходит на минную банку. Интересно, что в ночь перед выходом с наблюдательных пунктов флота, в том числе и от дежурного офицера на Золотой горе, пришло несколько сообщений о том, что японцы ставят мины на внешнем рейде. Но утром об этом почему-то забыли. Около девяти часов «Цесаревич» поднял сигнал: «Спустить паровые катера, обследовать промежутки между судами. Затем: «Аскольду осмотреть в море плавающие минные заграждения».

Началось запоздалое траление, в ходе которого вблизи «Цесаревича» была обнаружена банка из четырех мин, взорвавшихся одновременно. На «Цесаревиче» крестились, снимая фуражки: «Бог пронес!» Траление продолжалось до 12.40, когда сигналом с «Цесаревича» было приказано поднять все шлюпки и катера. Затем на всех кораблях зачитали уже давно опубликованный в газете и прочитанный японцами приказ адмирала Витгефта о прорыве из Порт-Артура и отслужили молебны. Только в 14.00 по сигналу с «Цесаревича» эскадра стала сниматься с якоря и медленно вытягиваться в море за тралящим караваном. «Цесаревич» шел замыкающим в колонне броненосцев. В 14.50 на броненосце «Цесаревич» испортился рулевой привод. (После ремонта капитан 1 ранга Григорович предупреждал о ненадёжности рулевого привода корабля, из-за неправильно собранных, поврежденных взрывом, несущих рам и станин). Пока рулевой привод исправляли, «Цесаревич» то стопорил машины, то давал снова ход, задерживая всю эскадру. Привод удалось исправить только к 16.00.