Самым заметным среди противников Лихудов сразу по их прибытии в Россию стал Сильвестр Медведев, справщик Печатного двора и ученик Симеона Полоцкого, объявивший себя его наследником как придворного поэта. После того как двух греческих преподавателей было решено поставить во главе академии, мечта Медведева возглавить ее самому обратилась в прах. Столкнувшийся с такой помехой своим амбициям, Медведев предпринял наступление и на личном, и на интеллектуальном фронте. Во второй половине 1680-х годов он и его сторонники беспрестанно обвиняли Лихудов в невежестве, вероломстве, шпионаже и тайном католицизме. Вскоре после прибытия братьев в Москву вспыхнул конфликт по поводу евхаристии. Иоанникий и Софроний, будучи главными учеными мужами в академии, никак не могли уклониться от участия в нем.

Прения о евхаристии начались в Западной церкви в XIV веке. В центре этих дебатов стоял вопрос о том, в какой именно момент церковной службы происходит пресуществление хлеба и вина в плоть и кровь Христовы. Позиция католической церкви заключалась в том, что это превращение совершается одновременно со словами освящения хлеба и вина, то есть в тот момент, когда повторяется приглашение Христа, обращенное к его ученикам: «Приимите, ядите: сие есть Тело Мое… пейте из нее все, ибо сие есть Кровь Моя» (Мф 26:26–28). В свою очередь, восточные православные церкви стояли на том, что полное превращение совершается только вместе со словами священника (эпиклезой), призывающего Святой Дух сойти в хлеб и вино. Впрочем, к XVII веку под влиянием критики со стороны протестантов, а также аристотелевской физики с ее различием между формой и материей смысл дискуссии свелся к обсуждению вопроса о том, происходит ли превращение на самом деле. При этом сама борьба приобрела более серьезные масштабы, потому что затрагивала ключевую часть богослужения – пресуществление элементов. Расширение контактов между протестантской и православной церквями, а также все более значительное проникновение категорий аристотелевской философии в теологические и догматические труды православных ученых мужей привели к тому, что учение о евхаристии стало обсуждаться православными богословами в западных, схоластических терминах 191 .

Лучшей работой, посвященной развертыванию этого конфликта в России, до настоящего времени остается монография Кэти Поттер. Согласно ее трактовке, в Москве конфликт по поводу евхаристии развивался вокруг точного момента превращения, а не вопроса о том, происходит ли оно на самом деле. Эти дебаты начались приблизительно в начале 1680-х годов как частный диспут между монахами Сильвестром Медведевым и Евфимием Чудовским, работавшими справщиками на Московском печатном дворе 192 . Медведев утверждал, что превращение происходит одновременно со словами Христа, в то время как Евфимий настаивал, что для завершения превращения необходимо, чтобы священник призвал Святой Дух. В целом две эти позиции соответствовали учению католической и православной церквей соответственно, хотя и Медведев, и Евфимий, и сторонники каждого из них считали себя защитниками православного учения. Таким образом, диспут сводился к интерпретации богослужебной практики, а не к богослужебным ритуалам. Как указывает Поттер, существовал важный подтекст, благодаря которому этот личный диспут в итоге перерос в более широкую дискуссию, затрагивавшую вопрос духовной и административной власти в московской церкви. По ее словам, патриарха Иоакима заботила не только точная формулировка православного учения, но и необходимость сохранить достоинство своей должности и контроль над насаждением церковного учения и духовного просвещения. Политика Иоакима по отношению к непокорным иерархам, раскольникам-старообрядцам и тем, кто посягал на его власть, свидетельствует о его последовательных усилиях утвердить в церкви авторитет патриарха. В свою очередь, Медведев не желал признавать эти прерогативы за патриархом. Отстаивая действенность слов Христовых, монах Медведев по сути принижал роль священнослужителя в литургии и фактически подрывал власть церкви. Согласно его трактовке, священник, проводящий церковную службу, лишался позиции важного посредника между божественным присутствием в Святых дарах и верующей паствой. Превращение хлеба и вина в плоть и кровь Христовы могло завершиться и без его вмешательства. Как полагал Медведев, каждый верующий принимал личное участие в таинстве пресуществления благодаря благодати, которой его наделял Святой Дух. Защищая такую точку зрения, указывает Поттер, Медведев подрывал и духовный авторитет рукоположенных священнослужителей, и их роль как сеятелей веры. Такое принижение роли рукоположенных священнослужителей шло вразрез со стремлением патриарха Иоакима повысить статус последних как духовных вождей паствы. Таким образом, заявления Медведева бросали вызов попыткам патриарха Иоакима выстроить в рамках церкви четкую иерархическую вертикаль, в которой патриарх приобретал верховный авторитет и в административных, и в духовных вопросах 193 .

Этот конфликт разворачивался в два этапа. Приблизительно в 1683–1685 годах Медведев сочинил небольшой трактат «Хлеб животный», в котором излагал свои взгляды на евхаристию. Судя по всему, это сочинение не вызвало особой тревоги у патриарха Иоакима, хотя наверняка привлекло его внимание. Собственно говоря, один лишь Евфимий Чудовский выступил с публичной отповедью Медведеву в очень злом полемическом сочинении «Показание на подверг латинского мудрования», написанном в 1686–1687 годах. В нем Евфимий обвинял Медведева в пропаганде латинской ереси и в посягательстве на благосостояние Христовой паствы. Впрочем, он не вдавался в подробное обсуждение и опровержение аргументации Медведева. И Медведев, и Евфимий в то время работали на Печатном дворе, и на этом раннем этапе их диспут, судя по всему, носил личный характер. Так или иначе, в 1684–1687 годах все внимание патриарха было поглощено делом подчинения Киевской митрополии его власти. Кроме того, он явно имел представление о мощных связях Медведева при дворе регентши Софьи Алексеевны. Интригуя против Медведева в том, что касалось основания академии, он объединил силы с только что прибывшими Лихудами 194 .

Иоанникий и Софроний прибыли в Москву 6 марта 1685 года. Три дня спустя их приняли цари Иван и Петр и царевна Софья. 14 марта был издан царский указ, в котором братьям в качестве места жительства определялся Никольский монастырь, где традиционно селили прибывавших в Москву греческих лиц духовного звания. Согласно Сменцовскому, бытовые условия в монастыре явно не отвечали запросам братьев, так как они сразу же подали царям прошение о том, чтобы им предоставили другое жилье. Соответственно, их переселили в Чудов монастырь, но и тот не пришелся им по душе. Цари издали еще один указ о переводе братьев в Богоявленский монастырь, причем там для них были построены новые деревянные кельи 195 . Трудно принять эту версию событий, не предположив, что те или иные должностные лица (из патриархата и/или с царского двора) действовали в соответствии с каким-то планом, поскольку почти сразу же после прибытия братьев, 15 марта, состоялся публичный диспут между Лихудами и Яном (Андреем) Белобоцким по вопросу о пресуществлении. Белобоцкий, родом поляк, много странствовал по Западной Европе и учился в Вальядолидском университете. Судя по всему, в разные моменты своей жизни он разделял то кальвинистские, то католические взгляды. В 1681 году он явился в Москву, надеясь получить место преподавателя в академии, замысленной царем Федором. С подачи Сильвестра Медведева, видевшего в Белобоцком угрозу собственным притязаниям на эту должность, другой поляк, Павел Негребецкий, обвинил его в еретических взглядах. В итоге тот был вынужден сочинить и подписать исповедание веры и в 1682 году перешел в православие, приняв имя Андрей. Несмотря на дальнейшие нападки со стороны Медведева и Евфимия Чудовского, он поступил на службу в Посольский приказ в качестве переводчика, а кроме того, обучал латыни Петра Матвеевича Апраксина (присутствовавшего на диспуте с Лихудами). Вероятно, Апраксины были главными покровителями Белобоцкого, помогавшими ему отражать нападки Медведева. Помимо работы переводчиком дипломатических документов и толмачом при русских посольствах (в 1686 году Белобоцкий сопровождал посольство Федора Алексеевича Головина в Китай), он участвовал в переводе западных теологических и философских трудов и сочинил ряд оригинальных работ 196 .

Диспут Белобоцкого с Лихудами проходил в присутствии отпрысков семейства Апраксиных – Петра Матвеевича (стольника при дворе царя Петра I), Федора Матвеевича и Андрея Матвеевича – братьев вдовствующей царицы Марфы Матвеевны Апраксиной (вдовы покойного Федора Алексеевича), а также племянника патриарха Иоакима Ивана Алексеевича Мусина-Пушкина 197 , Николая Спафария и других 198 . Как отмечает Сменцовский, диспут, судя по всему, кончился победой Лихудов и стал публичной демонстрацией их принадлежности к православию и пригодности для академии. По словам самих Лихудов, несомненно преувеличенным, Белобоцкий не мог ничего возразить на их аргументы и ему пришлось сознаться, что он не слишком сведущ в богословии. Тем не менее по настоянию присутствовавших бояр он был вынужден продолжать диспут и перевел его в дискуссию о происхождении души. И здесь он вновь потерпел поражение от Лихудов 199 .

Должно быть, диспут с Белобоцким в самом деле стал публичной проверкой того, насколько Лихуды были готовы встать у кормила будущей академии в качестве православных ученых. На диспуте затрагивались и религиозные, и философские вопросы, хотя проведение четкой грани между теми и другими было бы анахронизмом. В качестве публичной проверки диспут, скорее всего, был задуман заранее – возможно, патриархом Иоакимом 200 . Трудно себе представить, чтобы Белобоцкий, несмотря на все его прежние невзгоды в Москве, осмелился публично и открыто выражать католическую точку зрения на евхаристию, не получив гарантию того, что это не будет иметь для него никаких печальных последствий. На причастность Иоакима к организации диспута указывает и присутствие И. А. Мусина-Пушкина. Надо полагать, племянник патриарха (и, по некоторым источникам, незаконный сын царя Алексея Михайловича) и будущий ученик Лихудов уведомил Иоакима о выступлении Лихудов и об итогах диспута. Вопрос в том, зачем Иоакиму мог понадобиться этот диспут. Наиболее вероятный ответ сводится к тому, что Иоаким таким образом дал Медведеву понять, что тот не имеет права считать себя столь уж важной фигурой, а свою точку зрения – сколько-нибудь значимой. Даже после того, как Белобоцкий в 1681 году покаялся в своих былых грехах и был вынужден подписаться под исповеданием веры, Сильвестр Медведев видел в нем угрозу своим планам встать во главе академии. С тем чтобы еще сильнее дискредитировать Белобоцкого, Медведев сочинил подробное опровержение его исповедания веры и подал его сперва Иоакиму, а затем царю Федору, но это не имело никаких последствий 201 . Не исключено, что Белобоцкий убедил Иоакима в искренности своего обращения; свою роль могли сыграть и влиятельные покровители при дворе (Апраксины). Как бы то ни было, более вероятно, что Иоаким использовал Белобоцкого как пешку в своих методичных маневрах, имевших целью вытеснение Медведева из проекта будущей академии. Вовсе не Медведев затеял с пришлыми греками диспут о евхаристии и о душе, а бывший еретик, обращенный в православие и прежде претендовавший на место преподавателя в академии. Медведев наверняка чувствовал себя уязвленным.

Пройдя испытание в виде диспута с Белобоцким, Лихуды примерно в июле 1685 года начали преподавательскую деятельность в Богоявленском монастыре, о чем свидетельствуют первые стипендии, выплаченные их ученикам 202 . В их первом классе насчитывалось семеро учеников, причем все они прежде учились у монаха Тимофея в Типографской школе. Тимофей был русским монахом, он путешествовал по греческому Востоку и Святой земле и жил там, а выучив греческий, поступил в ученики к Севастосу Киминитису в Константинополе. Вернувшись в Москву в конце 1670-х годов, он основал школу при Печатном дворе, в которой преподавал церковнославянский и греческий языки. Критический обзор историографии, посвященной этой школе, дает Д. М. Володихин, подробно изучивший документы Патриаршего казенного приказа, касающиеся выплат стипендии ученикам. Впрочем, Володихину все же не удалось найти убедительные доказательства того, что в Типографской школе учили чему-нибудь, кроме как читать на церковнославянском и греческом. В более новой работе Б. Л. Фонкича утверждается, что это была средняя школа, в которой преподавались грамматика, поэтика и логика на греческом языке, и что Тимофей, судя по всему, планировал преподавать и дисциплины более высокого уровня. Существующие свидетельства не позволяют составить четкое представление о ее учебной программе, какими бы ни были планы Тимофея. Ниже пойдет речь о том, что первых семерых учеников Лихудов перевели в академию из Типографской школы, а это значит, что они в достаточной мере знали греческий для того, чтобы учиться у Лихудов, не говоривших по-русски. В 1686 и 1687 годах к ним присоединился ряд отпрысков некоторых из наиболее влиятельных придворных семей 203 .