На месте общественных сооружений центра города теперь находится винодельня, от которой сохранились остатки двух цистерн и семи пифосов III в. н. э. (Кобылина М.М., 1956, с. 88 сл.; 1970а, с. 70 сл.; Сокольский Н.И., 1970). Жители Фанагории продолжают заниматься рыболовством. При раскопках хозяйственной постройки обнаружены две кучи грузил от сгоревшей сети (Кобылина М.М., 1956, с. 101). Город был разрушен при нашествии гуннов.

Некрополь города архаического периода пока не найден. На одном из холмов к востоку от города раскопаны две могилы конца VI в. до н. э. (Блаватский В.Д., 1951в, с. 212). Одна представляет собой трупоположение в деревянном гробу, другая — детское захоронение в хиосской амфоре. В V в. до н. э. появляются погребения под курганными насыпями, главным образом, в деревянных гробах, установленных в сырцовых склепах. Основным типом погребального обряда в IV–II вв. до н. э. было трупоположение, чаще всего в прямоугольных ямах на подстилке из морской травы, иногда в деревянных гробах (Кобылина М.М., 1956, с. 43; Марченко И.Д., 1956а). Нередко по коротким сторонам могил ставились черепицы, часто могилы перекрывали черепицами (Кобылина М.М., 1951в, с. 242), изредка деревом (Блаватский В.Д., 1951в, с. 208). Богатых хоронили в плитовых могилах, детей — в обломках амфор. Костяки лежали в вытянутом положении головой на восток, иногда — на запад, юг и северо-запад. Несколько могил имеют особенности, позволяющие связывать их с негреческим населением (Кобылина М.М., 1956, с. 42). Большее распространение получают захоронения под курганами. Под курганными насыпями наряду с сырцовыми и земляными склепами встречаются каменные склепы с коробовыми и уступчатыми сводами (ОАК, 1871, с. 111; Герц К.К., 1876, с. 23). В курганах обнаружены плитовые могилы с богатым инвентарем. Широко распространена кремация. Многие захоронения сопровождаются тризнами с кострищами, устраиваемыми на специально огороженных или вымощенных площадках из камней или сырцовых кирпичей (Кастанаян Е.Г., 1950, с. 124; Марченко И.Д., 1956а, с. 105 сл.). В погребальном инвентаре доминирует посуда фанагорийского производства. Обычны бронзовые украшения и пряжки, бусы из стекла. В богатых захоронениях встречаются украшения из золота — погребальные венки, перстни, серьги, подвески, ожерелья, и нашивные бляшки.

Преобладающим типом погребального обряда I–II вв. н. э. являются трупоположения в прямоугольных могильных ямах с различной ориентацией. В некоторых могилах на дне обнаружен слой камня или серой глины (Марченко И.Д., 1956а, с. 117 сл.). Встречаются погребения в деревянных гробах и саркофагах, а детские — в больших сосудах или нижних частях амфор и кувшинов. Появляются могилы с чертами сарматского погребального обряда — со скрещенными в ступнях ногами, бронзовыми колокольчиками, частями конских костяков (Блаватский В.Д., 1941б, с. 36 сл.). Встречаются погребения в земляных и каменных сводчатых склепах (ОАК 1870 г., с. VI).

В III–IV вв. н. э. погребения совершались в грунтовых ямах прямоугольной формы и были ориентированы головой на север, нередко на запад и юго-запад. Встречаются подбойные могилы и земляные склепы. В последних погребения зачастую совершались в деревянных саркофагах и сопровождались богатым инвентарем. Костяки лежат в вытянутом положении иногда со скрещенными ногами. Черепа у многих деформированы. Покойных сопровождают сероглиняные сосуды с лощеным орнаментом, бронзовые зеркала, бусы, бронзовые пряжки, стеклянные сосуды. Детали погребального обряда и инвентарь показывают далеко зашедший процесс сарматизации населения города.