Третий период изучения трипольских памятников приходится на 40-е и 50-е годы. Он характеризуется дальнейшими исследованиями по уточнению периодизации, выявлением новых территориальных групп памятников со специфическими признаками, сплошными раскопками отдельных поселений, ставшими исходной источниковедческой базой для культурологических и социологических реконструкций. В книге Т.С. Пассек «Периодизация трипольских поселений», получившей высокую оценку, были подведены итоги довоенным изысканиям (Пассек Т.С., 1949а). В 50-е годы возглавляемая Т.С. Пассек экспедиция начала новый цикл исследований. Так, в Среднем Поднестровье был выявлен и раскопан ряд интереснейших памятников, в том числе многослойные поселения Флорешты, Солончены II, Поливанов Яр и позднетрипольский Выхватинский могильник. Была выявлена последовательность залегания слоев, относящихся к трем основным периодам созданной Т.С. Пассек периодизации, получены совершенно новые данные о некоторых этапах развития трипольской культуры (Пассек Т.С., 1955б; 1957; 1958; 1961а; 1961б; 1965а).

В более северных районах Поднестровья были осуществлены раскопки раннетрипольских поселений у с. Лука-Врублевецкая (Бибиков С.Н., 1953), Ленковцы (Черниш К.К., 1959б) и многослойного поселения Незвиско (Черныш Е.К., 1962). По ряду признаков были выявлены различия между раннетрипольскими памятниками трех больших регионов — Восточного Прикарпатья, Поднестровья и Среднего Побужья (Черныш Е.К., 1956), чему способствовало изучение группы раннетрипольских поселений в бассейне Южного Буга (Макаревич М.Л., 1952б; 1954). Исследования в Поднепровье позволили выделить весьма своеобразные памятники софиевского типа, относящиеся к позднему этапу трипольской культуры (Захарук Ю.Н., 1952). В 50-е годы были сделаны также первые попытки произвести хронологическое членение позднетрипольских памятников (Захарук Ю.М., 1953а; Кравец В.П., 1955; Лагодовская Е.Ф., 1953; 1956; Пассек Т.С., 1955а).

В те годы археологи все отчетливее начали осознавать культурную близость трипольских и кукутенских памятников. С наибольшей определенностью она проявилась при сопоставлении памятников раннего периода (Пассек Т.С., 1958; 1960; 1961б). В связи с этим особо следует отметить, что в итоге полного вскрытия небольшого поселения Лука-Врублевецкая на Днестре С.Н. Бибиковым был сформулирован ряд новых идей: о происхождении трипольской культуры, о хозяйстве раннетрипольских племен, об их идеологических представлениях. Вызвав дискуссию, эти идеи в целом способствовали оживлению атмосферы творческого поиска по узловым проблемам триполеведения (Бибиков С.Н., 1953).

50-60-е годы также отмечены дискуссией о корнях культуры Триполье-Кукутени, разгоревшейся после раскопок Г. Думитреску в Траян-Дялул Вией в Молдавском Прикарпатье (Dumitrescu V., 1957; 1967; Думитреску Г., 1960; Zaharia E., 1967). Г. Думитреску была выделена в самостоятельную группа поселений наиболее древней фазы — Докукутени I. По мнению исследовательницы, на территорию Молдовы эта культура, представляющая собой параллельную ветвь нижнедунайской культуры Боян (на фазе Джулешти), пришла из Трансильвании, так как она характеризуется переплетением элементов культуры Боян с элементами культуры линейно-ленточной керамики. На сходство докукутенских и боянских памятников типа Джулешти впервые указал Е. Комша, первоначально склонявшийся к тому, чтобы относить поселение Траян-Дялул Вией к культуре Боян (Comsa E., 1957). На основании результатов, полученных при раскопках во Флорештах одного из древнейших трипольских (докукутенских) поселений, к разработке проблемы формирования трипольской культуры обратилась и Т.С. Пассек (Пассек Т.С., 1958; Passek Т., 1964).

Новому подходу к решению проблемы происхождения трипольской культуры содействовало начавшееся в 50-е годы изучение памятников культуры линейно-ленточной керамики на территории Украины и Молдавии, а также исследования, проводившиеся румынскими учеными (Свешников И.К., 1954; Черныш Е.К., 1962; Маркевич В.И., 1973б; 1974а; Dumitrescu V., 1967). Итоги исследований этой культуры на территории СССР были подведены в начале 60-х годов (Пассек Т.С., Черныш Е.К., 1963). К тому времени отпало мнение о существовании генетической связи трипольской культуры с культурой линейно-ленточной керамики. Слабые следы ее влияния отдельные исследователи усматривали лишь в археологических материалах древнейших поселений докукутенского типа. Третий период отмечен также важными работами в области культуры воронковидных сосудов и культуры шаровидных амфор, позволившими более обоснованно, чем это делалось до тех пор, подойти к решению вопроса о взаимоотношении их с трипольской культурой (Захарук Ю.Н., 1959; Свєшнiков I.К., 1957; 1958; 1971).

Наконец, четвертый период в изучении трипольских памятников, приходящийся на 60-70-е годы, характеризуется не только количественными изменениями, но и качественно новым уровнем разработки соответствующей проблематики. Резко возросло число известных памятников трипольской культуры. Только в выпуске археологической карты Молдавской ССР их учтено 329 (Маркевич В.И., 1973б). В этот период были произведены сплошные раскопки позднетрипольских поселений Брынзены III (Брынзены-Цыганка) и Костешты II на левобережье Прута (Маркевич В.И., 1981), а также раннетрипольского поселения Бернашовка на левобережье Днестра (Збенович В.Г., 1980в). Важные результаты были получены при широких раскопках поселений Клищев (Заец И.И., 1973; 1975а; 1975б), Цвикловцы (Мовша Т.Г., 1964а; 1965б; 1970а), Жванец (Мовша Т.Г., 1970б), Шкаровка (Цвек Е.В., 1976), Усатовского некрополя (Патокова Э.Ф., 1967; 1975; 1979) и других памятников.

В начале 60-х годов на юге Днестровско-Прутского междуречья были открыты поселения, давшие своеобразный комплекс вещей, отчасти напоминающий материал памятников нижнедунайской культуры Гумельница (Пассек Т.С., Черныш Е.К., 1965). Позднее выяснилось, что эти поселения относятся к слабо выраженному варианту небольшой культурной группы Алдени II, выделенной Е. Комша (Comsa E., 1963). Вариант, выявленный на левобережье Прута и в системе нижнедунайских озер Кагул, Ялпух и Катлабух, уже в значительной мере исследован (Субботин Л.В., 1975а; Бейлекчи В.С., 1978). В последнее время он все чаще именуется культурой Болград, что предложено в свое время С.Н. Бибиковым, так как первые раскопки памятников этого типа на территории СССР проводились на окраине г. Болград (Бибиков С.Н., 1966б). Открытие новой культуры явилось важной вехой в исследовании раннеземледельческих культур Юго-Запада СССР. Установлено, что именно болградские общины осуществляли связь раннетрипольского населения с северобалканским и сами благотворно влияли на развитие трипольской и докукутенской культур.

В 60-е и 70-е годы появился ряд монографий, в которых исследователи подводили итоги многолетних работ по изучению отдельных археологических культур — буго-днестровской (Даниленко В.Н., 1969; Маркевич В.И., 1974а), днепро-донецкой, среднестоговской (Телегiн Д.Я., 1968; 1973), михайловской (Лагодовська О.Ф., Шапошникова О.Г., Макаревич М.Л., 1962), болградской (Бейлекчи В.С., 1978) и разных вариантов трипольской культуры (Збенович В.Г., 1974; Круц В.А., 1977; Дергачев В.А., 1978; 1980; Патокова Э.Ф., 1979; Маркевич В.И., 1981). К этому времени относятся монографические исследования, касающиеся классификации и интерпретации трипольской пластики (Погожева А.П., 1971; Мовша Т.Г., 1975б). Исключительно важное значение для изучения идеологических представлений трипольцев имеют исследования в этой области Б.А. Рыбакова, отличающиеся широким привлечением сравнительно-исторического материала (Рыбаков Б.А., 1965; 1966; 1976; 1981).