В 1884 году в крепости было построено еще одно тюремное здание — так называемая Новая тюрьма. Узниками ее были в основном народовольцы. В 1884–1906 годах в камеры этой тюрьмы были брошены выдающиеся деятели революционного движения — члены «Народной воли» Н. А. Морозов, В. Н. Фигнер, Г. А. Лопатин, М. Ф. Грачевский, И. Н. Мышкин, М. Ф. Фроленко и другие.

В эти годы Шлиссельбургская крепость использовалась царизмом как место казни революционеров. 8 мая 1887 года были казнены члены революционной организации «Террористическая фракция партии «Народная воля» А. И. Ульянов, П. Я. Шевырев, П. И. Андреюшкин, В. С. Осипанов и В. Д. Генералов, участвовавшие в подготовке покушения на Александра III 1 марта 1887 года. В 1902–1906 годах погибли на эшафоте революционеры С. В. Балмашев, И. П. Каляев, 3. В. Коноплянникова и другие. Всего в 1884–1906 годах в крепости было казнено 15 революционеров.

После поражения первой русской революции Шлиссельбургская крепость была превращена в каторжный централ. В 1907–1908 годах «нумерную» казарму перестроили в трехэтажный тюремный корпус, который заключенные называли «Зверинцем». Это название объяснялось особым устройством общих камер, которые были отделены от коридора не стеной, а оплошной, от пола до потолка, железной решеткой.

В 1908 году на фундаменте Старой тюрьмы в цитадели было построено новое двухэтажное тюремное здание. А через три года, в 1911 году, появилось еще одно тюремное здание — четырехэтажный корпус на 480 человек.

В 1907–1917 годах в Шлиссельбургской крепости отбывали заключение пролетарские революционеры — Г. К. Орджоникидзе, Ф. Н. Петров, Б. П. Жадановский, И. К. Гамбург, М. П. Ремизов и другие. Тюрьмы прекратили свое существование после Февральской революции, уничтожившей царизм.

В 1928 году на острове был открыт филиал Музея Великой Октябрьской социалистической революции.

Навсегда, казалось, ушедшая в прошлое военная мощь древней твердыни в истоке Невы с неожиданной силой проявилась в годы Великой Отечественной войны.

8 сентября 1941 года немецко-фашистские войска вступили в полуразрушенный Шлиссельбург. Весь город был окутан дымом горевших мучных складов и ситценабивной фабрики. Гитлеровцы намеревались форсировать Неву, чтобы на правом берегу соединиться с наступавшими с севера финскими войсками и тем самым полностью окружить Ленинград. Но путь захватчикам преградила старая крепость Орешек. Немцы не предполагали, что остановятся перед древнерусской твердыней, а блокированный врагом Ленинград сохранит выход к Ладожскому озеру.

500 дней защитники острова вели неравный бой с превосходящими силами противника. В те суровые дни бойцы поклялись защищать крепость до последнего. «Никто из нас, — писали они, — при любых обстоятельствах не покинет ее. Увольняются с острова: на время — больные и раненые, навсегда — погибшие. Мы отказываемся от смены. Будем стоять здесь до конца».

Что только не предпринимали враги — вели огонь бетонобойными снарядами; расчертив план крепости на квадраты, методично засыпали ее минами, бомбами с воздуха; по радио и в листовках грозили превратить постройки острова в груду щебня; блокировали огнем подвоз продовольствия, — защитники маленького клочка советской земли выстояли.

Над островом висело облако дыма и пыли. От беспрестанного огня рушились вековые стены, вспыхивали пожары. Казалось, погибало все живое, но проходили часы, и вновь оживали расставленные на башнях пушки и пулеметы, и вновь вели огонь по фашистским позициям на левом берегу Невы.

Писатель В. Саянов, не раз приезжавший в те дни на остров, писал в своей книге «Ленинградский дневник»: «Орешек стойко держится, он несокрушим, и это еще больше злит врага. А ведь до занятого фашистами берега совсем близко, недаром на ближнюю бровку все время ходят разведчики и возвращаются в крепость с трофеями».

Крепость оказалась неодолимой для врага благодаря мужеству и героизму ее защитников. Сказалась и мощь ее древних укреплений, которые выдержали все обстрелы немецкой артиллерии. Из войны крепость вышла израненной и полуразрушенной, но не уничтоженной.

И сегодня на острове все напоминает о Великой Отечественной войне — стены, исковерканные прямыми попаданиями, куски искромсанной взрывами кладки, пустые глазницы окон. Высится истерзанная снарядами колокольня церкви Иоанна Предтечи. Все пятьсот дней героической обороны на ней развевалось знамя защитников крепости.

Поселение в истоке Невы, сменившее за время своего существования пять названий — Орехов, Орешек, Нотебург, Шлиссельбург, Петрокрепость, — испытало много превратностей судьбы. Пограничный форпост и город-крепость, остров-страж и царский застенок, крепость-музей и непобедимый бастион на левом фланге Ленинградского фронта.

Учитывая героическое прошлое крепости, Исполком Ленгорсовета в 1966 году принял решение о восстановлении Орешка — Шлиссельбурга как уникального историко-революционного, фортификационного и военно-исторического музейного комплекса. Эту работу начали осуществлять Государственный музей истории Ленинграда, институт «Ленпроект» и ряд других организаций. Разрушенная Шлиссельбургская крепость в недалеком будущем превратится в музей-заповедник.