Когда Иоанн приближался к Константинополю, то ему навстречу вышел весь город, со множеством посланных царем вельмож. Царь, вместе с освященным собором иерархов и народом, встретил святого Иоанна с честью, и все радовались возведению на патриарший престол сего светильника Церкви.

Не радовался только Александрийский патриарх Феофил327 со своими единомышленниками. Он завидовал славе Иоанна и, ненавидя его, помышлял возвести на патриарший престол своего подвластного пресвитера Исидора. Но это не помешало созванию собора, по постановлению которого святой Иоанн был избран на патриаршество.

Блаженный возведен был на патриарший престол 26 февраля 398 года. Царь, а за ним все князья и вельможи пришли к Иоанну, желая получить от новопоставленного патриарха благословение. Сотворив молитву о царе и народе и благословив всех, Иоанн отверз свои богоглаголивые уста и предложил душеполезное поучение, в котором наставлял царя неотступно пребывать в православии, отвращаться еретиков, часто ходить в церковь, быть справедливым и милостивым. Он говорил:

— Да знает твое благочестие, что я не побоюсь, когда явится потребность, говорить наставления и обличения для пользы души твоей, подобно тому, как пророк Нафан не боялся обличать согрешения царя Давида328.

Иоанн наставлял также всех духовных и мирских правителей и их подчиненных честно исполнять свой долг. Его учительным словом услаждались все слушающие. Когда Иоанн беседовал со своею паствою, в народе оказался один бесноватый, который в припадке бросился на землю и завопил ужасным голосом, так что все бывшие в церкви пришли в ужас. Блаженный Иоанн повелел привести его к себе, сотворил над ним крестное знамение и, изгнав нечистого духа, возвратил бесноватому здравие. Увидав сие, царь и весь народ возрадовались и прославили Бога, даровавшего им столь великого светильника — врача душевного и телесного.

Приняв церковное управление, святейший патриарх Иоанн стал ревностно пасти словесное стадо Христово, искореняя в людях всякого звания (а в особенности среди клириков) худые обычаи, истребляя нечистоту, зависть, неправду и всякое небогоугодное дело. Вместе с этим он насаждал чистоту нравов, любовь, справедливость, милосердие, вкоренял в сердца добродетели и своими златоглаголивыми устами наставлял всех в благочестии. Нравственные пороки глубоко оскорбляли святого Иоанна, но искреннее раскаяние заставляло его всё прощать.

Однажды, пред самою Пасхою, Иоанн был опечален недостойным поведением народа, который он так любил и о душевном благе которого так заботился. В среду на Страстной неделе поднялась грозная буря. Испуганный народ устремился в храмы, прибегая к Божию милосердию; начались общественные молитвы и крестные ходы. Бедствие миновало, и уже в Страстную пятницу и субботу народ, забыв о посещении Божием, предался веселым зрелищам в цирке и в театре. Возмущенный до глубины души, святой пастырь в первый день Пасхи обратился к неблагодарной пастве с знаменитым словом «Против зрелищ». «Можно ли снести? Можно ли стерпеть? Вам самим жалуюсь на вас» — так начал блаженный святитель это слово. Ясно и вразумительно изобразил он гибельные действия театра на нравственность и грозил виновным отлучением. Убежденное слово святого проповедника произвело сильное впечатление на народ, любивший его, и вызвало искреннее раскаяние.

Не только в Константинополе, но и во всех окрестных городах и селениях святой угодник Божий имел большое попечение о спасении душ человеческих. Он посылал из числа своих клириков опытных, богобоязненных мужей утверждать православие проповедью слова Божия, истреблять нечестие и ересь и направлять заблудших на путь спасения. Он до основания разорил идольские храмы, стоявшие в течение многих веков в Финикии329. Мудро обратил он к православной вере Кельтский народ330, зараженный арианством, повелев избранным для того пресвитерам и диаконам обучиться кельтскому языку и отправив их к кельтам проповедовать благочестие на их природном наречии. Таким же образом Иоанн просветил скифов331, живших по Дунаю. Он изгнал из стран восточных маркионитскую ересь и озарил светом истинного учения весь мир.

В особенности Иоанн имел попечение о немощных и убогих, питая алчущих, одевая нагих, промышляя о сиротах и вдовах. Для спокойствия больных и странников, не имущих где приклонить голову, он устроил множество больниц, снабжал больных всем необходимым, приставил слуг и врачей и поручил двоим богобоязненным иереям заботиться о них. В то же время сам он прилежно заботился о церковном управлении, с любовью утверждая добрых и наказывая и обличая злых.

Во время патриаршества святого Иоанна Златоустого в Константинополе оставалось еще много последователей арианской ереси, которые невозбранно исповедовали свою веру и совершали свои богослужения. Блаженный помышлял о том, каким бы способом очистить город от сей ереси, и, улучивши удобный случай, сказал царю:

— Царь благочестивый! Если бы кто вложил в твою корону, наряду с находящимися в ней драгоценными камнями, простой камень, тёмный и нечистый, то не обесчестил ли бы он всей короны?

Царь ответил:

— Да, так.

Иоанн продолжал:

— Так обесчещен и сей город, который, будучи православным, имеет еще в числе своих жителей неверных ариан. И подобно тому, как прогневался бы ты, царь, за бесчестие твоей короны, так Всемогущий Бог гневается за сей город, оскверненный арианскою ересью. Итак, тебе следует или привести еретиков к единству веры, или же изгнать их из города.