Положение участников экспедиции было плачевно. Не только не прибыл сам хозяин — барон, но от него не было ни денег, ни писем. Наконец поступило сообщение, что барон фон Мюллер обанкротился. Денег у Брема больше не было, но ему удалось сделать небольшой заем. На эти средства была предпринята шестинедельная экспедиция в леса Голубого Нила. Экспедиция дала богатый материал для коллекций. Но Брем опять схватил лихорадку и совсем больной вернулся в Хартум.

Вылечившись от лихорадки, Альфред вместе со всеми своими спутниками отправился во вторую экспедицию, которая продолжалась три месяца, путешественники глубоко проникли в глухие места. Они добыли многих очень редких птиц, почти каждую ночь слышали рев львов, наблюдали целые стада слонов и огромные стаи обезьян, охотились на крокодилов и бегемотов. Однажды Брем чуть не сделался жертвой своей неосторожности, когда на него бросился легко раненный и разъяренный бегемот. Экспедиция привезла в Хартум около 1400 одних только птичьих шкур.

Брем жил в Хартуме, занимая деньги у своих друзей мусульман, которые высоко ценили его за способность приручать диких животных. Во дворе его дома был целый зверинец. Всюду за ним следовали стая ручных ибисов и мартышка, он приручил даже нескольких грифов. Но особенное удивление вызывали ручная львица и ручной крокодил. Брем пишет, что все эти животные составляли для него большое утешение во время его невольного плена в Хартуме. Встречая так много привязанности и благодарности в своих животных, он часто забывал тяжелое положение, в которое его поставили люди.

Тем временем припадки лихорадки становились все чаще; необходимость возвращения на родину была очевидной. Брем прожил в Судане четырнадцать месяцев, не имея средств заплатить долги. Вернуться в Каир, а затем и на родину ему помогли находившийся тогда в Хартуме немецкий купец Бауергорст и губернатор Судана Латиф-паша.

Отправившись 18 августа 1851 года из Хартума, Брем только к 26 октября добрался до хорошо знакомого ему Каира. Там он прожил всю зиму, отдохнул от трудного путешествия и поправил свое расстроенное здоровье. Шестнадцатого июля 1852 года вернулся он, наконец, после пятилетнего отсутствия в родной дом и имел счастье обнять отца, мать и всех братьев и сестер.

Понятно, что такое продолжительное пребывание в Африке и исключительные занятия охотой и наблюдением природы оказали решающее влияние на карьеру Брема. О продолжении своих занятий архитектурой он перестал думать. Прекрасно сознавая пробелы в естественнонаучном образовании, поступил в университет — сначала в Йенский, потом в Венский.

Уже в эти годы Альфред Брем начал свою литературную деятельность: печатал орнитологические очерки в специальных журналах и был одним из основателей немецкого Орнитологического Общества. В 1855 году он издал в трех томах «Путевые очерки о северо-восточной Африке». Написанные с блеском, они содержали не только подробные описания природы и различные сведения об охоте, рассказы об образе жизни тамошних животных, преимущественно птиц, но и богатый материал по этнографии виденных им стран.

Гонорар, полученный за эту книгу, позволил Брему в 1856 году вместе с братом Рейнгольдом совершить путешествие по Испании. Брат был врачом и также страстным охотником, любителем наблюдения природы. Эта поездка, богатая приключениями, в значительной степени пополнила сведения Брема о южноевропейских животных.

После возвращения из Испании Брем поселился в Лейпциге и стал заниматься литературным трудом. Он писал статьи для очень популярного журнала «Die Gartenlaube». Эти статьи сделали Брема известным, так как он сумел придать привлекательность и даже поэтический оттенок своим очеркам о жизни животных. В значительной степени на основании наблюдений, сделанных в Испании, братья в соавторстве с отцом опубликовали очень ценную статью «Орлы-ягнятники и их жизнь». Конечно, яркие поэтические описания царственной птицы принадлежат в этой книге Альфреду.

Вскоре А. Брем получил возможность совершить путешествие в Норвегию и Лапландию. Суровая, величественная природа фиордов и шхер далекого Севера произвела на него сильнейшее впечатление, особенно шумные птичьи базары. С энтузиазмом отдался он орнитологическим наблюдениям, уделяя больше всего внимания незнакомым птицам, не встречающимся ни в средней Европе, ни в Африке. Вернувшись в Лейпциг, описал свои впечатления в ярком очерке «Lapplands Vogelberge».

Брем обладал изумительным даром чувствовать красоту и постепенно смог стать выдающимся стилистом — настоящим художником слова, способным представить на страницах яркие, красочные образы живой природы. Потребность в доступной форме передать свои знания широким кругам любителей природы побудила Брема написать большую популярную книгу «Жизнь птиц». В этой книге в виде художественных очерков он дал характеристики наиболее интересных представителей преимущественно среднеевропейской орнитофауны. По словам последующих исследователей, у Брема «всем птицам свойствен характер; существуют веселые, печальные, честные, вороватые, благородные и подлые, прямодушные и лукавые птицы». Книга вышла в свет в Лейпциге в 1861 году, в день 74-летия отца и учителя автора — Христиана Людвига Брема.

Несмотря на видимые литературные успехи, Брем решил упрочить свое материальное и общественное положение. Он поступил преподавателем географии в частную мужскую гимназию. Это дало ему возможность обзавестись семьей: в 1861 году молодой ученый женился на Матильде Рейц, сделавшейся до конца дней верной спутницей жизни. Она посильно участвовала в путешествиях и очень дорожила его славой писателя и ученого.

Счастье благоприятствовало Брему, в скором времени он мог снова поехать в Африку. Организаторы грандиозной охотничьей экспедиции в предгорьях Абиссинии пригласили участвовать в ней Брема, как опытного путешественника и натуралиста. Он был даже командирован вместе с молодой женой для выбора подходящего района охоты и разбивки постоянного лагеря. Так что медовый месяц молодые провели весьма экзотично: в Африке на подступах к Абиссинии.

Стоянку для лагеря Брем выбрал на плато Менда. Богатая и разнообразная природа этой местности позволила охарактеризовать ее как африканскую Швейцарию. Здесь Брем ознакомился с жизнью африканских горных животных и сделал множество новых интересных наблюдений. К сожалению, натуралисту не повезло: он снова схватил малярию и, немного подлечившись, вынужден был вернуться в Лейпциг.

Уже через год, в 1863 году, обработав результаты поездки в Абиссинию, он опубликовал книгу «Ergebnisse einer Reise nach Habesch». В книге, восхищаясь необыкновенным богатством флоры Абиссинии, автор глубоко сожалеет о том, что мало знаком с ботаникой и поэтому не может подробно описать богатую и разнообразную растительность этой страны. Зато Брем поместил большой материал об образе жизни млекопитающих и птиц. Эти страницы читались зоологами всех стран с большим интересом. В том же году он написал вместе со своим лейпцигским другом натуралистом Россмеслером книгу «Лесные животные», которая была переведена на русский язык.