Эти затяжные дискуссии полностью подарили инициативу Наполеону и все еще продолжались, когда его армии прошли через Тюрингский Лес и 10 октября разгромили прусский авангард в Заальфельде. Это поражение вызвало ужас в прусском штабе, и герцог Брауншвейгский, понимая, что его левый фланг находился под угрозой, решил отступить, чтобы защитить свои коммуникации. Это решение сделало невозможным сосредоточение прусских сил, которое еще могло предотвратить катастрофу. В результате, двигаясь с обескуражившей прусское командование быстротой, Наполеон навязал бой армии, состоящей из разрозненных и некоординированных частей. Сам император напал на корпус Гогенлоэ в Йене и, обладая большим численным превосходством и господством на возвышенности, одержал победу. Одновременно Даву бросился на фланг герцога Брауншвейгского у Ауэрштедта и, имея в своем распоряжении всего 26 000 человек, нанес решительное поражение почти вдвое превосходящим силам, во многом из-за нежелания генерала фон Калькройта без четких приказов задействовать свой резерв в 12 000 человек. Рано утром 14 октября прусские гренадеры мужественно противостояли смертоносному огню французских тиралеров, заслужив безграничное восхищение Наполеона, но к полудню боевой дух начал давать сбои. В Ауэрштедте герцог Брауншвейгский, пытаясь сплотить сильно пошатнувшуюся дивизию, был ранен в оба глаза и вынесен умирающим с поля боя, эта потеря усугубила растущее падение морального духа. Началось общее отступление, которое к вечеру переросло в бегство, поскольку беглецы обоих сражений хаотично бросились в сторону крепости Магдебург96.

Последующие события составляют одну из наименее славных глав в прусских военных анналах, поскольку воля к дальнейшему сопротивлению, похоже, умерла в Йене и Ауэрштедте, и лишь немногие командиры пытались сплотить свои силы для нового противостояния. Шарнхорст, в суматохе сражения отстраненный от своего поста в королевском штабе, присоединился к корпусу Блюхера в качестве начальника штаба, в то время как гусарский офицер упорно пробивался, используя спасенную им от разгрома артиллерию и поддержку егерей Йорка, через Гарц в сторону Мекленбурга, отвлекая французские силы, которые в противном случае могли бы ворваться в Восточную Пруссию. Но Блюхер и Шарнхорст вели бой практически в одиночку, и даже они, из-за отсутствия продовольствия и боеприпасов, были вынуждены сдаться французам в окрестностях Любека. В остальном крах прусской армии был полным и позорным. В Магдебурге генерал фон Клейст и двадцать три других генерала с 24-тысячным войском под их командованием капитулировали без боя, коменданты крепостей Эрфурт, Хамельн, Шпандау, Кюстрин и Штеттин сделали то же самое. Гогенлоэ, прорвавшись с 12 000 человек из Йены в Пренцлау, где он был практически в безопасности, сложил оружие по совету своего начальника штаба Массенбаха. Продемонстрировав недостаток таланта, офицерский корпус, казалось, намеревался доказать несостоятельность и в отношении доблести.

После захвата французскими войсками западных провинций Фридриха Вильгельма III он удалился в Восточную Пруссию и попытался в союзе с русскими вернуть потерянное. Однако кампания 1807 года отмечена преимущественно массой дебатов, подобных тем, что предшествовали Йене и Ауэрштадту, а прусский и русский штабы так и не смогли договориться о стратегическом плане. В феврале снова отличился Шарнхорст, когда, командуя ничтожно малым остатком прусской армии, лишил авангард Наполеона победы при Прейсиш-Эйлау. Однако союзные силы не смогли воспользоваться возможностью, предоставленной этим временным срывом планов императора, и бездействовали, в то время как Наполеон подтянул свои основные силы97. В июне французы начали крупное наступление и 14-го оттеснили главные русские силы к Фридланду. После этого царь Александр не решался на дальнейшее сопротивление и поспешил заключить мир с корсиканцем, мало заботясь о чувствах своего отчаявшегося союзника.

Брошенный на произвол судьбы Фридрих Вильгельм III встретился с Наполеоном 9 июля в Тильзите, и ему сообщили условия. Если он и ожидал мягкого отношения, то не дождался. Короче говоря, короля попросили смириться с потерей примерно половины территории и подданных, обещать платить большую дань своему противнику и содержать крупную оккупационную армию, а поскольку боеспособных воинских подразделений у него больше не было, ему не оставалось ничего другого, кроме как согласиться. Условия были совершенно сокрушительными, и они заключали в себе разрушение старого прусского государства. Тем не менее это не следует приписывать мстительности французского императора. В действительности Пруссия, созданная усилиями своей армии и ставшая крупной державой, теперь была разбита неспособностью этой армии приспособиться к изменяющимся методам ведения войны и нежеланием ее правителей задействовать невостребованную энергию прусского народа.

В месяцы, последовавшие за капитуляцией Тильзита, лишь самые завзятые оптимисты сохраняли веру в дальнейшее существование Пруссии как независимого государства. Наполеон быстро раскрыл свои намерения превратить разбитую страну в сателлита своей империи, и казалось, что значительная часть прусского народа была готова покориться этой судьбе. У буржуазии и аристократии военная неудача породила широкие пораженческие и сильные оппортунистические настроения, а среди интеллектуалов вскоре раздались голоса, доказывающие преимущества приверженности новому наполеоновскому европейскому порядку, даже если это повлечет за собой уменьшение суверенитета Пруссии. В то же время в огромной массе населения было почти незаметно признаков негодования по поводу унижения Пруссии, а еще меньше народ желал за него отомстить.

Тем примечательнее, что в течение шести лет апатичное отношение народа к поражению удалось преодолеть, а Пруссия оказалась первой среди тех государств, которые объединились ради победы и изгнания корсиканца. Это возрождение было делом рук небольшой группы преданных и патриотичных реформаторов, главными из которых были Штейн, Шарнхорст, Гнейзенау, Бойен и Грольман. Признавая военные недостатки, приведшие к разгрому под Йеной, эти люди ясно понимали более глубокие причины краха Пруссии – ту пропасть, которая существовала между государственной машиной и прусским народом, не дав народу возможности отождествлять себя со своим правительством и лишив государство народной поддержки во время кризиса. Преодоление этой пропасти и пробуждение нового чувства преданности прусскому государству было конечной целью социальных, политических и военных реформ, начатых Штейном и его коллегами после 1807 года, и непосредственные результаты их усилий отразились в успешной войне против Наполеона в 1813–1814 годах и в народном энтузиазме, с которым ее поддержал прусский народ.

Несмотря на успех в освобождении Пруссии от иностранного господства, реформаторы в конечном счете не смогли достичь своих целей. Возможно, как писал Герберт Росински, они переоценили способность прусского государства отказаться от своих фундаментальных традиций98.

Разумеется, они не смогли предвидеть, что, едва Пруссия будет освобождена от чужеземного ига, правящий класс предпочтет вернуться к своим давним привычкам. Когда после 1814 года эта тенденция утвердилась, реформаторы не проявили большого политического умения ей противостоять и к 1819 году оказались отстранены от власти, их политическая и социальная программа была сорвана и искажена, а их надежда на то, что Пруссия может стать прогрессивным государством с представительными учреждениями, потерпела поражение. После 1819 года период реформ сменил период реакции, на его протяжении старые разочарования прусского народа проявились в новых формах, а армия, которую Шарнхорст и Бойен стремились превратить в предмет народной гордости, вновь стала объектом народного возмущения.