Иерархи смутились: всем было известно, что «кадры» перебиты в лагерях.

Но митрополит Сергий невозмутимо ответил:

— Кадров у нас нет по разным причинам. Одна из них: мы готовим священника, а он становится маршалом Советского Союза.

Довольная усмешка тронула уста всесильного вождя, и он произнес: «Да, да, как же. Я семинарист. Слышал тогда и о вас». Затем он сказал, что мать его до самой смерти сожалела, что он не стал священником. Беседа затянулась до трех часов ночи. Во время беседы были выработаны Устав Русской церкви и те условия, в которых она существует до сего времени.

После четверти века большевистских гонений на веру и верующих церковным иерархам было дано разрешение созвать архиерейский Собор и избрать на нем Патриарха Московского и всея Руси, а также образовать Синод. Именно на этой кремлевской встрече Церкви для размещения Патриархии передали здание в Чистом переулке. Кроме того, Сталин дал разрешение на открытие богословского института и пастырских курсов, которые позже были преобразованы в духовные академию и семинарию.

По словам очевидцев, в конце беседы престарелый и больной митрополит был страшно утомлен. Тут последовал эпизод, о котором упоминает Солженицын. Сталин, взяв митрополита под руку, осторожно свел его по лестнице вниз и сказал ему на прощанье следующую фразу: «Владыко! Это все, что я могу в настоящее время для вас сделать». И с этими словами простился с иерархами.

Через несколько дней 8 сентября 1943 года в здании Патриархии в Чистом переулке был созван Собор епископов (немногих, оставшихся на свободе иерархов), единодушно избравший Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия Патриархом Московским и всея Руси.

Это был первый Собор после 1918 года. В нем участвовало 19 архиереев.

Интронизация новоизбранного Патриарха Сергия состоялась в Богоявленском патриаршем соборе 12 сентября — в день памяти святого князя Александра Невского, небесного покровителя земли Русской. А 20 сентября в Патриаршей резиденции впервые принимали иностранных гостей — делегацию Англиканской Церкви.

17 ноября 1943 г. патриархом Московским и всея Руси Сергием в главном доме усадьбы был устроен зал заседаний Синода (Красный зал) и другие представительские помещения, рабочие комнаты персонала и личные покои Святейшего Владыки.

В северо-западном крыле дома был освящен домовый храм в честь Владимирской иконы Божией Матери (два выходящих в переулок окна справа — окна алтаря).

Он стал патриаршим крестовым храмом, в котором совершались многочисленные рукоположения для всей Русской Церкви. По словам очевидцев, храм до 1957 года не имел иконостаса, и алтарной преградой в нем служил шелковый занавес, за которым находились престол и аналои с иконами. В одном из углов храмового помещения, слева от входа, было патриаршее место с креслом, по стенам были развешаны многочисленные образа. В соседней ризнице в закрытых шкафах хранились Патриаршие облачения.

В 1943 г. в здании Патриархии в Чистом переулке Собор епископов единодушно избрал митрополита Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси

После смерти Святейшего Патриарха Сергия и избрания Патриархом Московским и всея Руси митрополита Алексия в антресольном полуэтаже главного дома разместили рабочие кабинеты ближайших помощников Патриарха: протопресвитера Николая Колчицкого и митрополита Николая (Ярушевича), который, при отсутствии Святейшего Алексия I в Москве, принимал в доме от его имени почетных гостей и иностранные делегации. Здесь же по соседству располагались комнаты сотрудников из Канцелярии, Отдела внешних церковных сношений и Издательский отдел.

В домовом храме Патриаршей рабочей резиденции в Чистом переулке

В мезонине были устроены личные покои Святейшего Патриарха. Здесь же находилась бухгалтерия и трудился секретарь Хозуправления Патриархии. Кроме того, в разных местах дома располагались жилые комнаты ближайших помощников Патриарха Алексия I. В подвале, имевшем отдельный вход со двора, размещались кухня, трапезная для персонала Патриархии. В одноэтажном дворовом корпусе, в глубине владения, разместились службы Московского Епархиального управления, Синодальные отделы и хозяйственные подразделения.

Для устройства загородной резиденции Патриарха Алексия I по просьбе Русской Православной Церкви в 1952 году был получен участок в Подмосковье, в селе Лукино. На территории резиденции находилась старинная усадьба боярского рода Колычевых, к которому принадлежал митрополит Московский Филипп, с прилегающим храмом середины XVII столетия. В XIX веке имение приобрел француз барон Михаил Львович Боде, с именем которого связан новый облик Переделкина и Спасо-Преображенской церкви.

В Патриаршей рабочей резиденции в Чистом переулке

Храм Спаса Преображения в Переделкине

В своей подмосковной усадьбе Лукино он по собственному проекту построил в старо-русском стиле настоящий кремль с «боярскими палатами», церковью-усыпальницей, часовней и мраморным обелиском, на гранях которого выбиты имена погибших представителей рода Колычевых. Усадьба была обнесена крепостной стеной с глухими и проездными башнями. Ныне — это Патриаршее подворье в Переделкине.

Только через 40 лет после получения Московской Патриархией комплекса зданий в Чистом переулке удалось присоединить к старинной усадьбе правый флигель, в котором разместились Управление делами Московской Патриархии, Учебный и Пенсионный комитеты при Священном Синоде. Многие десятилетия епископы, священники и миряне со всей страны приезжали в Чистый переулок в Канцелярию Патриарха. Выражение «еду в Чистый» прочно вошло в церковный обиход.