Распад государства начался уже 15 июня. Лидер нации и министр обороны бежали, министр внутренних дел Скучас и директор департамента государственной безопасности парторганизации Повилайтис были арестованы по приказу министра юстиции, а командующий литовской армией приветствовал оккупационную армию. Выполняя приказ Меркиса закрыть границу, не солдаты Красной Армии или местные коммунисты, а литовские стрелки (Сауляй) направили оружие на президента Литвы в Кибартае.

Литовский пограничник Александрас Бараускас убит солдатами Красной Армии 15 июня 1940 года в Уте

Красная армия пересекает границу Литвы. 15 июня 1940 года.

15 и 16 июня 1940 года исполняющий обязанности президента Меркис заявил, что части Красной Армии вошли в Литву только по соображениям повышения безопасности Литвы и Советского Союза». 15 июня командующий армией дивизионный генерал Виткаускас и начальник штаба армии дивизионный генерал Пундзявичюс отдали приказ литовским солдатам, в то время как командующий Объединением стрелков полковник Пранас Саладжиус приказал своим стрелкам мирно встретить армию СССР. В его телеграмме из Москвы, Урбшис приказал Министерству иностранных дел создать у иностранных дипломатов впечатление, что требования Советов были не ультиматумом, а всего лишь пожеланиями безопасности. Этими действиями литовское руководство дезориентировало нацию, ввело в заблуждение мир и обеспечило видимость законности оккупации СССР.

Очевидно, что сохранить независимость Литвы было невозможно, но была альтернатива позорной капитуляции. У правительства было 28 000 хорошо вооруженных солдат (за годы независимости на национальную безопасность было потрачено миллиард литов), 62 000 стрелков и нация, неравнодушная к свободе; следовательно, Литва могла оказать вооруженное сопротивление агрессии. В худшем случае правительство могло отклонить ультиматум, идентифицировать агрессию, сбежать за границу и, следовательно, усложнить или даже сорвать задачу эмиссаров Кремля по разыгрыванию спектакля о добровольном присоединении Литвы к СССР, чтобы для будущих поколений и всего мира сохранился другой образ Литвы.

Летом 1940 года у литовцев не было лидеров, чувствующих ответственность перед историей. В стране не было сил, способных повести нацию за собой в борьбе за защиту независимости. Как правящий националистический союз, так и оппозиция, состоящая из христианских демократов, крестьян-популистов или социал-демократов, не смогли подняться над фракционными интересами. Политическое руководство страны разделило ответственность за позорную капитуляцию с генералами. Военные, к сожалению, даже не пытались защитить страну. Более того, существуют обоснованные сомнения относительно того, был бы выполнен такой приказ. 15 июня командир 7-го полка, дислоцированного в Таураге, полковник Антанас Бреймелис, получив приказ Президента от министра обороны Мустейкиса оказать сопротивление русским хотя бы символическое, ответил: «Господин министр, я этого не сделаю». И он этого не сделал! Утром 16 июня генерал Казис Таллат-Келпша остановил марш 9-го полка в направлении границы с Германией и отправил его обратно в Мариямполе. (Существует еще одна версия этого инцидента. Предположительно, 9-й полк был направлен для прикрытия отхода президента и после выполнения задачи вернулся к месту своей дислокации.)

Два дня спустя, 17 июня, Советы оккупировали Латвию и Эстонию. Прибалтийские государства капитулировали одно за другим.

Народное правительство

Одной из важнейших задач Деканозова, специального представителя правительства СССР, прибывшего в Каунас вечером 15 июня 1940 года, было создание марионеточного правительства, которое служило бы прикрытием для коммунистического господства и подготовки к аннексии страны. Из сотрудников советского посольства, вновь прибывших сотрудников Народного комиссариата внутренних дел (НКВД), командиров гарнизонов Красной Армии и членов Центрального комитета Коммунистической партии Литвы (ЦК ЛКП) была сформирована специальная группа, которая занималась вопросами формирования и функционирования правительства и давала указания прессе. Самым важным советником Деканозова при формировании нового правительства был советский посланник в Каунасе Н. Поздняков; он был хорошо осведомлен о местной жизни и лично знал многих общественных деятелей и интеллектуалов. Мнение лидеров LCP также было услышано.

«Курс» Кремля летом 1940 года в странах Балтии был направлен не на «социалистическую революцию», а на видимость законности: весь процесс оккупации и аннексии Литвы проводился при формальном соблюдении Конституции 1938 года и других правовых актов Литовской Республики. Таким образом, особенно в начальный период, наибольшую помощь оккупантам в странах Балтии оказывала не местная коммунистическая партия, которая изначально держалась в стороне (Коммунистический интернационал запретил ей проводить митинги и демонстрации до 24 июня), а политики законного правительства, которым доверял народ, общественные деятели и интеллектуалы. К сожалению, летом 1940 года в Литве было много таких людей.

17 июня 1940 года исполняющий обязанности президента Меркис послушно выполнил инструкции Деканозова и подписал два акта подряд. Первым актом было назначение Юстаса Палецкиса премьер-министром, и на него также была возложена задача формирования Совета министров; вторым актом было утверждено следующее новое правительство:

Юстас Палецкис — премьер-министр.

Винкас Креве-Мицкявичюс — заместитель премьер-министра и министр иностранных дел.

Генерал Винкас Виткаускас — министр обороны.

Повилас Пакарклис — министр юстиции.

Эрнестас Гальванаускас — министр финансов.

Матас Мицкис — министр сельского хозяйства.

Леонас Коганас — министр здравоохранения.

Народное правительство Литвы. 17 июня 1940 года.

18 и 19 июня Палецкис подписал акты о назначении писателя Антанаса Венцлова министром образования и Мечисловаса Гедвиласа министром внутренних дел. Гедвилас был первым членом Коммунистической партии в так называемом Народном правительстве. Антанас Снечкус, который только что вышел из тюрьмы, стал директором Департамента государственной безопасности. Опыт, накопленный Советами в 1940 году в странах Балтии, был использован после Второй мировой войны при советизации стран Восточной и Центральной Европы — в этих странах коммунисты также сначала захватили Министерство внутренних дел.