Из-за болезни Ницше вынужден был оставить преподавание в университете.

Зиму 1876–1877 гг. Ницше провел в мягком климате Сорренто, где жил в обществе нескольких друзей: из Рима приехала его давняя приятельница Мальвида фон Мейзенбух (автор известных «Мемуаров идеалистки»); из Восточной Пруссии прибыл доктор Пауль Рэ, с которым Ницше связала крепкая дружба.

Увы, пребывание на юге не облегчило его мук. С начала 1879 года каждодневные приступы болезни Ницше сопровождались непрерывной рвотой. Он недолго и безуспешно лечился в Женеве. После оставления профессорской должности в Базельском университете по состоянию здоровья Ницше назначили ежегодную пенсию в 3000 франков. Он вел отшельническую жизнь в Италии и в Швейцарских Альпах, в Энгадине, в маленькой деревушке Сильс-Мария.

12 ноября 1887 года Ницше написал своему другу Францу Овербеку: «Мне кажется, что для меня замкнулась своего рода эпоха; обратный просмотр был бы как нельзя более уместен. Десятилетие болезни, больше чем десятилетие, и не просто болезни, от которой существовали бы врачи и лекарства. Знает ли, собственно, кто-либо, что сделало меня больным? Что годами держало меня возле смерти, в жажде смерти? Не думаю. Если исключить Вагнера, то никто еще не шел мне навстречу с тысячной долей страсти и страдания, чтобы найти со мною “общий язык”; так был я уже ребенком один, я и сегодня еще один, в свои 44 года. Это ужасное десятилетие, оставшееся за мною, вдоволь дало мне отведать, что значит быть в такой степени одиноким, уединенным: что значит одиночество страдающего, который лишен всякого средства хотя бы сопротивляться, хотя бы “защищать себя”. Круг чтения: Монтень, письма Галиани к мадам д’Эпине, дневник Гонкуров. Выход в свет “Генеалогии морали”. И, как всегда, музыка, музыка, музыка… Меня раздражает все, что нельзя выразить музыкой».

В 1888 году, уже охваченный безумием, Ницше пытался создать историю своей жизни. Не вышло. И 11 августа того же года он написал своему другу и поверенному в издательских делах Генриху Кёзелицу, взявшему псевдоним Петер Гаст: «Может быть, я зашел слишком далеко – не в содержании, а в манере выражаться?» А Мальвиде фон Мейзенбух он признался: «Иногда для того чтобы стать бессмертным, надо заплатить ценою целой жизни! <…> Старый соблазнитель Вагнер, хотя и мертвый, продолжает похищать у меня тех людей, которые могли бы понять мои творения». И еще из письма к ней: «Для того чтобы выносить мои произведения, надо иметь великую душу. Я очень счастлив, что восстановил против себя все слабое и добродетельное».

С этого момента наступил перелом в философском миропонимании Ницше. Он разочаровался в Вагнере и почувствовал отвращение к Шопенгауэру, который до того был главным его учителем в философии. Дело в том, что учение Шопенгауэра не могло дать ответа на вопрос о смысле жизни индивида, то есть именно на тот вопрос, который с самого начала был для Ницше центральным. Философия Ницше была безоглядной проповедью человеческого эгоизма, он искал в ней прежде всего оправдание индивида, а с точки зрения Шопенгауэра, все индивидуальное вообще и всякий процесс есть пустота, есть ложь, есть нечто, подлежащее упразднению. А вот основной упрек Ницше к музыке Вагнера сводился к следующему: это «искусство, которое отрицает гармонию существования и видит ее за пределами мира», где все существующее сливается в безразличное единство и где нет места для разнообразия индивидуальных существ.

Постепенно все ученики покинули Ницше, а немецкие филологи объявили его «человеком, умершим для науки».

А 3 января 1889 года последовал апоплексический удар прямо на улице. За ним – окончательное затмение. Обеспокоенный этим Овербек проконсультировался с психиатрами и доставил Ницше в Базель. Там 10 января больного поместили в психиатрическую клинику. Диагноз: «Paralysis progressiva» (прогрессирующий паралич). 17 января мать отвезла больного сына в психиатрическую клинику Йенского университета. Безумие Ницше было несомненно, однако природа этого до сих пор остается загадкой.

Некоторые считают, что его жестокий душевный недуг – это Божественная кара за непокорность мысли и гордыню. В журнале «Вопросы философии и психологии» за 1892 год так и было заявлено: «Какой великий и поучительный пример представляет судьба этого несчастного гордеца, попавшего в дом умалишенных… Истинный ужас наводит это великое и заслуженное наказание злополучного безбожника, вообразившего себя Богом».

20 апреля 1897 года мать Ницше умерла, а незадолго до этого сестра перевезла больного брата в Веймар. Там Ницше и скончался 25 августа 1900 года. Ему было всего 55 лет.

За год до этого Петер Гаст начал издание полного собрания сочинений Ницше.

Писать Ницше мог только в промежутках между приступами болезни, однако написал он немало. Его основными произведениями стали книги «Несвоевременные размышления», «О пользе и вреде истории для жизни», «Шопенгауэр как воспитатель», «Человеческое, слишком человеческое», «Веселая наука», «Так говорил Заратустра», «По ту сторону добра и зла», «К генеалогии морали», «Казус Вагнер», «Сумерки идолов, или Как философствуют молотом», «Антихрист. Проклятие христианству», «Ecce Homo. Как становятся сами собою», «Воля к власти» и др.

Работы Ницше делятся на две группы, что в целом соответствует двум этапам развития видений их автора. Первая группа включает в себя ранние работы, посвященные проблемам предназначения человека и написанные под воздействием Шопенгауэра. Во второй группе заметен отказ от идей Шопенгауэра в пользу «переоценки всех ценностей». В этих работах излагается философская концепция уже самого Ницше: центральное место там занимают понятия «воля к власти» и «сверхчеловек».

Соответственно, в философской деятельности Ницше различаются два ясно очерченных периода, причем гранью между этими двумя периодами служит 1876 год, когда Ницше окончательно разочаровался в Шопенгауэре и Вагнере. И второй период стал собственно ницшеанским («периодом заратустризма», по выражению Петера Гаста). Он знаменовал собой коренной перелом в его мировоззрении, и в нем произошел переход от метафизики Шопенгауэра к позитивизму, то есть к принципиальному отрицанию всякой метафизики.