12 апреля 1927 г. Чан Кайши совершает в Шанхае контрреволюционный переворот, устроив расправы с коммунистами.

К 1928 г. фактически сосредоточил в своих руках партийную, государственную, военную и финансовую власть. Позднее занимал почти все руководящие посты в государстве и вооруженных силах: председатель Национально-экономического совета, начальник Генерального штаба, член ЦИК Гоминьдан, член Центрального политического совета Гоминьдан, с 1937 г. председатель Высшего совета национальной обороны.

В сентябре 1943 г. избран президентом Китайской Республики. После поражения в Гражданской войне с КПК в 1949 г. с остатками войск и поддерживающего его населения перебазировался на остров Тайвань, где установил военно-авторитарный режим. Руководил страной и партией Гоминьдан до своей смерти.

Старший сын Чан Кайши, Цзян Цзинго (1910–1988), он же Елизаров Николай Владимирович, с 1925 г. долгие годы жил и работал на производстве в Советском Союзе, выпускник Коммунистического университета трудящихся Китая, Военно-политической академии им. В.И. Ленина. После контрреволюционного переворота порвал с отцом, но через несколько лет помирившись с ним, и под его влиянием стал последовательным антикоммунистом. Министр внутренних дел и обороны в правительствах Гоминьдан, с 1972 г. председатель Исполнительного Юаня Китайской Республики, с 1975 г. после смерти отца избран председателем ЦК и ЦИК Гоминьдан, в 1978–1988 гг. президент Тайваня.

В 1943–1944 гг. в Китае продолжались переговоры между КПК и Гоминьдан. Руководство КПК поддерживало тесные контакты с Москвой, рассчитывая на помощь в критической ситуации, дело в том, что заметно активизировались американские представители, с каждым днем нарастало их влияние, а лично Чан Кайши и руководство армии и Гоминьданом по многим вопросам внешней и внутренней политики стали отдавать предпочтение рекомендациям американской администрации. Необходимо указать и на то обстоятельство, что в тот период политика переориентации на США была присуща КПК и лично Мао Цзэдуну, тщательно скрывавшего это от советских товарищей. Одновременно, в КПК развернулась самая настоящая охота на просоветские и коминтерновские группы в руководстве.

В 1944 г. дипломатов, внёсших значительный личный вклад, а достижений у них было немало, Наркомат иностранных дел предлагает отметить высокими государственными наградами, А.С. Панюшкина орденом Боевого Красного Знамени. Списки подали И.В. Сталину и он, зачеркнув это предложение, написал: «Орденом Ленина». В Указе Президиума Верховного Совета СССР указано, что награждение произведено за выдающиеся заслуги перед советским государством и успешное выполнение заданий Правительства.

Следующий этап советско-китайского сотрудничества был связан с непосредственной подготовкой и осуществлением вступления СССР в войну с Японией, но А.С. Панюшкин участвовал в нем уже из Москвы.

Колоссальные информационные потоки, физическое напряжение и интенсивные поездки по стране, ни с чем не сравнимые каждодневные эмоциональные и психологические нагрузки на протяжении почти 5-ти лет, неблагоприятные климатические и санитарные условия привели к рецидиву старого заболевания, на которое наложились новые болячки. Но ситуация была еще хуже… Среди иностранного дипломатического корпуса распространялись слухи о возможном отравлении советского посла, особенно с учетом исторических особенностей и китайского менталитета, оставался единственный вопрос – кто мог на такое пойти? В середине мая 1944 г. Александр Семенович вместе с семьей едет в Москву, где проходит полное обследование и длительное лечение. Несмотря на то, что молодой организм успешно поборол недуг, врачи запрещают ему продолжить работу в Китае.

Официально А.С. Панюшкин с 28 августа 1939 г. выполнял функции полномочного представителя СССР, а с 16 февраля 1943 г. в ранге Чрезвычайного и Полномочного посла Советского Союза, до 3 апреля 1945 г.

Один из ветеранов внешней разведки, работающий в самом начале своего профессионального пути в чунцинской резидентуре с Александром Семеновичем, позже вспоминал, что Панюшкин был энергичным, обаятельным человеком, требовательный к себе и другим. Простота, скромность, принципиальность, чуткость и внимательность к людям, особенно к начинающим сотрудникам, снискали ему большое уважение коллектива советской колонии.

Невзирая на незавершенное лечение, уже в сентябре 1944 г. Панюшкина приглашают на беседу в Центральный комитет партии и информируют о его назначении 1-м заместителем заведующего отделом международной информации ЦК ВКП(б). Руководил отделом сам Георгий Димитров, бывший председатель исполкома Коминтерна. Отдел координировал деятельность международного коммунистического движения и поддерживал связи, в том числе конспиративные, с иностранными компартиями и национальными (рабочими) движениями. В декабре 1945 г. решением Политбюро вместо отдела международной информации создан отдел внешней политики, во главе с М.А. Сусловым, задачей которого была подготовка и проверка кадров по внешним сношениям, связи с компартиями за границей и другими рабочими организациями. Помимо общих вопросов отдела А.С. Панюшкин, сохранив свои позиции, непосредственно курирует Китай, Югославию, а по отдельным вопросам Германию. Становится незаменимым помощником Суслова, не имевшего опыта работы в сфере международного коммунистического движения, внешнеполитической деятельности и информации.

С приходом Суслова отдел заметно расширил свои функции, ему предоставили право расстановки кадров, в том числе в МИД СССР, появился новый аспект деятельности «оперативная работа», предусматривающая наблюдение за методами пропаганды, изучение кадров в советских организациях за рубежом и др., руководство получило право знакомиться с материалами дипломатов и разведчиков: отчетами, докладами, шифрограммами послов и резидентов и т. д.

Комиссия отдела, ряд исследователей указывают на ее руководство А.С. Панюшкиным, проводила проверки деятельности антифашистских организаций, в том числе, Еврейского антифашистского комитета.