Однако, несмотря на все положительные изменения, процесс внедрения новых технологий сопровождается и определенными вызовами. Кроме необходимости обучения и адаптации сотрудников к новым системам, возникает вопрос о безопасности и защите данных. Компании должны проявлять внимательность к вопросам конфиденциальности и использовать надежные средства защиты для предотвращения потенциальных утечек информации. Это требует от бухгалтеров знаний не только в сфере финансов, но и в области информационных технологий, что подчеркивает необходимость междисциплинарного подхода.