Первые годы уединения Антоний провел, изучая смысл монашеской жизни, знания о которой он получал от пожилого человека, жившего неподалеку, и это показывает, что Антоний не был первым христианским отшельником. Это было трудное время для молодого монаха – часто ему недоставало удовольствий, от которых он отказался, и он даже начинал сожалеть, что продал все свое имущество и удалился в пустыню. Когда его посещали такие искушения, Антоний устанавливал для себя еще более жесткую дисциплину. Иногда он постился по нескольку дней или ел раз в день после захода солнца.

Через несколько лет Антоний решился покинуть своего престарелого учителя и других живших там монахов, от которых он научился монашеской дисциплине. Он поселился в склепе на заброшенном кладбище, где питался только хлебом, который ему приносили добрые души раз в несколько дней. По словам Афанасия, в это время Антонию начали являться видения бесов, которые преследовали его почти постоянно. Временами встречи с бесами выливались почти что в физическую борьбу, после которой он несколько дней чувствовал себя больным.

Наконец, в возрасте тридцати пяти лет Антоний получил видение, в котором Бог сказал ему, чтобы он не боялся, так как всегда может рассчитывать на помощь свыше. Тогда Антоний решил, что склеп, в котором он жил, был недостаточно удален от общества, и двинулся дальше в пустыню. Он нашел развалины заброшенной крепости, где и остановился. Но бесы преследовали его даже там, и искушения продолжались. Но теперь Антоний знал, что с ним Бог, и ему стало бороться легче.

Но его преследовали не только бесы. Ему досаждали другие монахи, желавшие научиться у него дисциплине и мудрости в молитве и созерцании. Ему досаждали также любопытные и больные, так как к тому времени он получил известность как святой и чудотворец. Раз за разом отшельник удалялся в безлюдные места, но его всегда находили. В конце концов он смирился и согласился жить неподалеку от нескольких учеников при условии, что они не будут посещать его слишком часто. Антоний, со своей стороны, обязался иногда навещать их и рассказывать им о монашеской дисциплине, Божьей любви и чудесах созерцания.

Тем не менее Антоний дважды посетил большой город Александрию. В первый раз, когда разразились гонения при Диоклетиане, Антоний с несколькими учениками решили пойти в город, чтобы принять мученическую смерть. Но легат счел этих одетых в лохмотья и нечесаных бродяг недостойными внимания, и несостоявшиеся мученики довольствовались словами ободрения другим христианам.

Во второй раз Антоний посетил Александрию много лет спустя во время полемики с арианами. Ариане утверждали, что святой отшельник встал на их сторону против Афанасия, и Антоний решил, что для опровержения этих ложных слухов лучше всего самому предстать перед собравшимися в Александрии епископами. По словам Афанасия, этот уже престарелый монах, говоривший на коптском языке, так как он не знал греческого (и, по-видимому, неграмотный), выступил с такими мудрыми, убежденными речами, что ариане были посрамлены.

Наконец к концу жизни Антоний согласился принять двух молодых монахов, которые с тех пор жили с ним и ухаживали за ним. Он умер в 356 году, завещав перед смертью двум своим товарищам держать место его захоронения в тайне и передать его плащ (единственную собственность) епископу Афанасию в Александрии.

Павел и Антоний ушли в пустыню до начала правления Константина, но и тогда уже там были другие монахи. Когда же Константин пришел к власти, эти отшельники приобрели еще большую известность. Одни путешественники, посещавшие этот район, писали, явно преувеличивая, что в пустыне жило больше людей, чем в иных городах. Другие говорили о двадцати тысячах женщин и десяти тысячах мужчин, ведущих монашескую жизнь только в Египте. Но сколь бы преувеличенными ни были эти цифры, несомненно, что очень многие уходили из общества и вели отшельническую жизнь в пустыне.

Их жизнь отличалась крайней простотой. Некоторые разводили овощи, но большинство зарабатывали на пропитание тем, что плели корзины и циновки, которые обменивали на хлеб и масло. Тростник рос в изобилии, и, занимаясь плетением, во время работы можно было молиться, повторять псалмы или заучивать места Писания. Питались в пустыне в основном хлебом, к которому иногда добавлялись фрукты, овощи и масло. Вещи их ограничивались самой необходимой одеждой и циновкой, на которой они спали. Большинство из них неодобрительно относились к книгам, обладание которыми могло привести к гордыне. Они учили друг друга и заучивали наизусть целые книги Библии, особенно псалмы и книги Нового Завета. Они также рассказывали друг другу поучительные истории и делились перлами мудрости, исходившими от наиболее уважаемых отшельников.

Царивший в пустыне дух не очень подходил иерархически устроенной Церкви, епископы которой жили в больших городах и пользовались влиянием и авторитетом. По убеждению многих монахов, худшее, что их могло ждать в жизни, – это назначение священником или епископом. Именно в это время и в определенной мере вследствие изменений, произошедших после обращения Константина, христианских служителей стали называть "священниками". Хотя некоторые монахи были рукоположены, это почти всегда делалось против их воли или в ответ на настойчивые просьбы епископов, известных своей святостью, таких как Афанасий. Это в свою очередь вело к тому, что многие анахореты могли годами не принимать участия в причащении, которое с самого начала было главным обрядом христианского богослужения. В некоторых районах строились церкви, где по субботам и воскресеньям собирались жившие там отшельники. По воскресеньям после причащения они часто разделяли общую трапезу, а затем на неделю расставались.

С другой стороны, такой образ жизни не ограждал от соблазнов. С годами многие монахи начали приходить к выводу, что коль скоро святость их жизни, несомненно, выше святости епископов и других церковных иерархов, именно им, а не этим иерархам, принадлежит право определять истинность христианского учения. Но многие монахи были достаточно невежественными и склонными к фанатизму, поэтому они часто становились пешками в руках более образованных, влиятельных и ловких людей, использовавших их самоотверженную жизнь в пустыне для достижения собственных целей. В V веке дело доходило до бунтов, когда монахи пытались силой добиться признания того, что они считали правильным учением.