Падение Казанского ханства положило начало серьезной исламизации башкир. Попытки насильственной христианизации татар еще с XVI века вызывали их постоянный отток в Башкирию. Вместе с ними переселяется и непокорное мусульманское духовенство. В ситуации русского политического диктата и массовой русской колонизации ислам становится важнейшим фактором этнического самосознания башкирского народа. За него держатся, им гордятся, посягательства на веру вызывают решительное сопротивление. При этом "закон мусульманский" соблюдают плохо и богослужение посещают редко.

Башкирия становится бурлящим котлом, бунтарское содержимое которого склонно к неповиновению и по экономическим, и по политическим, и по религиозным мотивам. Закономерно, что этот край стал центром Пугачевского бунта, который в религиозном отношении, несколько огрубляя реальность, можно считать восстанием диссидентов: русских казаков и старообрядцев, мусульман башкир и татар, язычников чувашей и удмуртов -- против государственного вероисповедания.

После подавления Пугачевского бунта Екатерина II занялась башкирами и исламом всерьез. Не слишком набожная императрица осознала тот факт, что российских мусульман никогда не удастся обратить в православие, несмотря на всю мощь государства Российского. Поэтому было решено интегрировать их в политическую систему империи.

В 1789 году было создано Магометанское духовное управление с центром в Уфе. В этом же решении императрица определяла систему управления -мусульманское духовенство с этих пор не избиралось, а назначалось после надлежащей проверки кандидатов. Была учреждена должность главы российских мусульман -- муфтия, который, как и его помощники и громадное большинство рядовых мулл, назначался "из казанских татар". Для Башкирии это решение имело два важных следствия. Во-первых, благодаря матушке Екатерине в крае началось массовое строительство мечетей и поддерживаемое российским государством распространение ислама. Подлинная исламизация башкир: распространение шариата, регулярное посещение богослужений и мусульманская система образования -- утвердилась среди башкир в последующие полтора столетия.

Во-вторых, Уфа стала центром официальной мусульманской религиозной жизни России, причем в национальном отношении ее носителями были татары. Уфа, таким образом, была центром и татарской религиозной жизни. Башкирское национальное сознание испытывало по этому поводу сложный набор комплексов и фобий, которые позднее вылились в мощную антитатарскую реакцию.

К 1917 году Башкирия представляла собой край самых разноплановых религиозных тенденций. Среди башкир и татар укрепляется ислам, но в то же время на волне возникающего башкирского национального движения звучат требования башкиризации ислама, которые находят свою опору в национальной разновидности суфизма -- ишанизме, получившем распространение в XIX веке. Ишаны, имевшие многочисленных мюридов, стали влиятельными национальными религиозными и общественными авторитетами.

В христианской среде также идут бурные процессы. После указа "Об укреплении начал веротерпимости" 1905 г. старообрядцы Башкирии быстро занимают видное место в экономической и общественной жизни. Немецко-польская католическая община, выросшая за счет инженеров и квалифицированных рабочих в городах, сельских колонистов, а также принявших католичество русских, была одной из самых активных в России. На ее основе во время Гражданской войны в 1918-1919 гг. был создан религиозно-общественный "Римско-католический союз в честь Сердца Господа Иисуса Христа" и была предпринята попытка создания христианско-демократической партии. Во главе этого движения стоял русский католик и русский националист(!) В. Зенкин.

Неудивительно, что в условиях такого религиозного бурления именно в Башкирии достигла своего пика реформаторская деятельность епископа Андрея (князя Ухтомского), возглавившего в 1914 г. Уфимскую епархию. Епископ Андрей развернул бурную деятельность, направленную на единение Церкви с земством, на развитие благотворительности, церковной кооперации, просвещения и самоорганизации мирян. Одной из важных сфер деятельности епископа Андрея было миссионерство, в котором он больше всего преуспел среди чувашей. Были также обращения татар и башкир. Глубокий интерес владыки Андрея и стремление восстановить церковное общение между православием и старообрядчеством принесли свои плоды уже после революции. В первую очередь, по инициативе уфимского епископа был создан единоверческий епископат. Первоиерарх единоверцев Симон (Шлеев) погиб мученической смертью от рук большевиков именно в Уфе в 1921 г. После епископа Симона первоиерархом единоверцев стал сам вл. Андрей.

Февральская революция предоставила мусульманскому населению России широкие возможности политического самовыражения. В мае 1917 г. в Москве состоялся Всероссийский съезд мусульман, делегаты которого были избраны ото всех мусульманских регионов России, в том числе и от Башкирии. На этом съезде был избран Всероссийский мусульманский совет и его исполком. Таким образом, возникла неподконтрольная российской власти демократически избранная организация религиозной жизни мусульман. Чуть позже появилась политическая организация мусульман -- Всероссийский мусульманский военный совет "Харби Шуро", в программу которого входило создание Волжско-Уральских штатов со столицей в Казани. Территория штатов должна была включать Казанскую, Уфимскую, Оренбургскую губернии, а также отдельные части Самарской, Симбирской, Пермской и Вятской губерний.

В этом всероссийском мусульманском движении, как религиозном, так и политическом, полностью доминировали татары, причем одним из главных центров этого движения была Уфа. Татарские лидеры совершенно не учитывали башкирских интересов, в их концепциях башкиры даже не рассматривались как отдельный народ, отрицалась самобытность их культуры и языка. С точки зрения татарских лидеров, существовал только один народ -- "тюрко-татары".

Неудивительно, что среди башкир возникла резкая национальная реакция враждебности, как татарскому пантюркизму, так и русскому унитаризму.