Так опальный генерал от инфантерии полностью оказался не у дел и в русской армии, и в государстве. Однако в Шешурино, которое стало местом его официальной ссылки, он сумел завершить написание своего "Отчета", который составил четыре солидных тома. Они были направлены на суд российскому монарху, и император Николай II Романов прочитал два из них. Его высочайшее решение было таково:

"...Отчеты ген(ерала) Куропаткина никоим образом не должны сделаться достоянием всех, пока не появится в печати официальная история русско-японской войны".

Однако просто проигнорировать письменный завершенный труд бывшего главнокомандующего России в войне с Японией было нельзя. И в окружении императора, и в Военном ведомстве прекрасно понимали, что в случае публикации куропаткинского отчета в стране его негативные для самодержавия мысли вызовут соответствующую реакцию в обществе, и особенно в армейских рядах. Показательны в этом отношении слова генерала Н.С. Ермолова: "Если отчет появится в войсках и обществе, то вред его будет огромен".

А один из видных и авторитетных военных теоретиков России, генерал А.З. Мышлаевский, отметил, что в "настоящее время, когда со стороны врагов порядка делаются постоянные усилия революционизировать армию, сочинения генерал-адъютанта Куропаткина в случае его распространения сыграет этому в руку. Оно будет гибельно для духа многих войсковых частей и даст богатый материал для грязной полемики".

Официальная опала "главного виновника" поражения России в войне с Японией длилась до декабря того же 1906 года. Он получает через царского флигель-адъютанта князя А.П. Трубецкого разрешение проживать там, где пожелает, и одновременно получил приглашение от императора Николая II прибыть в столицу, на прием в Зимний дворец.

К тому времени куропаткинский "Отчет" был разослан ряду генералов и штабных офицеров с заданием на основе его материалов изучить опыт русско-японской войны. То есть Военное министерство отнеслось к аналитической стороне труда самым серьезным образом и стремилось в будущей войне в Европе избежать ошибок, допущенных при подготовке и в ходе войны на Дальнем Востоке. Впервые работа А.Н. Куропаткина была опубликована (но без ведома автора) в 1909 году в Германии под названием "Записки генерала Куропаткина о русско-японской войне. Итоги войны".

Опальный полководец предстал перед императором Николаем II, их беседа длилась больше часа. А.Н. Куропаткин с глазу на глаз информировал российского государя о недостатках в организации и обучении русской армии, которые выявила проигранная война.

В конце официальной аудиенции генерал от инфантерии попросил императора простить и себя, и армию за то, что "мы в данный срок не доставили России победы". Николай II Романов на сказанное примирительно ответил: "Бог простит, но помните, что победители всегда возвращаются с венком лавровым; побежденные с венком терновым. Несите его мужественно".

Три русские Маньчжурские армии, отступив на север от Мукдена, закрепились на сыпингайских позициях. Из России поступили новые пополнения, и в августе 1905 года под командованием генерала Н.П. Линевича в Маньчжурии находились 788 тысяч человек (вместе с многочисленными тылами). Из этой огромной массы военнослужащих численность боевых штыков составляла только 446,5 тысяч человек; 150 тысяч находилось под ружьем в Приамурье.

По предположениям русского командования, численность пяти японских армий в Маньчжурии достигала 750 тысяч человек, из них приблизительно 150 тысяч человек находилось в тылу и Северной Корее. То есть русские войска обрели заметное превосходство над японцами в силах для ведения полевого боя.

Русские Маньчжурские армии укрепились не только численно, но изменилось и их вооружение. Теперь они имели пулеметов в 10 раз больше, чем в начале боевых действий на полях Маньчжурии: вместо 36 их стало 374. В полках имелось достаточное количество ручных гранат, тогда как ранее они были на вооружении только разведывательных, охотничьих команд. Японская же пехота имела ручных гранат в большом количестве с самого начала войны.

Российское военное ведомство наконец-то поняло всю пагубность пополнения действующей русской армии на театре войны запасниками, давно не державшими в руках винтовку. Поэтому после мукденского поражения прибывающие на Дальний Восток пополнения состояли преимущественно из срочнослужащих солдат или новобранцев. Число запасных теперь не превышало 17 процентов.

Остро стоял вопрос с командными кадрами, поскольку убыль офицерского состава в боях (соответственно) в несколько раз превышала потери в нижних чинах. Недокомплект офицеров в русской действующей армии составлял более трети их штатной численности. Чтобы заполнить младшие офицерские должности, началось вынужденное массовое производство отличившихся на войне унтер-офицеров и солдат в прапорщики запаса и зауряд-прапорщики.

Были приняты меры для охраны армейского тыла, пресечения деятельности японских шпионов и появления в расположении армейских частей всевозможных "нежелательных" гражданских "лиц, ищущих приключений в ожидании легкой наживы". Такой работой занимался заведующий жандармско-полицейским надзором Маньчжурской армии отдельного корпуса жандармов подполковник Шершов, имевший в подчинении жандармскую команду, состоявшую из 25 унтер-офицеров. В годовом обзоре деятельности жандармско-полицейского надзора при армии, среди прочего, говорилось:

"...Ежедневно удалялись из района армии десятками лица, не могущие доказать своей полезности или причастности к армии.

Особенно много хлопот дали кавказцы, большую часть которых (около 150 человек) привез с собой подрядчик Громов и от которого они по прибытии в Маньчжурию вскоре все разбежались и занялись по китайским деревням и поселкам грабежами; большей частью грабили скот, арбы, лошадей и мулов.

Скот продавали подрядчикам и даже прямо в разные части, а арбы, мулов и лошадей доставляли в Управление транспортом.