Во времена Гуса чешское общество переживало подъем национального самосознания, сопровождавшийся оппозицией к католическому духовенству. Пражские граждане громко требовали, чтобы проповеди в церквах произносились не только по-латыни и по-немецки, но и по-чешски. Король Вацлав IV поддержал это требование, и вскоре в Праге открылась новая часовня, получившая название Вифлеемской. Здесь выступало несколько весьма красноречивых проповедники, однако ни один из них не приобрел и малой доли того значения, которое придали этой часовне выступления Гуса. Его бледное, исхудалое лицо, его задумчивые глаза поражали прихожан еще прежде, чем раздавался его голос. На фоне общего упадка нравственности духовенства, его репутация всегда была кристально чистой. Один из личных врагов Гуса позже писал о нем: «Жизнь его была сурова, поведение безупречно, бескорыстие такое, что он никогда ничего не брал за требы и не принимал никаких даров и приношений». В своих проповедях он не стремился поражать прихожан красотой слога, речь Гуса не была ни пылкою, ни блестящею, так что на слушателей действовала, главным образом, сила и искренность его убеждения. Обличения Гуса всегда бывали суровы и беспощадны он не щадил ни светских, ни духовных лиц, постоянно говорил о высокомерии духовенства, о погоне за иерархическими повышениями, о корыстолюбии и жадности. Поводов для этого было больше чем достаточно.

Состояние церкви тогда являло собой самое безотрадное зрелище. Многим верующим вообще казалось, что она из «Божьего дома» превратилась в учреждение, предназначенное исключительно для сбора денег. Папы облагали ежегодной податью весь христианский мир и брали еще сверх установленного. Папский двор открыто торговал церковными должностями. Большие доходы римской курии давала продажа индульгенций, до глубины души возмущавшая всех добропорядочных христиан. Ко всему этому прибавилось еще многолетнее двоепапство. В 1378 г на папский престол были избраны одновременно Урбан VI и Климент VII. После этого на протяжении полувека Европа видела «мерзость запустения на святом месте». Часть государств признавала римского первосвященника. Другие отдавали предпочтение его противнику, утвердившему свой двор в Авиньоне. Папы и антипапы то и дело предавали друг друга проклятию и непристойно ссорились. Расколу не было видно конца, и у добропорядочных христиан возникало сомнение, что Христос бдит свою церковь. Всем было ясно, что оба первосвященника — ложные наместники Христа, оба антихристы, и что единственным способом поправить дело было свергнуть и низложить обоих Чешская церковь также являла собой грустную картину упадка. Многие пражские священники почти открыто жили с любовницами, устраивали пиры с танцами, играли в кости, охотились и совершали другие неподобающие поступки. Монахи (в одной Праге их было более тысячи) проводили большую часть времени в праздности и предавались самым разнообразным порокам. Многих из них замечали в связях с женщинами. Но хуже всего была безудержная жажда золота, охватившая тогда всю церковь. «Последний грошик, который старушка завяжет себе в покрывало, чтобы уберечь его от вора или разбойника, этот грошик сумеет у нее выманить священник и монах… — говорил Гус — Богатство отравило и испортило церковь. Откуда войны, отлучения, ссоры между папами и епископами? Собаки грызутся из-за кости. Отнимите кость — и мир будет восстановлен. Откуда подкуп, симония, откуда наглость духовных лиц, откуда прелюбодеяния? Все от этого яда».

Резкие речи Гуса сильно задевали духовенство. В адрес пражского архиепископа Збынека стали поступать многочисленные жалобы. «У нас, — писал один из доносчиков, — раздаются возмутительные проповеди, которые терзают души набожных людей, уничтожают веру и делают духовенство ненавистным народу». Крайне раздражало многих утверждение Гуса, что священник, требующий денег за совершение таинств, особенно от бедных, виновен в «симонии и ереси». Возмущались и тем, что Гус по поводу смерти одного каноника сказал: «Я не хотел бы умереть, имея такие доходы».

Злясь на Гуса, враги долгое время не имели возможности обвинить его ни в чем серьезном. Но потом ему все чаще (и совершенно необоснованно) стали приписывать еретические заблуждения. В 1403 г в Пражском университете разгорелась полемика из-за богословского учения Уиклифа Немецкий магистр Гюбнер извлек из его трактатов 45 еретических положений, для обсуждения которых ректор Геррасер созвал всех пражских докторов и магистров. Заседание носило бурный характер.

Когда общественный нотарий прочел предосудительные параграфы, то за новые идеи встала целая фаланга магистров-чехов, видевшая в Уиклифе своего учителя. Но они не смогли добиться победы, и по окончании прений большинство постановило: «Чтоб никто не учил, не проповедовал и не утверждал, ни гласно, ни тайно, вышеупомянутых параграфов под страхом нарушения присяги». За этим постановлением поначалу не последовало никаких карательных мер. Среди придворных и коллег Гуса было много уиклифистов, да и сам он в проповедях никогда не скрывал своего расположения к английскому вероучителю. Но с годами враждебное отношение официальной церкви к идеям Уиклифа становилось все более непримиримым. В конце 1407 г. Римский Папа Григорий XII направил пражскому архиепископу буллу с требованием искоренить сектантов, проповедующих против учения о святом причастии.

После этого в 1408 г началось новое, более жестокое гонение. Опять были осуждены пресловутые 45 параграфов, идеи Уиклифа строго запрещалось преподавать и защищать.

Партия уиклифистов в Чехии терпела поражение и вскоре должна была совсем исчезнуть, но тут, к счастью для нее, между королем и архиепископом возникли серьезные трения. Причиной их стал церковный раскол: в то время как архиепископ Збынек со всем капитулом продолжал ориентироваться на Рим, король Вацлав (выступавший за низложение обоих соперников — как римского Григория XII, так и авиньонского Бенедикта XIII) потребовал от своих подданных соблюдения нейтралитета. (Предполагалось, что на Пизанском соборе, созыв которого Вацлав активно поддерживал, будет наконец избран законный папа, который положит конец многолетнему расколу.) Споры о нейтралитете имели важные последствия для Пражского университета. С самого основания он не был чисто чешским национальным учреждением, поскольку служил главным умственным центром не только для чехов, но и для немцев. Согласно уставу, штат университета — как профессора, так и студенты — разделялся на четыре нации — чешскую, польскую, баварскую и саксонскую. Во всех делах внутреннего самоуправления каждая нация имела один голос. Формально этим провозглашалось равенство наций, но фактически такая организация обеспечивала полное господство немецкой партии, ибо баварцы и саксонцы были природными немцами, а в польскую нацию записывались по преимуществу выходцы из Силезии.

Вопрос о нейтралитете, возбужденный королем, вызвал в университете раскол по национальному признаку. Немецкие профессора и высшее чешское духовенство твердо стояли за Григория, а чешская партия, возглавляемая Гусом, единодушно высказалась за нейтралитет. Разгневанный архиепископ назвал Гуса «непокорным сыном церкви» и запретил исполнять какие бы то ни было священнические обязанности. Вместе с ним были отрешены остальные сторонники нейтралитета. Но эта мера, вместо того чтобы напугать чешскую нацию, воодушевила ее. Симпатии пражского населения были всецело на их стороне. Гус предложил обратиться к королю с прошением об изменении университетского устава таким образом, чтобы при решении всех вопросов голоса немцев и чехов были уравнены. Король поначалу принял Гуса очень недружелюбно, но потом удовлетворил его пожелание. Итогом всех этих движений стал раскол Пражского университета. Немцы, возмущенные новшеством, стали требовать восстановления своих прав. Вацлав вспылил, велел прогнать ректора, отобрать у него печать и ключи. Тогда 16 мая 1409 г. более пяти тысяч немцев — профессоров и студентов — оставили Прагу и удалились в Лейпциг, где основали новый немецкий университет.

В результате чешские последователи Уиклифа вновь усилились. Победа над немцами сделала имя Гуса необычайно популярным в Чехии, а особенно в Праге. В октябре 1409 г. прошли выборы первого после раскола ректора университета. Им вторично стал Ян Гус. Собравшийся в то же время при поддержке Вацлава собор прелатов в Пизе, избрал (в пику Григорию и Бенедикту) новым папой Александра V.

Архиепископ, после тщетной борьбы с королем, вынужден был признать этот выбор.

Но он продолжал оставаться врагом Гуса. В марте 1410 г. Збынек добился от папы буллы, осуждавшей ересь Уиклифа и дававшей ему самые широкие полномочия в ее искоренении. Спустя четыре месяца он велел публично сжечь все книги Уиклифа, которые ему удалось заполучить, а затем изрек проклятие Гусу и его сторонникам.

Но когда священники стали, согласно его распоряжению, провозглашать отлучение Гуса, народ силой воспротивился этому во всех церквях. Большинство пражских священников было так запугано, что уже не осмелилось повторять проклятие. Но кое-где сторонники архиепископа осилили. Почти целый месяц в пражских церквах продолжались беспорядки и замешательство. Наконец король строгими мерами прекратил их. В общем, в Чехии победа осталась за последователями Гуса. На его стороне всецело был университет и королевский двор, его горячо поддерживали жители Праги. Но за пределами королевства отношение к нему оставалось прямо противоположным — под влиянием папских булл здесь постепенно утверждалось мнение, что Гус настоящий еретик. Его стали требовать в Рим для разбирательства, но Гус не поехал, так как опасался расправы. Тогда в феврале 1411 г. его предали папскому проклятию. Однако Гус, не обращая внимания ни на архиепископские, ни на папские отлучения, продолжал проповедовать в своей часовне. В последние годы своей жизни он, подобно Уиклифу, много сил отдал переводу на чешский язык Библии. К этому времени уже имелись чешские переводы многих книг Священного Писания, но не все они были удовлетворительного качества, разнились по стилю и языку (единого литературного чешского языка в то время еще не существовало, бытовало несколько диалектов). Гус внимательно просмотрел все эти переводы, исправляя ошибки и огрехи, и, подобно Уиклифу, создал наконец для народа Библию, которую тот мог читать без затруднений.