В конце 1822 года последовало Высочайшее повеление об учреждении при Дерптском университете института “из двадцати природных россиян”, предназначенных для замещения со временем профессорских кафедр в четырех русских университетах.

Идея учреждения профессорского института принадлежала академику Парроту и была вызвана необходимостью обновить состав профессоров научно подготовленными силами. Кроме немногих иностранных знаменитостей, приглашенных в Россию, профессора во всех русских университетах принадлежали к типу московских “комиков”. Один только Дерптский университет стоял в то время на подобающей научной высоте. Поэтому Паррот, бывший раньше профессором физики в Дерптском университете, и выработал проект, чтобы окончивших курс в разных университетах отправляли в Дерпт на два года для специального изучения какой-либо науки. После двухлетнего пребывания в Дерптском университете молодые ученые посылались еще на два года за границу и по возвращении оттуда назначались профессорами. Выбор студентов и окончивших университетский курс для отправления в профессорский институт предоставлялся советам университетов. Всех кандидатов отправляли за казенный счет в Петербург, где они подвергались контрольному испытанию в Академии наук по своей специальности. По выдержании этого испытания они посылались в Дерпт, в противном же случае с совета соответствующего университета взыскивались деньги, издержанные на отправление кандидатов в Петербург.

Как только Московский университет получил предписание министра о выборе кандидатов в профессорский институт, Е. О. Мухин вспомнил о своем protйgй и предложил ему ехать в Дерпт. Пирогов тотчас согласился и выбрал своею специальностью хирургию. Быстрое решение Пирогова обусловливалось тем, что его тяготило семейное положение, что он – на руках матери и сестер, а также и тем, что “московская наука, несмотря на свою отсталость и поверхностность, все-таки оставила кое-что, не дававшее покоя и звавшее вперед”. Окончание курса не сулило впереди никакого обеспеченного положения ввиду отсутствия средств и связей, а между тем даровитого юношу обуревало “неотступное желание учиться и учиться”. Что касается выбора специальности, то Пирогов ввиду того, что другая наука, кроме забракованной Мухиным физиологии, основанная на анатомии, есть хирургия и только хирургия, остановился на последней. В своих воспоминаниях Пирогов сам ставит вопрос: “А почему не саму анатомию? А вот поди, узнай у самого себя, почему? Наверное не знаю, но мне сдается, что где-то издалека какой-то внутренний голос подсказал тут хирургию. Кроме анатомии есть еще и жизнь, и, выбрав хирургию, будешь иметь дело не с одним трупом”.

Когда Пирогов был уже записан в число кандидатов профессорского института, он объявил своим домашним торжественно и не без гордости: “Еду путешествовать за казенный счет”.

К радости юного кандидата, мать и сестры, хотя и опечаленные неожиданным известием, не оказали противодействия. Пирогов стал готовиться к лекарскому экзамену. Последний прошел для него легко, даже легче обыкновенного весьма поверхностного, может быть, потому, что его назначение в кандидаты профессорского института считалось уже эквивалентом лекарского испытания.

В мае 1828 года Пирогов сдал экзамен на степень лекаря первого отделения, и через два дня все московские кандидаты профессорского института в числе семи человек отправились в Петербург.

По приезде в Петербург будущим профессорам, остановившимся сначала в какой-то гостинице, отвели пустующее помещение в тогдашнем университетском доме. Потом они представлялись сперва директору департамента Д. И. Языкову, от которого получили приглашение на обед, прошедший крайне скучно и безмолвно, а затем – министру народного просвещения, князю Ливену.

Уже после всего этого был назначен экзамен в Академии наук. Пирогова экзаменовал профессор Буш. Профессора Буш и Велланский были приглашены из Медико-хирургической академии для экзамена врачей. Кандидаты побаивались этого экзамена и были бесконечно рады, когда экзамен прошел благополучно.

За несколько дней до начала II семестра 1828 года Пирогов и его товарищи по профессорскому институту прибыли в Дерпт. Отправлялись из Москвы вместе с Пироговым: Шиховский – по ботанике, Сокольский – по терапии, Редкин – по римскому праву, Корнух-Троцкий – по акушерству, Коноплев – по восточным языкам и Шуманский – по истории; из них в Академии наук по окончании испытания двое, Коноплев и П. Г. Редкин, были найдены “ненадежными”. Последний, однако же, поехал в Дерпт за свой счет.

Приезд в Дерпт. – В. М. Перевощиков, наблюдатель за “профессорскими” студентами. – Семейство профессора Мойера. – Научные занятия. – Получение золотой медали. – Докторский экзамен. – Поездка в Москву. – Диссертация. – Отъезд за границу и тамошние занятия. – Влияние Лангенбека. – Возвращение в Россию. – Болезнь в Риге. – Приезд в Дерпт. – Потеря кафедры в Москве

В Дерпте “профессорские студенты” нашли приготовленные уже для них заранее квартиры. Пирогов поселился вместе с Корнух-Троцким и Шиховским, в довольно глухом месте, почти наискосок напротив дома профессора хирургии Мойера. Присланные в профессорский институт находились “под командой” профессора русского языка В. М. Перевощикова, перешедшего в Дерпт из Казани. Это был тип сухого, безжизненного, скрытного бюрократа из школы Магницкого, влияние которого прочитывалось на всей его деятельности и даже на самой физиономии. Перевощиков повел будущих ученых гурьбой по профессорам. Для Пирогова было самым отрадным посещение дома профессора Мойера.

Иоганн Христиан Мойер, или, как его по-русски звали, Иван Филиппович Мойер, занимавший тогда кафедру хирургии в Дерптском университете, был, по мнению самого Пирогова, замечательною и высокоталантливой личностью. Для характеристики его он прибегает к весьма меткому выражению: “талантливый ленивец”. Воспитанник Дерптского университета, Мойер, вскоре по окончании курса в 1813 году, отправился в Павию к знаменитому хирургу Антонио Скарпа. Продолжительные занятия у Скарпа и посещение госпиталей Милана и Вены сделали из Мойера основательно образованного хирурга. Как профессор и хирург Мойер своим практическим умом и обширными знаниями принес Пирогову большую пользу. Лекции Мойера отличались простотой, ясностью и пластичной наглядностью изложения. Как оператор он владел истинно хирургической ловкостью, не суетливою, не смешною и не грубою.

Ко времени прибытия в Дерпт Пирогова Мойер значительно уже поохладел к науке и более интересовался орловским имением своей покойной жены, нежели хирургией. Появление студентов профессорского института, посвятивших себя изучению хирургии, в особенности пылкое отношение к занятиям со стороны Пирогова, оживило Мойера.

Семья Мойера состояла из его тещи и семилетней дочери Кати. Теща Мойера, Екатерина Афанасьевна Протасова, урожденная Бунина, сестра поэта Жуковского, заинтересованная, вероятно, молодостью и неопытностью Пирогова, взяла его под свое покровительство. В доме Мойера Пирогов познакомился с Жуковским. Благодаря заступничеству Екатерины Афанасьевны ему счастливо обошлась история с Перевощиковым. Дело в том, что Перевощиков считал своею обязанностью посещать студентов в разное время и внезапно. В один из таких визитов, когда он беседовал с сожителями Пирогова, последний, не заметив визитера, прошел прямо с улицы в свою комнату в шапке. Объяснив это неуважением к начальству, Перевощиков послал в конце семестра в Петербург донесение, весьма неблагоприятное для будущего профессора. Последствия могли быть удручающими, однако Мойеру удалось оправдать своего ученика.