Впоследствии на допросах венецианской инквизиции Бруно показал, что оставил Париж на третий день после своего знаменитого диспута и что сделать это его заставило вспыхнувшее в городе «возмущение». Быть может, это «возмущение» столько же относится к взрыву общественного негодования, вызванного защитою им своих тезисов, сколько и к началу действительно вспыхнувшей междоусобной войны.

Как бы то ни было, Бруно мог с чувством внутреннего удовлетворения глядеть на томик тезисов, который оставил он парижанам на «прощанье» как «залог живого воспоминания» своей реформаторской деятельности.

Покинув Францию, Бруно направился в Германию. Судя по одному месту в Изгнании торжествующего животного, он был первоначально не особенно высокого мнения о немцах и их отечество представлял себе преимущественно страною пьяниц. Сначала Бруно посетил Майнц и Висбаден, однако, не найдя занятий ни в том, ни в другом городе, отправился далее, в Марбург, куда и прибыл в конце июля 1586 года. С целью опять приняться за университетскую деятельность он явился к ректору Марбургского университета Нигидию, профессору нравственных наук, и назвался «доктором римской теологии». Когда же, как гласит хроника университета, философский факультет «по уважительным причинам» отказал ему в дозволении читать лекции по философии, он пришел в такую ярость, что грубо обругал ректора в его собственном доме и заявил, что факультет нарушил народное право и обычаи всех германских университетов и поступил против интересов науки. Теперь трудно установить, что это были за «уважительные причины», заставившие ректора, с согласия факультета, отказать Бруно в чтении лекций; в этом отношении мы можем строить одни лишь догадки, основанные на сочинениях Бруно и показаниях, которые он давал при допросах в Венеции. Вероятнее всего, что Марбургский университет, как находившийся в то время в руках реформатов, относился к новому учению о мироздании с не меньшею враждебностью, чем католики. Позже Бруно имел случай еще раз убедиться в нетерпимости кальвинистов во время своего пребывания в Виттенберге, университет которого считался первым в Германии.

В Виттенберге Бруно встретил самый радушный прием. Оказалось достаточным одного лишь заявления, что он, Бруно – питомец муз, друг человечества и философ по профессии, чтобы тотчас быть внесенным в список университета и получить, без всяких препятствий, право на чтение лекций. Бруно остался очень доволен приемом и в порыве благодарности назвал Виттенберг немецкими Афинами. В университете он встретил своего старого друга и земляка, юриста Альберика Гентиля, с которым познакомился еще в Оксфорде. Последний предоставил ему возможность читать об Органоне Аристотеля. Остальные профессора университета также отнеслись к нему сочувственно, чем позднее он не мог нахвалиться в речи, с которой в 1587 году обратился по одному поводу к университетскому совету.

Бруно, кроме «Органона», читал также лекции по метафизике, математике и физике, причем не забыл и о своем коньке – Луллиевом искусстве. В Виттенберге он отпечатал, с посвящением французскому королю Генриху III, сто двадцать тезисов, составлявших предмет его знаменитого диспута, в Троицын день, в Париже. Кроме того, он издал две книги о Луллиевом искусстве. В те времена Виттенберг был убежищем свободной мысли и напоминал лучшие годы Лютера. Здесь Бруно мог не скрывать своих философских убеждений; никто не спрашивал об его отношениях к католицизму, Лютеру или Кальвину; он мог безбоязненно проповедовать свое излюбленное учение о бесконечности вселенной и множестве миров.

Однако звезда нашего философа недолго блистала над горизонтом Виттенберга. Это продолжалось лишь до тех пор, пока лютеране преобладали в университете. Лютеранскому курфюрсту Августу в 1586 году наследовал его сын Христиан, ярый кальвинист. При нем реформаты достигли такого господства, что принудили правительство издать в 1588 году постановление, настрого запрещавшее лютеранам всякую полемику против кальвинистов. Понятно, что Бруно, все друзья которого были лютеране, стал опасаться, чтобы восторжествовавшие кальвинисты не положили конец его свободной научной и философской деятельности; ведь объявил же Меланхтон, друг кальвинистов и упорный приверженец Аристотеля, что учение Коперника опасно для веры. Поэтому, чтобы избежать унизительного положения, в которое он мог попасть благодаря изменившимся условиям, Бруно решился сам оставить Виттенберг, где в течение двух лет поучал немецкое юношество, и искать в другом месте арену для своей деятельности.

Перед отъездом, 8 марта 1588 года, Бруно произнес торжественную речь, в которой в самых теплых выражениях благодарил Виттенбергский университет и всю Германию за гостеприимство и превозносил Лютера за услуги, оказанные им человечеству. Восхваляя Лютера, он имел в виду, конечно, не положительную часть его учения, к которой Бруно, в качестве философа, так же мало питал симпатии, как и к учению Кальвина; о ненависти его к доктрине последнего о спасении без добрых дел мы говорили уже раньше. Он видел в Лютере прежде всего победоносного борца против римской иерархии и папства, превозносил в нем защитника свободы исследования, необходимость которой он понимал глубже и серьезнее всех своих современников и за которую он пожертвовал своею жизнью. Бруно ожидал, что реформация повлечет за собою преобразования во всех областях человеческой жизни, и он не ошибся. Действительно, несмотря на окаменелость, в которую вскоре после того впали лютеране, протестантизм от начала реформации все-таки был и остается до нашего времени главным убежищем свободы исследования. Без Лютера было бы немыслимо дальнейшее развитие философской мысли в Германии.

Из Виттенберга Бруно отправился в Прагу, резиденцию германского императора Рудольфа II, того самого чудака, о котором один немецкий историк пишет: «Знание звезд и природы интересовало его больше, чем дела государства. При дворе его наряду с обманщиками, утверждавшими, что они могут предсказывать по звездам будущее и научить из всего делать золото, жили такие крупные представители науки, как Тихо де Браге и Кеплер. В душе Рудольфа благородные наклонности и безрассудства перемешивались самым удивительным образом. Он находил великое наслаждение в художественных произведениях минувших веков, в их колоннах, изваяниях и картинах и часто тратил на них большие суммы, но рядом с этим его внимание привлекали мастерские алхимиков, где, как он думал, со временем будут делать золото. К тому же он был еще и большой знаток в лошадях, и тем, кто нуждался в объяснениях с ним по важным государственным делам, часто приходилось искать его по конюшням, где обыкновенно он проводил большую часть дня».