Занимаясь ревностно предметами, преподаваемыми в школе, и изучая даже военные науки – артиллерию и фортификацию – под руководством Блаше, Бэр не забывал и естественных наук. При удобном случае он ботанизировал, собирал насекомых, раковины и т. п.

В первой половине 1810 года восемнадцатилетний Бэр окончил курс Ревельской школы; ему предстояло избрать дальнейший путь образования. Самого его тянуло в Дерптский университет, главным образом потому, что туда отправлялся его нежно любимый друг Асмут; семья же Бэра держалась того мнения, что ему следует отправиться в один из заграничных немецких университетов. Бывший учитель Бэра Гланштрем побывал за это время в Германии и с восторгом рассказывал о тамошних университетах, тогда как молодой еще Дерптский университет внушал к себе в то время мало доверия. Отец Бэра, сам получивший образование в Германии, хотел, чтобы сын его отправился в Гейдельберг. Молодому Бэру стоило немало труда упросить отца, чтобы ему хоть на год позволили ехать в Дерпт, на что отец наконец согласился при условии, чтобы сын выучился русскому языку.

Уезжая в Дерпт, Бэр решил избрать медицинскую карьеру, хотя, по собственному признанию, он сам хорошо не знал, почему делает этот выбор. В школе он одно время даже собирался посвятить себя военному делу, для чего и слушал у Блаше артиллерию и фортификацию, но вскоре отказался от этой мысли. По всей вероятности, при выборе факультета оказала влияние рано зародившаяся в нем страсть к ботанике; и так как изучение естественных наук само по себе не обещало верного материального обеспечения в будущем, то он и обратился к медицине, с которою отчасти познакомился еще в детстве, помогая Гланштрему.

«Когда я въезжал в Дерпт, – пишет Бэр в своей автобиографии, – то мне показалось, что отсюда исходит сияние света на всю окрестную страну, как от младенца Христа на картине Корреджо». Вскоре, однако, ему пришлось несколько разочароваться, так как преподавание в Дерптском университете в то время было не на высоте, в особенности по отношению к избранной Бэром специальности. Воспоминания его о Дерптском университете далеко не носят поэтому такого светлого характера, как впечатления, вынесенные из Ревельской дворянской школы. Ему не нравились ни тогдашние студенческие корпорации, разделявшие учащихся по национальностям (эстляндцы, лифляндцы, курляндцы), ни характер преподавания в университете, где было в то время мало выдающихся профессоров. Ледебур, известный ботаник, должен был читать также зоологию и геологию с минералогией, чуждые ему специальности и потому вовсе не излагавшиеся им или излагавшиеся кое-как. Описательная анатомия читалась без всяких демонстраций и иллюстраций, чисто теоретически, неким Цихориусом, большим чудаком и весьма ограниченным человеком. Зато очень увлекательны были лекции известного ученого Бурдаха по физиологии и истории развития. Университет был весьма беден вспомогательными учреждениями; клиники при нем были, но не было ни химической лаборатории, ни физиологического кабинета, ни даже анатомического театра. Все преподавание носило исключительно теоретический характер и ограничивалось почти во всех отраслях одними лекциями. Студенты того времени большей частью кое-как занимались учебными предметами, а остальное время посвящали разным развлечениям.

Когда в 1812 году последовало вторжение Наполеона в Россию и армия Макдональда угрожала Риге, многие из дерптских студентов, в том числе и Бэр, отправились, как истинные патриоты, на театр военных действий, в Ригу, где в русском гарнизоне и в городском населении свирепствовал тиф. Заболел тифом и Бэр, как большинство врачей и их помощников, и перенес болезнь благополучно лишь благодаря своим молодым силам. Научился он при этой своей медицинской практике немногому, так как в госпитале, переполненном больными, было мало средств лечения и еще меньше порядка и опытных врачей-руководителей, но зато он приобрел много жизненного опыта, стоя лицом к лицу с ужасами войны. К счастью, вскоре распространились вести об отступлении Наполеона, и армия Макдональда также удалилась от Риги после продолжительной безрезультатной бомбардировки. «Мы были рады, – пишет Бэр, – что мы более не нужны, и возвратились в начале января в Дерпт. Чтобы мы принесли много пользы государству – в этом я очень сомневаюсь».

В 1814 году Бэр – который, как мы видим, пробыл в Дерпте не год, а остался заканчивать курс – стал готовиться к окончательному экзамену и к диссертации на степень доктора медицины. Экзамен был выдержан, и вскоре представлена и защищена диссертация «Об эндемических болезнях в Эстляндии». Диплом был у Бэра в кармане, но все же он осознавал, что, несмотря на благополучное окончание курса, знаний практических у него нет и начинать деятельность врача при такой ничтожной подготовке было бы недобросовестно. Поэтому он просил своего отца отправить его для довершения медицинского образования за границу. Отец дал ему небольшую сумму, на которую, по расчетам Бэра, он мог прожить года полтора, и такую же сумму предоставил ему заимообразно его старший брат.

С этими деньгами молодой Бэр отправился за границу, избрав для продолжения своего медицинского образования Вену, где преподавали такие тогдашние знаменитости, как Гильдебранд, Руст, Беер и другие. Чувствуя в себе полное отсутствие именно практической медицинской подготовки, Бэр решил заниматься исключительно клинической медициной и не хотел ничего слышать о других науках.

Так, проезжая через Берлин и встретив там Пандера – будущего знаменитого эмбриолога и палеонтолога, который стал уговаривать его остаться в Берлине, восторженно описывая тамошний музей, ботанический сад и лекции знаменитых профессоров, – Бэр наотрез отказался от всех этих соблазнов.

Приехав в Вену, он весь погрузился в практическую медицину, стал читать всевозможные практические руководства и аккуратнейшим образом посещал хирургическую, терапевтическую и офтальмологическую клиники. Однако вскоре ему пришлось разочароваться в своих ожиданиях. Светило тогдашней хирургии, профессор Руст, занимался, например, лишь сложными, редкостными хирургическими случаями, где предстояли трудные и эффектные операции, а обыкновенные хирургические болезни предоставлял лечить своим подчиненным; между тем для Бэра как для молодого медика, жаждущего практических поучений из компетентных уст, было всего нужнее именно изучение обыденных, часто встречающихся на практике случаев. Гильдебранд, знаменитый терапевт, у которого Бэр преимущественно надеялся поучиться, как нарочно, не применял в данный семестр почти никаких лекарственных средств, испытывая способ чисто выжидательного лечения. Кроме того, он всегда был окружен такою тучею врачей и студентов, что чрезвычайно трудно было пробраться к постели больного, у которой он стоял. С другими клиниками дело обстояло в том же роде. Таким образом, Бэр очутился в странном положении: того, зачем он ехал, для чего бросил естественные науки, – практического медицинского обучения, – как раз он и не нашел. Неудивительно, что при таких обстоятельствах достаточно было незначительного толчка, чтобы вновь повернуть его на прежнюю дорогу, к изучению естественных наук, так как судьба явно не благоприятствовала его стремлению сделаться практическим медиком. Такой толчок и был дан приездом в Вену доктора Паррота, сына одного из дерптских профессоров. Этот молодой человек, еще в Дерпте подружившийся с Бэром, принимал участие в экспедиции Энгельгардта для нивелировки Каспийского моря, всходил на Арарат и был большой охотник до путешествий по горам. Ему нетрудно было увлечь с собою Бэра на горные экскурсии в окрестностях Вены.