Лобачевский и Симонов были назначены экстраординарными профессорами, благодаря свидетельству г-на попечителя об отличных их познаниях и способностях, и утверждены министром.

В то время у университетского совета, вследствие постоянных раздоров между его членами, было отнято право выбирать профессоров. Даже протоколы совета, относящиеся к этому времени, переполнены множеством дел по таким жалобам, где были выведены на сцену жены, дочери, кухарки профессоров и явились в разоблачении самые сокровенные семейные дела.

Все университетские дела были запущены, библиотека находилась в крайнем беспорядке, кабинеты не имели ни описей, ни каталогов даже того немногого, что заключали в себе.

Лобачевский в то время мало принимал участия в совете; его здоровье настолько было тогда расстроено, что он для поправления его сначала ездил на свою родину, в Макарьев, а потом на Сергиевские серные воды. Ссоры профессоров действовали на него удручающим образом; сам же он как адъюнкт имел в совете право голоса только в делах, прямо относящихся к учебной части. Итак, деятельность его в то время в университете ограничивалась одним преподаванием, и в этом деле он до 1816 года считался помощником Бартельса.

Влияние личности Магницкого на судьбу Казанского университета было так велико, что нам придется сказать об этом особо. Он думал, что весь беспорядок в университетах наших произошел от образования, книг и людей, перешедших к нам из Германии. Там, по его мнению, зараза возмутительных начал, возникшая в Англии и усиленная во Франции, сделалась классической. Он говорил: «Науки и литература северной Германии так заражены, что пользоваться ими надо с величайшей осторожностью».

Итак, по взглядам своим Магницкий представлял нечто совсем противоположное Румовскому.

Магницкому мерещилось, что от этой «заразы и язвы» страдает и Казанский университет, что и беспорядки в совете, и распущенность студентов – все зависит от «разрушительных» начал. Он стремился искоренять эти начала со всей страстностью фанатика.

Сверх того, у него была своя излюбленная идея: он хотел соединить веру с просвещением. Под влиянием этой идеи в голове его созрел целый план преобразований, который он изложил министерству; он утверждал, что необходимо все взять в свои руки и с этой целью наблюдать за нравственностью не только студентов, но и преподавателей, которым надо предписывать не только действия, но и мысли.

Из всего этого видно, что сулила ревизия Магницкого Казанскому университету. И действительно, общий характер донесения Магницкого был таков, что в Петербурге возникла мысль о закрытии Казанского университета, но она была отвергнута государем Александром Благословенным. Однако Магницкий за свое усердие назначен был попечителем Казанского учебного округа. И тогда для Казанского университета настала так называемая эпоха «обновления». В 1819 году началось вместе с нею господство педагогических взглядов, противоположных прежним. В 1820 году не осталось никого из бывших учителей Лобачевского в Казани. Бартельс в этом году взял профессуру в Дерпте.

Лобачевский, получивший в 1814 году звание адъюнкта чистой математики, в 1816 году был сделан профессором. В это время Лобачевский главным образом занимался наукой; но в 1818 году он был избран членом училищного комитета, который должен был, по уставу, управлять всеми делами, касавшимися гимназий и училищ округа, подведомственных тогда не непосредственно попечителю, но университету. С 1819 года Лобачевский преподавал астрономию, заменяя отправившегося в кругосветное плавание Симонова. И Лобачевский, и Симонов чувствовали себя одинокими, проводив своих истинных наставников, и профессора с грустью расстались со своими учениками. Бартельс вспоминал в Дерпте своих даровитых казанских учеников. Литтров перешел в Пражский университет, но увез с собой много хороших воспоминаний о России. В своем сочинении «Картины из русской жизни» он говорит, что после той шири и того простора, к которым привыкаешь в России, дома чувствуешь себя, точно в клетке. Он высказывает также мысль, что этот простор должен наложить свою печать на духовную деятельность русского народа. И с таким высоким мнением о России Литтров поспешил убраться восвояси еще в 1816 году. Он, как и Броннер, взял отпуск, простился на время, а потом из-за границы написал, что оставляет Россию навсегда. Очевидно, настоящих ученых, приехавших в Россию не ради одних денег, смущали неопределенность положения, перемена различных веяний, зависимость от личностей и их произвола.

И они были правы. Вскоре Казанский университет так опустел, что профессора принуждены были занимать по нескольку кафедр, и Лобачевскому иногда приходилось, как говорится, растягиваться, воплощая в себе весь учительский персонал математического факультета.

В правление Магницкого для Казанского университета как бы наступила жестокая зима. Своим вмешательством в преподавание он совершенно лишил его жизни; лекции профессоров напоминали в то время «плохие песни соловья в когтях у кошки».

Магницкий принялся также исправлять студентов. Он составил для них правила самого строгого аскетизма, которые могли быть применены только к отшельникам и монахам. Провинившихся студентов называли грешниками, карцер носил название «комнаты уединения», на стенах которой можно было видеть изображение страшного суда. Об этих «грешниках» молились в церкви и им посылался духовник для увещаний. Чтобы уничтожить в студентах дух самонадеянности, высокомерия и развить в них дух смирения, заведено было по торжественным праздникам приготовлять на университетских дворах обеденные столы для нищей и убогой братии, и за столами этими должны были прислуживать студенты.