Житель гор приводит в город на рынок рабынь свою строптивую сестру. Все над ней смеются, её не хотят покупать. Проезжавший мимо царь велел отпустить Девушку с гор (Констанс Толмедж). В неё влюбляется певец Рапсод (Элмер Клифтон), пособник верховного жреца. Тем временем войска Кира безуспешно атакуют стены Вавилона.

Празднество. Жрец посылает Рапсода к Киру с сообщением, что ночью откроет персам ворота. Рапсод проговаривается Девушке с гор. Она спешит предупредить царя Валтасара, но её задерживают в воротах города.

Армия Кира на колесницах мчится к городу. Атака, изменнически открытые ворота, персы врываются в город, начинается избиение. Гибнет от стрелы врага Девушка с гор. Царь Валтасар вместе с царицей кончает жизнь самоубийством…

Вавилонская часть поглотила миллион долларов, принесённых Гриффиту «Рождением нации». Из них 650 тысяч ушло на воссоздание пиршества Валтасара. Один только наряд царицы стоил 7 тысяч долларов, а кордебалет — 20 тысяч (бюджет среднего фильма того времени). В эпизоде «Падение Вавилона» было занято до 16 тысяч статистов. Через дорогу от студии раскинулись домики и палатки для рабочих-строителей и статистов. К воротам обнесённого стеной Вавилона проложили железнодорожные рельсы. Товарные вагоны подвозили продовольствие, строительные материалы, лошадей и слонов.

Многие сцены снимали сразу несколько операторов. Гриффит решил поднять камеру на большую высоту. В то время ещё не было съёмочных кранов, и, к сожалению, нет точных сведений, каким образом Гриффит решил эту задачу. Вот что рассказывала актриса Лилиан Гиш: «Гриффит не хотел снимать с неподвижной точки. Он требовал, чтобы камера была в состоянии запечатлеть любую деталь эпизода, и для этого поместил Билли Битцера в воздушный шар, который можно было поднимать и опускать. Но ветер часто сводил на нет все попытки Билли остаться в пределах декорации. Тогда-то Гриффиту пришла в голову оригинальная идея. Он поместил камеру на подъёмнике, который управлялся тросом. На большой платформе помещались он сам, Билли и я, сидевшая на краю, свесив ножки, чтобы занимать поменьше места. Сооружение было помещено на рельсы, уходящие вглубь декорации…

В начале „Пира Валтасара“ камера была расположена на расстоянии четверти мили от конца большого двора. Она двигалась в направлении декорации, медленно скользила над головами танцующих девушек, снова шла вперёд и задерживалась перед миниатюрной колесницей, в которой два белых голубя везли белую розу — подарок царя царице. Эти кадры характеризуют великое мастерство Билли — снимая с движущегося крана, ему удалось превосходно сохранить резкость и чёткость изображения, начиная с огромных пространств всей декорации и кончая лепестками роз».

Авторами второго эпизода «Нетерпимости» можно считать апостолов Матфея, Луку, Марка и Иоанна. Из Евангелия Гриффит взял всего три-четыре эпизода. Многие важные евангельские события (сцены с Пилатом, с Иудой, изгнание из храма, воскрешение Лазаря, Тайная вечеря) были опущены.

В роли Иисуса Христа снялся Хоуард Гей. Жениха и невесту из Каны сыграли Джордж Уолш и Бесси Лав, а Марию Магдалину — Ольга Грей. Среди исполнителей значится фон Штрогейм. На самом деле великий режиссёр немого кино в «Нетерпимости» не снимался. Гриффит только пообещал ему одну из ролей, но затем передумал и доверил играть второго фарисея Уильяму Котрайту, взявшему себе псевдоним фон Штрогейм. Настоящий же Эрик фон Штрогейм был лишь помощником режиссёра по производству в Вавилонском эпизоде.

Эпизод «Страсти Христовы» обошёлся Гриффиту в 300 тысяч долларов. Он привлёк к съёмкам 3500 статистов. Этот эпизод почти весь построен на общих планах. Каменные храмы и узкие дороги Галилеи в библейском сюжете, которые так бережно воссоздал Фрэнк Уортмен в трёх милях к западу от студии, выглядели вполне достоверно.

Сцена свадьбы была поставлена согласно еврейским традициям. Консультировал режиссёра раввин Майерс.

В третьей части — в «Варфоломеевской ночи» — главное место занимает борьба Екатерины Медичи (Джозефина Кроуэлл) и всего двора с колеблющимся королём Карлом IX (Фрэнк Беннет). Но и здесь имеется своя «частная» история: роман гугенотки Кареглазки (Марджери Уилсон) с дворянином Проспером Латуром (Юджин Пэллет). В ночь расправы солдат-наёмник врывается в дом, насилует и убивает девушку. Проспер убивает солдата и погибает сам.

Французский эпизод начинается сценами во дворце Карла IX и Екатерины и заканчивается хаосом и резнёй.

Для «Варфоломеевской ночи» был возведён целый квартал старого Парижа. Эта часть обошлась в 250 тысяч долларов, в ней участвовало 2,5 тысячи статистов.

Современный эпизод — самый сложный и значительный в «Нетерпимости», киноязык в нём всего выразительнее.

…Провинциальный фабрикант Дженкинс (Сэм де Грасс) объявляет рабочим о снижении зарплаты. Начинается забастовка. Среди протестующих — отец «прелестнейшей из девушек» (её играет Мэй Марш) и рабочий парень (Роберт Харрон). Страна стреляет в бастующих. Стачка подавлена.

Девушка и парень вынуждены покинуть рабочий посёлок и переселиться в большой город. Герой доведён безработицей до того, что начинает грабить прохожих и становится членом шайки «мушкетёров трущоб». Старик — отец героини — умирает. Она встречается с парнем и выходит за него замуж. Парень возвращается к честной жизни.

Обозлённый вожак «мушкетёров» (Уолтер Лонг) выгоняет свою любовницу («покинутую» играет Мириам Купер). Парню подбрасывают ворованные вещи, и он оказывается за решёткой. Вскоре у его молодой жены рождается ребёнок. Но общество считает, что она недостойна быть матерью, пуритане отбирают у неё ребёнка. «Прелестнейшая из девушек» просит помощи у вожака «мушкетёров». Тот является к ней в дом и пытается изнасиловать. За ними через окно подглядывает «покинутая».