В 1862 году он писал Белоголовому: «Говорю тебе откровенно, твоя физическая болезнь увеличивается в десять раз твоим растрепанным моральным состоянием, Я готов держать пари, что твоя болезнь если не совершенно пройдет, то значительно улучшится с поправлением твоего нравственного состояния».

Теперь, волнуясь, он рассказывал другу: «Изменения функции сердца сплошь и рядом находятся в зависимости от центральной нервной системы… Ослабление сердечной деятельности может развиваться при особенно возвышенной сердечной возбудимости, при различных угнетающих психических моментах. Нередко расстройство наступает вслед за горем, долго тревожившим больного, вслед за бессонными ночами, под влиянием того или другого психического момента».

В сознании Сергея Петровича уже складывались те теоретические воззрения, которые потом, много лет спустя, вылились в созданную им «теорию нервизма». Правильно понятое Боткиным значение физиологии — науки о здоровой жизни — помогло ему сделать ее основой науки о «жизни больной».

В начале 1864 года Боткин заразился от одного из больных сыпным тифом. Организм Сергея Петровича к этому времени был расшатан напряженной работой. Его «локомотив», как он в шутку называл свою энергию и силу, соскочил «на полном ходу с рельсов».

Наконец он одолел тяжелую болезнь, но выздоровление шло медленно. В марте месяце Боткин смог самостоятельно написать письмо Белоголовому; «Несмотря на то, что вот уже полтора месяца как поправляюсь, но далеко не чувствую себя способным к серьезному труду и потому еду в Италию встречать весну и, если поправлюсь, к летнему семестру в Германию… вряд ли мне случится еще раз в жизни утомляться до такой степени, как… в этом семестре».

И вот снова Италия. Рим, Неаполь. Полный отдых… Но Сергей Петрович не долго пользуется им.

— Если уж я попал за границу, — убеждает он Анастасию Александровну, — надо ознакомиться с тем, что сделано нашими западными коллегами.

Они переехали в Вену, Вена по-прежнему не удовлетворила Боткина. На летний семестр он устроился в Берлине и снова начал работать. Он слушал лекции Вирхова, следил за вскрытием трупов, занимался с микроскопом и проводил в лаборатории опыты, необходимые ему для дальнейшей работы.

В Петербурге после отъезда Боткина за границу и во все время его отсутствия распространялись слухи: у профессора Боткина после тифа поражен мозг. Какая потеря для Медико-хирургической академии! Семья вывезла больного за границу, чтобы скрыть его состояние.

Но Боткин вернулся. Лишь только была прочтена первая лекция, как вымысел об умственной неполноценности руководителя терапевтической клиники рассеялся. Студенты по-прежнему стали толпиться около его аудитории, лаборатории и кабинета.

Ольга Сократовна Чернышевская, жившая в Саратове, сильно беспокоилась о муже. Из Саратова приходили письма, полные тревоги и боли: где он, что с ним, жив ли? Помочь вызвался верный друг Чернышевского доктор Боков. Он обратился к Боткину. Тан как все ссыльные не могут миновать Иркутска, а в Иркутске добрый друг — Николай Андреевич Белоголовый, Сергей Петрович пишет ему: «К тебе небольшая просьба известить родственников, если ты только что-нибудь знаешь о Чернышевском, от которого его близкие уже несколько месяцев не имеют никаких известий и думают, что он уже умер…» Боткин торопит Белоголового: «Если ответишь телеграммой на адрес Аркадия Францевича Мерчинского. проживающего у графа Штейнбока в доме министерства уделов, что на Литейной улице. Чтобы не возбуждать неприятных подозрений, лучше будет, если не назовешь имени этого господина в депеше». Найденный путь был верен, Белоголовый и в дальнейшем помогал друзьям и единомышленникам Чернышевского поддерживать с ним связь через своего брата А. А. Белоголового. В письме к брату 19 июля 1865 года Белоголовый писал: «Между прочим, я здесь имел свидание с д-ром Боковым и Пыпиным по поводу Чернышевского — это люди, боготворящие последнего и готовые решиться для него на последнюю крайность. С ними я порешил таким образом, что если им нужно будет что-нибудь отправить в Сибирь, то чтобы воспользовались твоим приездом». На первой странице этого письма следующая приписка: «Для пересылки Чернышевскому, случай выбери поблагонадежнее».

Подходило к концу первое десятилетие работы Сергея Петровича в клинике Медико-хирургической академии. За эти годы он накопил богатый научный материал. Это был архив клиники, состоявший из работ учеников Боткина. Некоторые из них печатались в «Медицинском вестнике» или в других журналах. Некоторые выходили в заграничной печати, но все это не удовлетворяло Сергея Петровича. Печаталась лишь небольшая часть выполненных работ, он же хотел, чтобы все имеющие серьезное значение исследования учеников увидели свет. Боткин часто и много говорил об этом с Ловцовым, редактором журнала «Архив судебной и общественной гигиены», но тот ничем не мог помочь. На выпуск дополнительного издания не было средств.

Несмотря на стесненность в деньгах, Боткин решил издавать работы учеников на свои средства. Журнал будет называться «Архив клиники внутренних болезней», с этим решением Сергей Петрович однажды пришел в клинику и весело объявил:

— Господа, будем издавать ваши работы. Пишите!

Новость облетела клинику. Решение Боткина внесло оживление в среду врачей.

«Архив клиники внутренних болезней» начал свое существование в 1869 году. Издание продолжалось до 1889 года.

Всего было выпущено 13 томов с работами учеников Боткина.

Сергей Петрович подготовлял к изданию свои лекции, названные им «Курс клиники внутренних болезней».

«Животный организм, находясь под влиянием внешних условий, — писал Боткин в предисловии, — представляет, такие разнообразные проявления своей физиологической и патологической жизни, что не достанет никакой продолжительной деятельности одного врача для того, чтобы познакомиться со всеми разнообразными индивидуальностями. Это обстоятельство в особенности необходимо иметь в виду при клиническом преподавании, которое ограничено весьма незначительным сроком времени. Раз убедившись в том, что учащегося нельзя познакомить в течение клинического преподавания со всеми разнообразными индивидуальными проявлениями жизни больного организма, клиницист-преподаватель ставит себе первой задачей передать учащимся тот метод, руководясь которым молодой практик был бы в состоянии впоследствии самостоятельно применять свои теоретические врачебные сведения к больным индивидуумам, которые ему встретятся на его практическом поприще.