Из разрозненных сведений радиоразведки и собственного опыта по дороге «сюда» Тиле предполагал, что британские подводные лодки сосредоточены в основном при входе в Скагеррак. Поэтому он сразу же взял курс на запад, изменив его затем на южный, поддерживая все время высокую скорость.

Условия видимости для весенней ночи в Северном море можно было считать просто отличными: отсутствие туч, умеренный ветер и большая дальность видимости. Поэтому носовую волну от быстро идущего «Лютцова» обнаружили на британской подводной лодке «Спирфиш» даже раньше, чем в 1.20 ночи. Операторы радиолокатора на "карманном линкоре" донесли о неопознанной цели в 15 км спереди по курсу. (Факт обнаружения столь небольшой цели заставляет думать о том, что германские РЛС первого периода войны являлись скорее ненадежными, чем настолько уж несовершенными.) Командир субмарины, лейтенант-коммандер Форбс, вначале "показал корму" своей будущей цели, сочтя «контакт» эсминцем, однако после довольно точного для ночного времени опознания (он принял «Лютцов» за "Адмирал Шеер"), быстро приказал изменить установку торпед на «крейсер» и застопорить машины. «Спирфиш» теперь находился практически носом на противника и через 6 минут после обнаружения исчез с экрана радиолокатора. Форбс прицелился буквально на глаз, поскольку использование оптики специального визира в ночное время на довольно большой дистанции могло привести просто к потере цели, и дал 6-торпедный залп из всех носовых аппаратов. Лодка успела развернуться и начать отход на полном ходу, когда спустя 5 минут после выстрела (в 1.29 по немецкому времени) одна из торпед поразила "карманный линкор". При указанной Форбсом скорости торпед (40 узлов) получается, что его залп поразил цель с дистанции более 3 миль, что для ночной стрельбы можно считать отличным результатом.

"Лютцов" как раз завершал отворот, который Тиле предпринял — на всякий случай — после донесения из радиолокационного поста, когда торпеда взорвалась в кормовой части, в рулевом отсеке. Руль заклинило в положении 20 градусов на правый борт. Все три задних отсека (с 1 по 3), немедленно заполнились водой. 15 моряков из кормовых отсеков погибли. Лишенная какой-либо конструктивной подводной защиты корма надломилась как раз ниже «ступеньки» полубака и повисла под заметным углом к остальному корпусу. К счастью для немцев, валы и винты остались неповрежденными, но об использовании рулей не могло быть и речи. Хотя все дизели вынесли удар и находились в работоспособном состоянии, дать ход с полуоторванной кормой означало риск ее окончательной потери. "Карманный линкор" застыл в 10 милях к северо-востоку от Скагена, постепенно заполняясь водой. Через 2 часа он принял ее свыше 1300 т, а осадка кормой составила 12 м.

Быстро оценив обстановку, Тиле послал краткую радиограмму: "Немедленно требуется помощь буксиров. «Лютцов». Действия команды свелись к подкреплению передней переборки отсека IV, который оказался затопленным через 15 минут после атаки. Кроме того, последовал приказ выбрасывать за борт снаряды и заряды из кормового погреба главного калибра, что, конечно, не могло быть быстро исполнено даже днем. Остальные матросы и офицеры заняли боевые посты в ожидании повторных действий английских подводников.

Близость "своих стен" несомненно спасла «Лютцов». Командование группы «Ост» (в зоне ответственности которой в данный момент находился корабль), выслало целый флот: 5 миноносцев и по флотилии охотников за ПЛ и торпедных катеров, не говоря уже о буксирах и тральщиках. Около 5.00 первые суда этой армады начали подходить к поврежденному «карманнику», положение которого несколько улучшилось после перекачки остатков нефти в расположенные в передней части корпуса цистерны. Три тральщика «присосались» к «Лютцову», но засвежевшее волнение позволило развить скорость всего в 4,5 узла. Подошедший в середине следующего дня датский буксир «Гарм» с немецкой командой позволил сменить неприспособленные к «делу» тральщики. Утром 12 апреля к нему присоединились еще два «скандинава» — «Нордер» и «Тор». Спасательная операция продолжалась почти двое суток; только поздно вечером 14 апреля буксирам удалось дотащить "карманный линкор" до причала "Дойче Верке" в Киле. При буксировке «Лютцов» неоднократно садился на мель, но, в отличие от его «однофамильца» времен Первой мировой войны, все-таки уцелел.

При подробном исследовании повреждения оправдали самые худшие опасения. Корма фактически полностью оторвалась, броневая палуба изогнулась, все помещения ниже ватерлинии представляли собой груду искореженного металла. 8 августа корабль даже временно вывели из состава действующего флота, оставив на нем только расчеты зенитной артиллерии и небольшое число ключевого персонала. Длительный ремонт, занявший более полугода, завершился лишь 31 мая 1941 года. В ходе работ «Лютцов» получил новую корму, винты, валы, руль, а также дополнительную платформу для радиолокационного оборудования на передней мачте. Он опять сменил командира, которым стал теперь капитан цур зее Лео Крайш. В это время из своего очень успешного рейда вернулся "Адмирал Шеер", и командование предполагало использовать оба «карманника» для повторной операции. Однако гибель «Бисмарка» в конце мая поставила на проекте жирный вопрос. Главные силы Кригсмарине оказались рассеченными надвое: в Бресте остались «Шарнхорст», "Гнейзенау" и напарник «Бисмарка» "Принц Ойген", тогда как к «броненосцам» и «Хипперу», находившимся в Германии, вскоре мог присоединиться линкор «Тирпиц». Такая ситуация заметно затрудняла выбор следующего хода на океанской "шахматной доске".

Тем не менее, 12 июня стартовала операция «Зоммеррайзе»: "Лютцов" в сопровождении 5 эсминцев покинул Киль и двинулся в датские проливы. Однако англичане оказались бдительными, и радиослужба немцев вскоре перехватила сообщения о своем обнаружении. Хотя авиация прикрывала отряд, координация между командованиями Люфтваффе и Кригсмарине оставляла желать лучшего.

Британские торпедоносцы «Бофорт» атаковали его с дистанции всего в 600 м и добились попадания в середину корпуса «Лютцова» в районе 82-го шпангоута. Затопленными оказались два моторных отсека и один из отсеков с соединительными муфтами. Корабль принял 1000 т воды, вышли из строя все моторы и электростанции. Он полностью потерял ход и получил на продолжительное время угрожающий крен около 20 градусов, беспомощно дрейфуя по поверхности моря. К счастью для немцев, густое облако дыма окутало корабли и помешало второй волне англичан прикончить "карманный линкор". Предпринятые меры позволили к утру частично спрямить «Лютцов» и дать 12-узловый ход на одном валу. Неудачливый корабль благополучно добрался до Киля, где вновь встал на ремонт.

В июле на стоявший у стенки "Дойче Верке" «Лютцов» прибыл седьмой командир, капитан цур зее Рудольф Штанге. «Карманник» благополучно пережил несколько массированных рейдов британской авиации на Киль и в январе 1942 года вновь был готов к действиям. Однако последовало очередное (уже традиционное!) повреждение винта на ледовом поле у Свинемюнде, и он опять отправился а завод. Следующая попытка «активации» состоялась только в апреле. К тому времени "идея фикс" Гитлера уже состояла в сосредоточении тяжелых кораблей флота на севере Норвегии, с тем, чтобы пресечь поставки союзников в СССР. 15 мая «Лютцов» вышел в путь в эскорте 3 эсминцев и нескольких тральщиков и вспомогательных судов. Он благополучно миновал британские подводные дозоры и рано утром 19 мая достиг Лофьорда около Тронхейма. 24-го он взял курс на Нарвик и за 15 минут до полуночи бросил якорь в заливе Боген, где его дожидался систершип "Адмирал Шеер", эсминцы и миноносцы.

4 июня эти корабли составили 2-ю боевую группу, флаг командующего которой, вице-адмирала Кюммеца, был поднят на «Лютцове», Последовали учения, размах которых оказался очень скромным: сказывался хронический недостаток горючего. Так, на неделю упражнений выделялось всего 80 т дизельного топлива! Тем не менее, немцам удалось сколотить мощные силы, которым в начале июля предстояло осуществить операцию «Россельшпрунг» — выход для разгрома конвоя РQ-17.

Участие в ней «Лютцова» оказалось коротким. 2 июля 2-я боевая группа снялась с якоря и двинулась по фьорду для соединения с «Тирпицем» и другими кораблями. Но уже рано утром (в 2.40) следующего дня неудачник наткнулся на не обозначенную на карте скалу. Повреждения не выглядели слишком серьезными: затопленными оказались только резервные помещения для спрямления крена в 8-м и 13-м отсеках и топливные танки в отсеках 10 и 11. Однако Кюммец перенес свой флаг на «Шеер» и приказал своему бывшему флагману вернуться на стоянку. Водолазы обнаружили многочисленные течи во внешней обшивке на протяжении примерно 70–80 м; около 300 т воды плескалось за внутренним днищем прямо под дизелями, кораблю предстоял очередной поход домой, на ремонт.