Допросы арестованных вели русские следователи Гестапо из группы «Комет», созданной специально для борьбы с русской эмиграцией. Немалую помощь в разгроме НТС оказали Гестапо и сотрудники К. А. Фосса — бывшего руководителя «Внутренней линии» РОВСа и сотрудника Абвера.

В вину НТС были поставлены антинемецкая деятельность, руководство нелегальной организацией, связь с партизанами. Аресты продолжались до сентября 1944 г., пока за членов Союза перед Гиммлером не заступился генерал Власов.

Сотрудничество членов Союза с Власовым и его штабом шло по нарастающей. Члены Союза преподавали дисциплины в ряде учебных заведений РОА, сотрудничали в редакциях русскоязычных газет.

После окончания военных действий НТС делает разворот в своей политике по отношению к власовцам на 180 градусов. По конъюнктурным соображениям Союз отмежевался от власовцев, боясь навлечь на себя обвинения в коллаборации со стороны новых могущественных союзников. Руководитель НТС Байдалаков издал для членов Союза циркуляр, в котором заявлял, что Комитет по Освобождению Народов России был составлен немцами из людей продажных и аморальных, шкурников и трусов.

Такая позиция руководства НТС вызвала раскол в среде послевоенных власовских политических организаций. С их стороны в адрес НТС начались упреки в политическом авантюризме и попытке захвата структур КОНР и РОА, неспособности налаживания ими (объявившими себя МИДом КОНР) связей с руководителями западных держав весной 1945 г.

В вину солидаристам власовцы также поставили распоряжение Байдалакова по регистрации и обеспечению явки всех военнослужащих РОА в оккупационные союзнические структуры.

Несмотря на занятую руководством НТС позицию по отношению к недавним союзникам, часть солидаристов помогла некоторым власовцам найти убежище на Западе, получить проездные документы и визы.

В послевоенной союзной литературе редко упоминается о роли членов НТС в работе немецких специальных органов. Между тем сотрудничество с немецкими спецслужбами привело к парадоксальному результату — специальный контрразведывательный орган Абвера «Зондерштаб Россия» фактически слился со структурой НТС на оккупированной территории.

По пути сотрудничества с Абвером пошел председатель Польского отдела НТС А. Э. Вюрглер. Фактически с первых дней войны он сотрудничал с бывшим офицером Императорской и Белой Армии Б. А. Смысловским, вскоре возглавившем специальный отдел штаба «Валли» — «Зондерштаб-Р». При организации «Зондерштаба» Смысловский предложил ему пост начальника 3-го отдела (отдел пропаганды). Смысловский при этом получал контроль над разветвленной агентурой НТС на оккупированной территории, а Вюрглер — возможность беспрепятственного перемещения своих людей по оккупированной территории под прикрытием документов «Зондерштаба-Р» и ведения собственной агентурной работы. Еще в конце 30-х годов Вюрглер возглавлял в Варшаве специальную школу по подготовке агентов для работы на советской территории. Средства на нее выделялись японской военной разведкой. Позднее, по решению председателя Союза в «Зондерштаб», на работу были рекомендованы старые, проверенные кадры НТС — И. И. Виноградов, К. А. Евреинов, Б. Б. Мартино и другие. При этом сам руководитель «Зондерштаба» в подробности работы НТС на оккупированной территории не посвящался, зато японская разведка была в курсе работы НТС.

Анализ архивных документов МГБ СССР дает представление о проникновении членов НТС в Абвер. Так, в структуре «Зондерштаба» служили следующие члены союза:

В. В. Брандт — член Совета НТС в Польском отделе;

Врангель Б. Г. — помощник резидента в г. Острове;

Евреинов К. А. — начальник разведкурсов «Зондерштаба-Р», с ноября 1943 г. — резидент в г. Молодечно;

Кашников В. Н. — резидент в г. Лепеле, затем в г. Лиде;

Мамуков Е. Е. — резидент в Днепропетровске, затем в Первомайске;

Ольгский М. Л. — резидент в г. Борисове;

Тенсон А. А. — резидент в г. Порхове, с ноября 1943 г. — в г. Гдове;

Юнг (он же Востоков или Афанасьев) Игорь Леонидович — помощник резидента в Слуцке, затем в Минске, участник формирования Русской Национальной Народной Армии (РННА) в Осинторфе, затем сотрудник «Предприятия «Цеппелин»»;

Полчанинов Р. В. — курьер резидентской области «Д» в г. Выру, затем в Минске;

Ширинкина А. — сотрудник органа в Могилеве;

Попов Г. И. — сотрудник органа в Порхове;

Арский (он же Отрожко) — возглавлял Могилевскую резидентуру;

Родзевич или Радзевич Алексей, он же Николай, или Константин, Александр Николаевич, или Дмитриевич, — капитан РОА, сотрудник 1-го отдела органа (разведработа против партизанских отрядов).

В «Предприятии «Цеппелин»» также служили члены Союза Рутченко (Рутыч) Н. Н. и Полошкин-Позе Г.

К 1943 г. Смысловский обладал информацией о тайной работе НТС и установил негласное наблюдение за его сотрудниками. 23 декабря 1943 г. около 10 часов утра А. Э. Вюрглер был убит по дороге на службу двумя выстрелами в затылок. Убийцы так и остались неизвестны.