Он поселился в небольшом городке Шалье, расположенном неподалеку от Лиона, а потом перебрался во Вьенн, где ему была предоставлена частная практика. В этом городе Сервет прожил 12 лет, и десять из них были отданы работе над сочинением «Восстановление христианства», в котором он развил идеи своего юношеского трактата «Об ошибках учения о Троице». Он категорически отрицал учение о Святой Троице, обличал протестантов, которые оправдывали веру, не связанную с добрыми делами; славил «милосердие, поднимающее человека до божества — вечное по своему характеру и способствующее достижению будущего века». Что же касается споров между католиками и протестантами, то они беспочвенны, так как заблуждаются и те, и другие. Надо говорить о такой религии, которая не совершала бы насилия над разумом, не сковывала бы творческие силы человека, давала бы ученым возможность свободно изучать природу [16] [В «Восстановлении христианства» Сервет впервые описал и малый круг кровообращения. Однако приоритет этого открытия неоднократно оспаривался различными исследователями, которые считали автором его совсем других людей].

В устройстве римской церкви Сервет видел одни только недостатки и злоупотребления и в ветхозаветной истории находил много примеров, служивших ее прообразом: развращенный Вавилон, Содом и Гоморра, царствование Антиоха и Иеровоама, которые довели 10 колен Израилевых до идолопоклонства; царствование Навуходоносора, разорившего Святой город Иерусалим, и т. д. После такой критики католической церкви Сервет отверг значение ее обычаев и постановлений, однако много недостатков находил он и в протестантской церкви. По его мнению, она тоже удалилась от первоначальной церкви апостольской, но особенно укорял он реформаторов за презрение добрых дел.

Римский папа для Сервета был большим грешником, чем первый человек Адам, потому что последний наказан временно, тогда как папа будет вечно гореть в аду. Отрывки из своего «Восстановления христианства» Сервет отправил Ж. Кальвину. Один из столпов протестантизма пришел в неистовый гнев' значит, этот вольнодумец не образумился и опять дерзновенно высказывает свои сомнения в божественности христианских догматов, отрицает право церкви говорить от имени Бога… И через подставных лиц Ж. Кальвин послал донос лионской инквизиции.

В апреле 1553 года Сервета арестовали и бросили в одиночную камеру городской тюрьмы города Вьенна, которая располагалась на возвышенном месте. Четыре стены и маленькое окошко под потолком, до которого почти невозможно было дотянуться рукой, — таким отныне стало жилище М. Сервета. Допросы утром и вечером, обвинения в ереси, за которыми следовало сожжение на костре. Он пытался доказать свою правоту, но инквизиторы не склонны были выслушивать его доводы: для них он — еретик, которого следует осудить на казнь.

К тюрьме примыкал сад, в котором именитым заключенным разрешалось совершать прогулки. Сад был обнесен стеной, но против нее в одном месте была куча земли, а прямо к стене примыкала небольшая улочка, ведущая к Роне. Крыши двух-трех построек находились близко от тюремной стены… Утром 7 апреля Сервет попросил у тюремщика ключ от сада. Было рано, на узнике был надет ночной халат, и стражник решил, что тому не спится, он хочет прогуляться, и дал ему ключ. Сервет подождал некоторое время, пока стражник удалится, потом, сложив под деревом халат, побежал к стене, перелез через нее и благополучно добрался до реки.

Обнаружив бегство еретика, власти обыскали все расположенные рядом дома, но даже самые тщательные розыски по всем городам Франции не дали результата. Однако 17 июня 1553 года суд над М. Серветом все же был устроен: скамья, на которой должен был бы находиться подсудимый, пустовала, но приговор ему был вынесен. Суд постановил предать Михаила Вилланова, выступившего против христианского учения, сожжению живым на медленном огне, а пока были сожжены кукольное изображение еретика и пять тюков с экземплярами книги «Восстановление христианства».

А М. Сервет скрывался в это время у друзей, хотя положение его было отчаянным: в любой католической стране его ждала кара, объявленная судом города Вьенна. Он не мог появляться на улицах, и, казалось, не было на земле места, где бы он мог чувствовать себя в безопасности. Он покинул Францию и направился в Италию, но по дороге посетил Женеву, где не было инквизиции. Пускай они расходятся с Ж. Кальвиным во взглядах, но не пойдет же тот по стопам инквизиторов… Однако Сервет не знал, что, осуждая инквизиторов, Ж. Кальвин проявлял не меньшую жестокость по отношению к тем, кто отвергал его собственное учение и шел против его воли.

Едва Сервет появился в Женеве, как Ж. Кальвин тут же опознал его, и женевская консистория «сочла правильным заключить Сервета в тюрьму, дабы лишить возможности и далее отравлять мир своей ересью и богохульством, поскольку он известен как человек неисправимый и безнадежный». Те же четыре стены, то же маленькое окошко под потолком и тот же неусыпный надзор тюремщика в узкий глазок двери, обитой железом… Но по законам Женевы обвинитель тоже должен был находиться в тюрьме до тех пор, пока не доказана вина обвиняемого. Однако Ж. Кальвин препоручил обязанности обвинителя своему секретарю Никола де ля Фонтену, который представил на суд написанный рукой реформатора донос на Сервета.