Узнав об этом, Ленин написал 26 июня Зиновьеву, Лашевичу и другим петроградским работникам письмо, в котором было сказано:

«Только сегодня мы услыхали в ЦК, что в Питере рабочие хотели ответить на убийство Володарского массовым террором и что вы (не Вы лично, а питерские цекисты или пекисты) удержали.

Протестую решительно!

Мы компрометируем себя: грозим даже в резолюциях Совдепа массовым террором, а когда до дела, тормозим революционную инициативу масс, вполне правильную.

Это не-воз-мож-но!

Террористы будут считать нас тряпками. Время архивоенное. Надо поощрять энергию и массовидность террора против контрреволюционеров, и особенно в Питере, пример коего решает».

Уже с момента создания Петроградской трудовой коммуны в марте 1918 года близкие Зиновьеву люди стали называть его «председателем Совнаркома», он не пресекал подхалимство. Когда в Петрограде в апреле собрался съезд Советов Северной области и принял решение образовать Союз коммун Северной области. Зиновьев и сам охотно называл себя председателем Совнаркома и не терпел возражений против проводимой и реорганизации комиссариатов. По многим вопросам Урицкий возражал Зиновьеву, это привело в мае к передаче поста комиссара внутренних дел Северной области, который занимал Урицкий, Прошьяну, одному из лидеров партии левых эсеров.

На съезде Зиновьев сам уговаривал левых эсеров войти в состав Совета Комиссаров и упрекал их в боязни ответственности. После этого левым эсерам были переданы четыре комиссариата: почты и телеграфа, путей сообщения, земледелия и контроля, а теперь еще и внутренних дел. Этого шага не понимали ни Урицкий, ни другие сотрудники комиссариата внутренних дел. В адрес Петроградского Совета помощник комиссара внутренних дел Благонравов направил запрос, в котором пытался выяснить, «под чьим же руководством они должны работать и в чьем ведении находится Комитет революционной охраны Петрограда?». Петроградский Совет предусмотрительно не пошел на передачу Комитета революционной охраны Петрограда новому комиссару внутренних дел и, воспользовавшись реорганизационной неразберихой, оставил Комитет в ведении Петроградской ЧК, то есть Урицкого.

Тайно готовясь к июльскому восстанию, левые эсеры в Петрограде во главе с Прошьяном были недовольны таким решением Петросовета и развернули в своих газетах бешеную травлю комиссии Урицкого, обвиняя его и чекистов в нарушениях революционной законности. Зашевелились и сотрудники комиссариата юстиции, в котором преобладали левые эсеры. Они выступили в печати с предложением распустить комиссию Урицкого.

Но попытка левых эсеров ликвидировать Петроградскую чрезвычайную комиссию не удалась. Большую поддержку питерским чекистам оказал своим письмом в Петроградский Совет Феликс Эдмундович Дзержинский. Он писал:

«В газетах имеются сведения, что Комиссариат юстиции пытается распустить Чрезвычайную комиссию Урицкого. Всероссийская чрезвычайная комиссия считает, что в настоящий, в наиболее обостренный момент, распускать таковой орган ни в коем случае недопустимо, напротив, Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий по заслушании докладов с мест о политическом состоянии страны пришла к твердому решению о необходимости укрепления этих органов при условии централизации и согласованной их работы, о вышеупомянутом комиссия ВЧК просит сообщить товарищу Урицкому».

Установка Владимира Ильича на необходимость резкого усиления борьбы с террористами всех мастей, письмо Феликса Эдмундовича о необходимости укрепления органов защиты пролетарской революции были как нельзя более своевременны.

6 июля в Москве левым эсером Блюмкиным был убит германский посол Мирбах. Левоосеровские лидеры на V Всероссийском съезде Советов призвали к разрыву мирного договора с Германией, к продолжению военных действий. Блюмкин скрылся в отряде ЧК, которым командовал левый эсер Попов. В этом отряде обосновался штаб левоэссровских заговорщиков — их ЦК.

Феликс Эдмундович Дзержинский лично отправился в отряд Попова и потребовал выдачи Блюмкина, но был арестован заговорщиками и обезоружен. Были арестованы и другие ответственные сотрудники ВЧК и председатель Моссовета Смидович. Их объявили заложниками. Один из лидеров левых эсеров, комиссар внутренних дел Северной области Прошьян, приехавший в Москву на V Всероссийский съезд Советов, через Центральный телеграф стал передавать воззвания заговорщиков в другие города. Партия левых эсеров объявила себя «правящей партией».

Однако принятыми мерами мятеж левых эсеров в Москве 7 июля был ликвидирован. По указанию Ленина на борьбу с мятежниками были мобилизованы большевистские партийные организации и верные революции воинские части. Левоэсеровскис делегаты Всероссийского съезда Советов во главе со Спиридоновой были изолированы. Советские войска повели артиллерийский обстрел здания, которое занимал отряд Попова, мятежники начали сдаваться в плен. Заложников освободил сам караул. Активные мятежники по решению ВЧК были расстреляны.