Верховный суд республики счел недоказанной вину лишь двух подсудимых — Левензона и Матеди, которых и оправдал. Остальных приговорил к конкретным мерам наказания, в том числе 17 человек — к расстрелу.

В качестве прокурора Вышинский выступал на многих крупных процессах 20-х годов, таких как дела работников морского хозяйственного управления, Главного управления коневодства, Консервтреста и др.

Вышинский не только поддерживал обвинение в суде, но и активно занимался творчеством. Из-под его пера одна за другой выходят статьи и книги. Он опубликовал две части «Очерков по истории коммунизма» (1924 и 1925 гг.), книгу «Суд и карательная политика Советской власти (1925 г.) и другие. В № 29 «Еженедельника советской юстиции» за 1923 год появилась его публикация «Еще раз о статье 114-а УК», в которой он полемизирует с редакцией журнала, поместившей на своих страницах неправильное, с его точки зрения, разъяснение о том, подлежит ли уголовной ответственности лицо, давшее взятку человеку, присвоившему себе не принадлежащее ему должностное звание. В статье «Дисциплинарные суды и должностные преступления» он приветствовал опубликование «Положения о дисциплинарных судах», считая его «громадным шагом вперед по пути упрощения и улучшения судебного дела». По его мнению, именно отсутствие дисциплинарного суда, «легко настигающего правонарушение», представляет собой существенный изъян в системе органов, борющихся с правонарушениями. «Тяжесть положения усугубляется еще и значительным несовершенством нашего еще молодого и недостаточно пропахшего пороховым дымом судебного быта Уголовного кодекса, — пишет Вышинский. — Рожденный в правовой борьбе против эксплуататоров, наш Уголовный кодекс рубит широко, его огненные удары грубы и резки, как сама революция». Вышинский выражал надежду, что в «лице дисциплинарных судов государство получит новое и сильное оружие борьбы с бюрократическими извращениями, неуловимыми, разнообразными, ядовитыми».

В 1925 году Вышинский покинул прокуратуру. Ученый совет Московского государственного университета избрал его своим ректором. К этому времени он был уже профессором. Наряду с выполнением обязанностей ректора, он читал лекции по уголовному процессу на юридическом факультете, на основе которых издал учебник «Курс уголовного процесса». В эти же годы состоял членом комиссии законодательных предположений при Совнаркоме СССР.

В мае 1928 года Вышинский временно был призван в органы юстиции. Он назначается председателем Специального присутствия Верховного суда

СССР по делу группы «вредителей» в угольной промышленности, известного больше как «Шахтинское дело». Суду были преданы 53 специалиста старой буржуазной школы. По версии следствия, «вредители» (инженеры и техники Шахтинского района Донбасса) были тесно связаны с бывшими собственниками предприятий (русскими и зарубежными) и ставили своей целью «сорвать рост социалистической промышленности и облегчить восстановление капитализма в СССР». С этой целью они якобы организовывали взрывы на шахтах, портили машины и оборудование, умышленно нарушали законы о труде и правила техники безопасности и совершали иные противозаконные действия. Поддерживал обвинение по этому делу Н. В. Крыленко, помогал ему Г. К. Рогинский. В процессе участвовали 16 адвокатов и среди них — корифей старой присяжной адвокатуры, у которого Вышинский некогда был помощником, П. Н. Малянтович. Двадцать спецов, преданных суду, признали себя виновными полностью и подробно изложили свои показания, десять — частично, остальные категорически отрицали какую-либо причастность к вредительству.

Обвинительный приговор по делу был предрешен заранее. Еще за месяц до начала процесса, в апреле 1928 года, выступая на Московской партийной конференции, И. В. Сталин сказал об этом деле так: «Факты говорят, что Шахтинское дело есть экономическая контрреволюция, затеянная частью буржуазных спецов, владевших ранее угольной промышленностью. Факты говорят далее, что эти спецы, будучи организованы в тайную группу, получали деньги на вредительство от бывших хозяев, сидящих теперь в эмиграции, и от контрреволюционных антисоветских организаций на Западе».

После такого «оглашения» фактов судьба подсудимых была ясна всем. Тем не менее процесс тянулся долго, почти полтора месяца. Дело было настолько «шито белыми нитками», что даже Вышинскому пришлось оправдать четверых подсудимых, а еще троих — приговорить к условной мере наказания. Одиннадцать человек были приговорены к смертной казни (в отношении шестерых из них суд сам ходатайствовал о смягчении наказания), а остальные — к различным срокам лишения свободы. Пятерых из приговоренных расстреляли. Сразу же после процесса Вышинский выпустил книгу «Уроки Шахтинского дела», в которой всячески «обосновывал» необходимость применения жестких репрессивных мер против «классовых врагов».

В начале декабря 1930 года в Москве проходил еще один крупный процесс над вредителями из так называемой «Промышленной партии». На скамье подсудимых на этот раз оказались директор Теплотехнического института профессор Рамзин, а также целый ряд других ответственных работников Госплана СССР и ВСНХ СССР (всего 8 человек). Все они обвинялись в контрреволюционной и вредительской деятельности. Председательствовал на этом процессе вновь Вышинский, официально занимавший тогда должность члена коллегии Наркомата просвещения РСФСР. Государственное обвинение поддерживал все тот же Крыленко, а помогал ему на этот раз краевой прокурор Фридберг. Все подсудимые признали себя виновными и дали развернутые показания о своей «деятельности».

7 декабря 1930 года Вышинский огласил приговор. Все подсудимые были признаны виновными в инкриминируемых им преступлениях. Пятерых из них суд приговорил к смертной казни, которую уже на следующий день Президиум ЦИК СССР заменил лишением свободы.

11 мая 1931 года Андрей Януарьевич Вышинский был назначен Прокурором РСФСР, сменив на этом посту Н. В. Крыленко, ставшего народным комиссаром юстиции республики, а через десять дней становится одновременно и его заместителем. Эти должности он занимал немногим более двух лет, чего, однако, вполне хватило, чтобы о нем заговорили как о новой восходящей звезде на юридическом небосклоне. И хотя Вышинский продолжал пребывать как бы в тени славы Крыленко, считавшегося первым советским судебным оратором (именно наркому, а не прокурору республики было доверено выступить обвинителем на процессе меньшевиков, хотя, вероятнее всего, причина здесь крылась в меньшевистском прошлом Вышинского), он сумел развить очень бурную деятельность. Ни одно важное событие в правовой жизни страны, будь то совещания, активы, судебные процессы, особенно по политическим делам, не обходилось без его участия. К этому надо добавить многочисленные выступления в печати, издание книг и брошюр по правовой тематике, лекции и доклады на разнообразных конференциях и симпозиумах. Он чутко прислушивался ко всем выступлениям Сталина, тщательно штудировал его статьи и тут же использовал идеи вождя в своей практической деятельности.

В декабре 1931 года в печати появилось большое письмо И. В. Сталина в редакцию журнала «Пролетарская революция» под заглавием: «О некоторых вопросах истории большевизма», в которой он гневно обрушивался на «антипартийную и полутроцкистскую» статью Слуцкого «Большевики о германской социал-демократии в период ее предвоенного кризиса». В этом письме Сталин назвал Слуцкого «фальсификатором истории партии, учителем которого были троцкисты». Подчеркнув, что на публикацию статьи редакцию подтолкнул «ее гнилой либерализм», Сталин писал о том, что некоторые большевики ошибочно считают троцкизм фракцией коммунизма и поэтому допускают либерализм в отношении троцкистов и «троцкистски-мыслящих людей». «На самом деле, — указывал далее Сталин,- троцкизм есть передовой отряд контрреволюционной буржуазии. Вот почему либерализм в отношении троцкизма... есть головотяпство, граничащее с преступлением, изменой рабочему классу...» Заканчивал свое письмо вождь так: «Больше партийной бдительности, сильнее огонь по контрреволюционным троцкистам и антипартийным всякого рода вылазкам, сильнее огонь по гнилому либерализму и мягкотелости...»