11 октября Иван IV двинулся в обратный путь. Царь с пехотой плыл на судах, а конница шла берегом. Править Казанским краем Иван оставил князя Александра Борисовича Горбатого-Шуйского с 14 тысячами ратников.

1 ноября 1552 г. состоялся торжественный въезд Ивана IV в Москву. Царь решил устроить себе триумф по типу римских императоров. Перед ним по Москве провели пленных: бывшего хана Ядыгера, огланов, князей, мурз, их жен и детей. Чтобы привлечь как можно больше внимания москвичей к торжественному въезду царя-триумфатора, по улицам водили не только знатных казанских вельмож, но и верблюдов, конфискованных у азиатских купцов, приехавших по своим торговым делам в Казань. Вслед за этой экзотической процессией въехал сам царь Иван Васильевич.

С 8 по 10 ноября в честь победы в Москве закатили трехдневный пир. К царскому столу были приглашены высшее духовенство, князья и отличившиеся в боях дворяне. Все три дня раздавались подарки митрополитам и владыкам, а также награды воеводам и воинам, начиная с князя Владимира Андреевича и до последнего сына боярского. Кроме вотчин, поместий и кормлений было роздано денег, платьев, драгоценных сосудов, доспехов, лошадей и др. на 48 тысяч рублей, то есть на небывалую по тем временам сумму. Награбленного в Казани хватило всем.

Любопытно, что Иван IV, столь свирепо расправившийся с защитниками Казани, довольно либерально обошелся с их ханами. Юный хан Утямыш Гирей 8 января 1553 г. был крещен в Чудовом монастыре и получил имя Александр. Иван Грозный повелел ему жить в царском дворце. Однако Александр умер 11 июня 1566 г. в возрасте 20 лет. Причем умер своей смертью и не в опале, ибо был похоронен в месте погребения государей московских — в Архангельском соборе Кремля. Хан Ядыгер 26 февраля 1553 г. тоже принял крещение и получил имя Симеон. Иван Грозный дал ему богатый двор в Москве, в документах он числился «царем Симеоном». Умер он своей смертью 26 августа 1565 г. и был погребен в Благовещенской церкви Чудова монастыря. Из казанских ханов Шах-Али оказался единственным, кто сохранил свою веру. Он длительное время был ханом касимовским и умер там 20 апреля 1567 г.

Увы, торжества в Москве не означали окончания войны в Казанском крае. В Москве еще не закончились пиры победителей, а чуваши и черемисы на дороге из Свияжска в Василь-сурск убили много русских гонцов, купцов и людей, сопровождавших обозы с казенными грузами. Иван IV приказал сыскать участников нападения и всех повесить. В Свияжск доставили 74 цивильских чуваша, всех повесили, а имущество их роздали доносчикам. Возле Казани действовал отряд «Ту-гаевы дети с товарищи». Мурза Камай, перебежавший к русским перед самой осадой Казани, поймал 38 человек «тургае-вых детей», доставил в Свияжск, где их и повесили.

Ни Иван, ни его бояре не понимали сложности ситуации. Они были уверены, что Казанский край окончательно присоединен к России. В разные волости Казанского края были посланы сборщики податей. В окрестностях Казани «ясаки собрали сполна», но в феврале 1553 г. выяснилось, что «казанские люди луговые ясаки не дали» и сборщиков убили.

Отряд казанских татар укрепил засеку на Высокой горе в 15 верстах от Казани. Видимо, это были остатки конников князя Япанчи. Они-то и послужили ядром организовавшейся армии. Казанцы разгромили и уничтожили два посланных из Казани русских отряда в 800 человек. По словам летописца: «Пришли на них люди арские и луговые, да их побили на голову и убили 350 стрельцов да 450 казаков». В верхнем течении реки Меши, в 70 верстах на восток от Казани, казанцы построили крепость.

Горная сторона Волги также была охвачена восстаниями против русских. Здесь действовали отряды казанцев под предводительством Зейзейта и богатыря Сары, пришедшие с луговой стороны. Они разбили посланный против них из Свияжска отряд под командованием Б.И. Салтыкова. Было убито 36 детей боярских, 170 чувашей, в плен попало 200 человек, а сам Салтыков был убит.

Ожесточенные боевые действия в Казанском крае прекратились лишь в конце 1556 г., после того как большая часть волостей края была опустошена карательными походами русских воевод.

Уже весной 1555 г. Иван IV принял решительные меры для русификации Казанского края. В Казань был отправлен первый архиепископ Гурий. Следует заметить, что в Казанский край были посланы наиболее ортодоксальные и жесткие иерархи церкви. Вместе с Гурием в Казань прибыл Герман Полев, архимандрит Свияжского монастыря, который после смерти Гурия занял его место. Видимо, вместе с Гурием в качестве попа в Казань прибыл и молодой Гермоген, который позже станет казанским архиепископом.

Из Пскова срочно доставили мастеров для сооружения в Казани каменного кремля. Главным строителем кремля был Постник Яковлев, более известный как строитель храма Василия Блаженного в Москве, сооруженного в память взятия Казани.

Казань стала русским городом в полном значении этого слова. Татарам было запрещено не только селиться внутри крепостной стены, но и входить внутрь города. За нарушение запрета была положена смертная казнь. Если до взятия Казани в ней с посадами проживало 65 тысяч жителей, то в 1557 г. внутри города жило около 7 тысяч русских, а в посадах — б тысяч татар.

На землях черемисов, чувашей и других народностей на правом берегу Волги были воздвигнуты города Чебоксары, Цывильск и Козьмодемьянск, а на левых притоках Волги Большой и Малый Кокшагах — города Кокшайск и Сан-чурек. На правом берегу нижней Камы был построен город Ланшев, а на правой стороне Волги в 40 верстах ниже Казани — город Тетюши. С конца 50-х — начала 60-х гг. XVI века начинается массовое переселение русских людей на «Казанскую землицу». С началом опричнины князья и дворяне целых районов России выселяются в Казанский край. Особенно это коснулось потомков ростовских, ярославских и стародубских князей.