По словам Байбакова, инициатором интриги против Вознесенского, а затем и против других членов «ленинградской группы» был Берия. Это подтверждали также Микоян и Хрущев. Последний вспоминал, что Вознесенский «часто схватывался с Берией, когда составлялся очередной народнохозяйственный план. Берия имел много подшефных наркоматов и требовал львиной доли средств для них, а Вознесенский как председатель Госплана хотел равномерного развития экономики страны».

Вскоре после скоропостижной смерти 31 августа 1948 года руководителя «ленинградской группы» А.А. Жданова Л.П. Берия представил И.В. Сталину записку, направленную заместителем председателя Госплана М.Т. Помазневым НА. Вознесенскому. В ней говорилось: «Мы правительству доложили, что план этого года в первом квартале превышает уровень IV квартала предыдущего года. Однако при изучении статистической отчетности выходит, что план первого квартала ниже того уровня производства, который был достигнут в четвертом квартале, поэтому картина оказалась такая же, как и в предыдущие годы». Как вспоминал Микоян, «эта записка была отпечатана на машинке. Вознесенский, получив ее, сделал от руки надпись: «Вдело», то есть не дал ходу. А он был обязан доложить ЦК об этой записке и дать объяснение. Получалось неловкое положение – он был главным виновником и, думая, что на это никто не обратит внимания, решил положить записку под сукно. Вот эту бумагу Берия и показал, а достал ее один сотрудник Госплана, который работал на госбезопасность, был ее агентом».

Берия прекрасно знал, что Сталин не терпел обманщиков и, уличив кого-либо во лжи, мог перечеркнуть все прежние заслуги человека. По словам Микояна, узнав о фальсификации Госпланом отчетности, «Сталин был поражен. Он сказал, что этого не может быть. И тут же поручил Бюро Совмина проверить этот факт, вызвать Вознесенского. После проверки на Бюро, где все подтвердилось, доложили Сталину. Сталин был вне себя: «Значит, Вознесенский обманывает Политбюро и нас, как дураков, надувает? Как это можно допустить, чтобы член Политбюро обманывал Политбюро? Такого человека нельзя держать ни в Политбюро, ни во главе Госплана!» В это время Берия и напомнил о сказанных Вознесенским в июне 1941 года словах: «Вячеслав, иди вперед, мы за тобой». Это, конечно, подлило масла в огонь, и Сталин перестал доверять Вознесенскому. Было решено вывести Вознесенского из состава Политбюро и освободить от поста председателя Госплана СССР». Микоян умолчал о том, какова была его роль в этом решений. Скорее всего такое решение было принято подавляющим большинством голосов членов Политбюро, видевших в Вознесенском опасного конкурента.

Хрущев вспоминал: «Помню дни, когда Вознесенский, освобожденный от прежних обязанностей, еще бывал на обедах у Сталина… Хотя Сталин освободил его от прежних постов, однако еще колебался, видимо, веря в честность Вознесенского. Помню, как не один раз он обращался к Маленкову и Берии: «Так что же, ничего не дали Вознесенскому? И он ничего не делает? Надо дать ему работу, чего вы медлите?» «Да вот думаем», – отвечали они. Прошло какое-то время, и Сталин вновь говорит: «А почему ему не дают дела? Может быть, поручить ему Госбанк? Он финансист и экономист, понимает это, пусть возглавит Госбанк». Никто не возразил, а предложений не поступало». Возлагая вину исключительно на Маленкова и Берию, Хрущев ни слова не сказал о том, почему никто, в том числе и он сам, не вступился за Вознесенского и не пытался найти ему подходящую работу. Это не случайно. Судоплатов не без оснований писал: «Мотивы, заставившие Маленкова, Берию и Хрущева уничтожить ленинградскую группировку, были ясны: усилить свою власть. Они боялись, что молодая ленинградская команда придет на смену Сталину».

Микоян писал: «Шло время. Вознесенский не имел никакого назначения. Сталин хотел сперва направить его в Среднюю Азию во главе Бюро ЦК партии, но пока думали, готовили проект, у Сталина, видимо, углубилось недоверие к Вознесенскому. Через несколько недель Сталин сказал, что организовать Бюро ЦК нельзя, потому что если Вознесенский будет во главе Бюро, то и там будет обманывать. Поэтому предложил послать его в Томский университет ректором. В таком духе шли разговоры. Прошло месяца два. Вознесенский звонил Сталину, Сталин его не принимал. Звонил нам, но мы тоже ничего определенного сказать не могли, кроме того, что намечалось. Потом Сталин принял решение – вывести Вознесенского и из состава ЦК». Разумеется, и это решение было принято не единолично Сталиным, а всем руководством страны.

К этому времени произошло падение и другого кандидата на роль преемника Сталина – А. А. Кузнецова. И в этом случае решающую роль сыграло свидетельство обмана. Были установлены факты фальсификации результатов выборов на ленинградской партконференции, к которой оказались причастны некоторые руководители горкома и обкома. К этому добавилось сообщение о том, что в ходе проведения в Ленинграде Всероссийской ярмарки в январе 1949 года было загублено немало продовольствия, что было скрыто от правительства. Эти сообщения настроили Сталина не только против Кузнецова, но и других руководителей Ленинграда и Ленинградской области. По словам Микояна, Маленков и Берия «как-то сумели убедить Сталина отправить Кузнецова на Дальний Восток, для чего придумали идею создать Дальневосточное бюро ЦК… Как и Среднеазиатское бюро ЦК для Вознесенского, это было придумано специально как некая ступенька на случай, если Сталин не согласится на более суровые меры».

Раз поверив в склонность Вознесенского, Кузнецова и других к обману, Сталин утратил к ним доверие и был готов поверить и другим обвинениям, свидетельствовавшим об их лжи и коварстве. К тому же не только Берия и Маленков, но и другие члены Политбюро собирали компромат на своих соперников из «ленинградской группы». Сведения, которые в конечном счете легли в основу так называемого «ленинградского дела», включали обвинения в том, что Кузнецов и Вознесенский противопоставляли Ленинград Москве, РСФСР – остальному Союзу, а потому планировали объявить город на Неве столицей Российской Федерации и создать отдельную компартию РСФСР (до 1990 года отдельной организации коммунистической партии в России, подобно тем, что существовали в других союзных республиках, не было). Вскоре против Кузнецова, Вознесенского и других были выдвинуты обвинения в попытке антиправительственного заговора и измене Родине. Хотя Хрущев изображал дело так, что он не имел никакого отношения к поддержке этих обвинений, в своих мемуарах он признался: «Допускаю, что в следственных материалах по нему может иметься среди других и моя подпись». Вероятно, помимо Хрущева арестовать этих людей требовали и другие члены Политбюро.

Весной 1949 года Вознесенский, Кузнецов, Родионов, а также секретарь Ленинградского горкома партии Попков были арестованы. Вскоре в Ленинграде было арестовано около 200 человек (а не 2000, как утверждает Э. Радзинский). В конце сентября 1950 года ведущие фигуранты по «ленинградскому делу» были преданы закрытому суду, который состоялся в Ленинграде в присутствии 600 человек из партийного актива города. Обвиняемые были присуждены к высшей мере наказания и расстреляны. Из тех, кого причисляли к «ленинградской группе», уцелел лишь Косыгин, но его положение пошатнулось, и после XIX съезда он был введен в состав вновь созданного Президиума ЦК КПСС лишь в качестве кандидата. («Ленинградское дело» ударило и по Микояну, сын которого женился на дочери Кузнецова накануне ареста последнего.)

Разгром «ленинградской группы» способствовал укреплению позиций ряда лиц, оставшихся в Политбюро. Как справедливо отмечал Судоплатов, «в последние годы правления Сталина в небольшой круг руководителей входили Маленков, Булганин, Хрущев и Берия». Сталин имел основания быть довольным ими, так как большинство из них (вероятно, за исключением Булганина) отличалось исключительной трудоспособностью и настойчивостью в проведении решений, принятых на Политбюро. Однако Сталин вряд ли мог доверить им с легким сердцем руководство страной, поскольку до «ленинградского дела» он не видел ни в одном из них своего возможного преемника. И хотя, вероятно, он не сомневался в виновности членов «ленинградской группы» в обмане, а возможно и в тайном заговоре, Сталин вряд ли не разглядел корыстные мотивы «обличителей» Вознесенского и других. В то же время он прекрасно понимал, что в условиях «холодной войны» малейший намек на раскол в руководстве страны будет использован врагами СССР и может даже спровоцировать войну. Поэтому в стране не было объявлено о «ленинградском деле», аресте Вознесенского, Кузнецова и нескольких десятков других лиц. Просто во время очередного праздника портреты Вознесенского перестали вывешивать вместе с другими портретами членов Политбюро.