Первой внешней реакцией Хрущева на пересказ Сергеем информации Галюкова было недоверие к ней: «Нет, это невероятно… Брежнев, Подгорный, Шелепин – совершенно разные люди. Не может этого быть… Игнатов – возможно. Он очень недоволен, и вообще он нехороший человек. Но что у него может быть общего с другими?» На самом деле Хрущев тут же решил проверить информацию, полученную его сыном. 29 сентября в первый же рабочий день после возвращения с ракетодрома Хрущев побеседовал с Подгорным в присутствии Микояна. Н.С. Хрущев говорил сыну: «Я в двух словах пересказал им твой рассказ. Подгорный просто высмеял меня. "Как вы только могли такое подумать, Никита Сергеевич?" – вот его буквальные слова». Услыхав это, Сергей Хрущев подумал прежде всего о себе: «У меня сердце просто упало. Этого мне только не хватало: завести себе врага на уровне члена Президиума ЦК! Ведь если все это ерунда, то Подгорный, да и другие, кому он не преминет обо всем рассказать, никогда мне не простят. Все, что я рассказал, можно квалифицировать как провокацию против них».

Скорее всего, Хрущев не слепо доверился Подгорному, а решил просто увидеть его реакцию на обвинение в заговоре. Хрущев не рассказал сыну о том, что он поставил вопрос о заговоре в лоб перед всеми членами Президиума ЦК. Ссылаясь на слова Игнатова, историк С.Н. Семанов писал, что перед своим отъездом на отдых в Пицунду, Хрущев сказал на заседании Президиума ЦК: «Что-то вы, друзья, против меня затеваете. Смотрите, в случае чего разбросаю, как щенят». По словам Игнатова, многих из присутствовавших это повергло в полушоковое состояние. Придя в себя, «друзья» чуть ли не хором стали клясться, что ни у кого из них и в помыслах не было и быть не могло. Тем не менее Хрущев, обращаясь к Микояну, проговорил: «Давай-ка, Анастас Иванович, займись этим делом, постарайся выяснить, что это за мышиная возня». Не исключено, что таким образом Хрущев хотел спровоцировать заговорщиков на некие действия, которые бы безошибочно свидетельствовали об их заговоре.

1 октября Хрущев улетел в Крым, оттуда съездил в Краснодарский край, а затем прибыл на отдых в Пицунду. Перед отъездом он сказал, чтобы в его отсутствие Сергей организовал встречу Галюкова с Микояном. Из этого следовало, что Хрущев отнюдь не доверился словам Подгорного и заверениям других членов Президиума ЦК. Тем временем происходило то, чего больше всего опасался Семичастный: Хрущева стремились предупредить о наличии заговора те местные руководители, которых он хорошо знал и которым он мог бы поверить. КГБ надо было постоянно следить, чтобы такие люди не вступили в контакт с Хрущевым. Позже секретарь ЦК Компартии Украины О.И. Иващенко рассказала С.Н. Хрущеву, что в начале октября пыталась дозвониться до его отца по «ВЧ», но соединиться с ним ей не удалось. Вместо информации, которую Хрущев мог получить от Иващенко и других людей, которым он мог всецело доверять, он располагал лишь туманными сведениями от Галюкова.

К тому же Микоян почему-то не спешил побеседовать с Галюковым. Прошло несколько дней после отъезда Н.С. Хрущева на юг, прежде чем Микоян попросил Сергея Хрущева привезти к нему Галюкова в его особняк на Ленинских горах. Микоян попросил Сергея Хрущева записывать содержание разговора. Изложив все, что он уже рассказывал Сергею Хрущеву, Галюков стал отвечать на вопросы Микояна. Они касались исключительно Игнатова и его отношения к Хрущеву. Из ответов Галюкова следовало, что Игнатов был недоволен возвышением Кириченко, а затем Козлова, Брежнева и других. Однако в последний год его отношение к Брежневу, Подгорному, Шелепину, Семичастному изменилось.

Когда Галюков кончил говорить, Микоян поблагодарил его: «Все, что вы сказали, очень важно. Вы проявили себя настоящим коммунистом. Я надеюсь, вы учитываете, что делаете это сообщение мне официально и тем самым берете на себя большую ответственность… Я не сомневаюсь, что мы знаем и Николая Викторовича Подгорного, и Леонида Ильича Брежнева, и Александра Николаевича Шелепина, и других товарищей как честных коммунистов, много лет беззаветно отдающих все свои силы на благо нашего народа, на благо Коммунистической партии, и продолжаем к ним относиться как к своим соратникам по общей борьбе!» Сергей Хрущев вспоминал, что Микоян попросил его записать эти слова.

В своих мемуарах Микоян так характеризовал свое отношение к рассказу Галюкова: «Я, выслушав его, понимал, что человек этот честный и говорит то, что думает. Но было и впечатление, что он может все сильно преувеличивать. Большинство фактов – мелкие, недостаточно убедительные. Слова Игнатова о тех или иных людях были неопределенные – "хороший человек", "нехороший человек". Ругань в адрес Хрущева понятна, имея в виду амбициозность Игнатова и тот факт, что Хрущев не ввел его в Президиум ЦК, а надежды на приближение к власти у того всегда были. С другой стороны, от Игнатова можно было всего ожидать.

Но все остальные? Хрущев еще в Москве, до отъезда в Пицунду, сказал мне, что не верит в «заговор» Шелепина и Семичастного; не верит, что Воронов мог объединиться с Брежневым – они друг друга ненавидели; Суслова он вообще идеализировал. Похоже, он принимал подхалимаж всерьез и не верил, что люди, поставленные им так высоко, способны против него пойти. Я их хуже знал. Он же лет двадцать со многими из них работал до того, как поднять их в руководство партией. Если он им больше верит, чем этому чекисту, почему я должен меньше верить? Поговорив с чекистом, я все же не имел твердого мнения, прав ли он или заблуждается. Решил в Пицунде оставить это на усмотрение Хрущева. Все равно мне делать было нечего по этому вопросу, он мне только поручил выслушать, никаких особых полномочий, естественно, не дал».

Справедливо обратив внимание на недостаточность фактов в словах Галюкова, Микоян в то же время явно лукавил, заявляя, что он хуже знал указанных людей, чем Хрущев. Кроме того, получалось, что, если бы Хрущев дал ему «особые полномочия», Микоян всерьез занялся бы расследованием заговора. Возможно, что Микоян по-иному отнесся бы к информации, если бы Хрущев вернул его к более активной работе, чем та, которой теперь занимался Микоян на посту председателя Президиума Верховного Совета СССР. У Сергея Хрущева, и не только у него, впоследствии создалось впечатление, что Микоян подозревал о наличии заговора, но по собственным соображениям решил успокоить Хрущева. Этого нельзя исключить. Ведь на каком-то этапе заговорщики, зная о некоторых конфликтах между Хрущевым и Микояном, могли обратиться к последнему и начать осторожно прощупывать почву. Будучи опытным политическим деятелем, Микоян мог сразу же догадаться, что стоит за таким зондажем. Но даже если такого зондажа не было, Микоян мог понять из разговора с Галюковым, что в верхах партии созрел заговор. Ведь, как следовало из приведенного выше разбора Микояном встреч Игнатова с Серовым, для него, кремлевского руководителя, было азбучной истиной: если партийные руководители, которые не имеют общих деловых интересов, начинают часто общаться друг с другом, за этим стоит заговор. Микоян, вероятно, решил себя вести так же, как он вел в июне 1953 года и в июне 1957 года: поддержать в последний момент сильную сторону, но при этом сохранив видимость независимой позиции. Весь политический опыт подсказывал Микояну: Хрущев окончательно запутался как политик и изжил себя как государственный деятель.