Переговоры, которые в Гаване с Кастро и в Нью-Йорке с У Таном и американскими дипломатами вели А.И. Микоян и В.В. Кузнецов, шли с трудом. Микоян писал: «Мне пришлось три недели потом уговаривать Фиделя не саботировать соглашение Хрущев – Кеннеди. А он вполне в силах был это сделать, и тогда нам было бы еще труднее вылезать из этой истории». Исход переговоров был неясен, и Микоян даже не вернулся из Гаваны в Москву, чтобы присутствовать на похоронах своей супруги. Хрущев злился на неуступчивость Кастро. На заседании Президиума ЦК 16 ноября он говорил: «О позиции Кастро. Неразумная, крикливая. Нам наука. Подошли к развязке, или будем сотрудничать, или уводим своих людей». Таким образом, Хрущев был готов пойти на разрыв с Кубой, хотя на словах он ради нее затеял мировой кризис. Наконец, 20 ноября 1962 года переговоры завершились. Кеннеди объявил о снятии «карантина». Советское правительство объявило об отмене повышенной боевой готовности советских вооруженных сил. Кризис закончился.

Хрущев изображал его исход как победу дела мира, но при этом умалчивал, что он в значительной степени причастен к тому, что несколько дней вероятность глобальной термоядерной войны была весьма реальной. Хрущев подчеркивал, что благодаря достигнутому компромиссу, угроза нападения на Кубу была устранена. Действительно, несмотря на то, что в последующем американцы не раз ставили под сомнение свои обязательства не нападать на Кубу, так как они не были зафиксированы в каком-либо письменном соглашении, в последующие годы Куба не стала объектом вторжения со стороны США. Однако цена, которую заплатили СССР и Куба за Карибский кризис, была немалой. В Латинской Америке многие стали воспринимать Кубу не как символ борьбы за свободу от господства американцев, а страну, зависимую от СССР. В разгар кризиса ОАГ (Организация американских государств) полностью поддержала действия США.

Для многих в мире было очевидно политическое поражение СССР. Не только советские ракеты, но и самолеты, и торпедные катера были выведены из Кубы. Правда, требование Хрущева о выводе ракет из Турции было в последующем удовлетворено. Однако американское руководство знало, что попытки Хрущева добиться решения берлинского и германского вопросов на его условиях под давлением ракет, размещенных на Кубе, провалились. Ко всему прочему неуклюжие действия Хрущева в разгар кризиса привели к ухудшению отношений СССР со своим новым союзником – Кубой.

Шумная пропаганда «победы разума», развернутая в советских средствах массовой информации, скрывала острую критику, которой подверглись действия советского правительства в Китае. В китайской печати достигнутый компромисс был назван «новым Мюнхеном». Китайцы отвергали утверждение Хрущева о том, что своими действиями СССР спас мир от ядерной катастрофы. Напротив, утверждала «Женьминьжибао», действия СССР сделали мир более ненадежным. Если коммунисты начинают кланяться капиталистам, просить у них мира за счет революционных народов, заявлял автор передовой статьи, то это лишь будет поощрять воинственность и агрессивность империалистов и это сделает ядерную войну более вероятной. Они называли действия Хрущева авантюристическими.

Однако действия Хрущева были подвергнуты критике не только в Китае и Албании. Недовольство Хрущевым нарастало и внутри советского руководства. Вывод советских ракет с Кубы, и то, как это было осуществлено, делало его уязвимым для критики и со стороны его коллег-соперников в Президиуме ЦК. Тем более что далеко не все из них были довольны очередной организационной реформой Хрущева, которая была им подготовлена к пленуму ЦК КПСС. Еще в сентябре 1962 года Хрущев подготовил записку с предложением о разъединении местных органов партии на две части – промышленные и сельскохозяйственные. По словам Сергея Хрущева, его отец считал, что «народное хозяйство необыкновенно усложнилось, секретарь обкома или райкома, его аппарат не могут одновременно быть специалистами и в промышленности, и в сельском хозяйстве. А значит, нужно создать два параллельных аппарата». Таким образом, Хрущев исходил из того, что роль партийного аппарата в управлении хозяйством будет усиливаться.

Сергей Хрущев вспоминал, что сначала Хрущев изложил свои идеи Брежневу, Подгорному и Полянскому во время отдыха в Крыму. «Шел неспешный разговор о делах государственных. Потом пошли купаться. Отец, кстати, плавал плохо и пользовался надувным спасательным кругом из красной резины, напоминавшим велосипедную камеру. Разговор о разделении обкомов начался еще в воде, и, выйдя на берег, отец продолжил свою мысль. Наконец, он замолчал. Все тут же в один голос бурно, с энтузиазмом его поддержали. "Прекрасная идея, надо ее немедленно реализовать", – запомнилось мне тогда. Особенно был воодушевлен Николай Викторович Подгорный». Однако, судя потому, что эти же люди отменили это нововведение сразу же после отставки Хрущева, вряд ли они были искренны. Для недовольства новой реформой были серьезные основания. Позже Микоян уверял, что после разделения партийных органов на местах на сельские и городские "вообще неразбериха началась – кто за что отвечает и где"».

По мнению советологов У. Хайленда и Р. Шрайока, недовольством очередной реформой Хрущева и его поражением в ходе Карибского кризиса решили воспользоваться Козлов и его сторонники. Ноябрьский (1962 г.) пленум ЦК КПСС, созванный для обсуждения новой структуры партийных органов, мог превратиться в суд над Хрущевым. Видимо, не будучи уверенным в том, что его предложение о разделении партийных органов на промышленные и сельскохозяйственные получит после провала на Кубе поддержку, и даже в том, что он вернется с этого пленума Первым секретарем, Хрущев сделал неординарный ход.

Присутствовавший на пленуме мой отец рассказал мне подробно содержание доклада Хрущева, который не был полностью опубликован. В своем докладе Хрущев неожиданно стал рассказывать о том, что главный редактор «Нового мира» А.Т. Твардовский обратился к нему с просьбой помочь в публикации рассказа нового автора. Оказалось, что рассказ школьного преподавателя математики А.И. Солженицына «Один день Ивана Денисовича» был забракован идеологической цензурой. Как утверждал Хрущев, он был слишком занят, чтобы читать рассказ и поэтому попросил прочесть его своих коллег по Президиуму. Хрущев не уточнял, кому он дал читать этот рассказ, но из его слов можно было понять, что таких читателей было несколько. Как утверждал Хрущев, все прочитавшие рассказ в один голос стали убеждать его, что публиковать произведение Солженицына не стоит. Тогда, по словам Хрущева, он решил сам ознакомиться с содержанием рассказа и, прочтя его, пришел к выводу, что его обязательно надо издавать. Рассказ вышел на страницах ноябрьского номера «Новый мир». (А вскоре Хрущев сказал, что рассказ заслуживает Ленинской премии.)