В связи с планами немецкого командования по использованию людских резервов Эстонии, распоряжением директора внутренних дел эстонского самоуправления Ангелуса от 20 октября 1943 года все мужское население Эстонии от 19 до 46 лет проходило медицинский осмотр в комиссиях «Омакайтсе». Пригодные к несению службы зачислялись в организацию и проходили курс военной подготовки без отрыва от работы. По данным разведотдела Эстонского штаба партизанского движения, общая численность членов «Омакайтсе» составляла от 90 до 95 тысяч человек, включая женщин (не более 20 тысяч).

В ноябре 1941 года из членов «Омакайтсе» в Таллине был сформирован 1-й эстонский вахт-батальон. 28 ноября он был переименован в 29-й шумафронтбатальон. Он включал в себя три стрелковых и штабную роты. Личный состав батальона был представлен либо совсем юными членами организации либо очень пожилыми. Вооружение подразделения было собрано по принципу «с бору. по сосенке» и представляло собой пеструю смесь русского, французского и чешского стрелкового оружия. Формирование именно этого подразделения положило начало формированию национальных частей в Таллине (Ревеле).

Личный состав вооруженных отрядов «Омакайтсе» был облачен в униформу эстонской армии и носил белую нарукавную повязку с надписью «На службе немецкой армии».

В январе 1944 года из членов «Омакайтсе» было начато формирование полка (Зельбстшутц регимент) «Ревель». В его состав вошли 4 батальона «Омакайтсе» из уроженцев областей Вильянди и Пярну. Последний (3-й) батальон полка был сформирован лишь к сентябрю 1944 года. Полк не имел на вооружении артиллерии и тяжелого оружия, но, несмотря на это, был переброшен на фронт, где понес большие потери.

В июне того же года в Таллине был сформирован полк «Таллин». Позднее он был передан в подчинение 285-й охранной дивизии, затем переброшен на линию фронта в район немецкой армейской группировки «Нарва».

В сентябре 1944 года были созданы зельбстшутц-полки «Феллин», «Пернау», «Киви». Все они принимали участие в боевых действиях на Восточном фронте и были расформированы лишь 16 января 1945 года.

В феврале 1944 года началось формирование эстонских пограничных полков («Греншутц регимент») путем объединения некоторых эстонских батальонов. Было создано 6 полков, которые активно использовались на Восточном фронте. Каждый из полков включал в себя три стрелковых батальона, артиллерийскую батарею и насчитывал до 3 тысяч человек. 1-й пограничный полк формировался из уроженцев Таллина, Раквере, Риизепере и Вазалемаа (всего 2800 человек).

Первоначально полк был дислоцирован в Печорах (Петсери). Впоследствии он был придан 207-й охранной дивизии и участвовал в боях за прибрежную зону озера Пейпус, где впоследствии нес охрану береговой линии. В мае 1944 года полк был придан 28-му Армейскому корпусу и вел боевые действия против советских частей в районе Вору. Плескау.

В июне того же года полк вошел в подчинение штабу специального назначения ЦБФ-300 и занял оборонительную линию на позициях у реки Обтоки. В августе полк ценой больших потерь сумел остановить наступление советских войск.

После отвода с линии фронта был расформирован.

2– й пограничный полк также был придан 207-й охранной дивизии и задействован на охране прибрежной зоны озера Пейпус. В марте полк был переброшен на линию фронта и придан 58-й немецкой пехотной дивизии. Здесь в августе полк отразил многократные атаки советских частей, после чего был переброшен на северный участок побережья оз.

Пейпус и позднее придан боевой группе 227-й немецкой пехотной дивизии, заняв позиции у р. Нарвы. Здесь полк был подчинен штабу ЦБФ-300. Осенью полк был фактически уничтожен в районе р. Эмайоги. Части личного состава полка удалось прорваться и выйти в расположение немецких войск, другая часть солдат и офицеров полка остались в лесах до окончания военных действий.

Аналогичная судьба была у 3-го, 4-го, 5-го и 6-го пограничных полков. Эстонский штаб специального назначения ЦБФ-300 16-й немецкой армии руководил боевыми действиями эстонских частей в Курляндском котле вплоть до капитуляции в апреле 1945 года.

С первых дней оккупации Эстонии началось формирование полка охраны побережья или «Раннакайтсе» под патронажем немецкого ВМФ. Командиром формирования был полковник Саарсен, офицер эстонской армии и сотрудник Абвера. Два батальона возглавляли эстонские офицеры майоры Мулларт и Коргмаа. Весной 1942 года перед руководством полка возникла дилемма: влиться в состав СС или быть расформированными. В результате полковник Саарсен распустил личный состав.

В апреле 1944 года началось формирование вспомогательных военно-инженерных, саперных и строительных эстонских подразделений. 10 тысяч уроженцев Эстонии 1904. 1918 гг. рождения были сведены в эстонские инженерные батальоны, служившие резервом для охранных полков. 1-й, 2-й, 3-й, 4-й, 5-й строительно-саперные батальоны были созданы для нужд группы армий «Север». Под контролем Вермахта был сформирован 42-й саперный батальон. В декабре 1944 года большинство эстонских вспомогательных батальонов было расформировано, а 5-й батальон включен в состав Штеттинского гарнизона.