Допросы арестованных вели русские следователи Гестапо из группы «Комет», созданной специально для борьбы с русской эмиграцией. Немалую помощь в разгроме НТС оказали Гестапо и сотрудники К.А. Фосса. бывшего руководителя «Внутренней линии» РОВСа и сотрудника Абвера.

В вину НТС были поставлены антинемецкая деятельность, руководство нелегальной организацией, связь с партизанами. Аресты продолжались до сентября 1944 года, пока за членов Союза перед Гиммлером не заступился генерал Власов.

Всего в немецких застенках погибло 60 членов НТС. Многие из них были освобождены из тюрем и лагерей Красной Армией. только для того, чтобы поменять места своего пребывания на колымские лагеря.

Сотрудничество членов Союза с Власовым и его штабом шло по нарастающей. Члены Союза преподавали дисциплины в ряде учебных заведений РОА, сотрудничали в редакциях русских газет вплоть до конца войны.

После окончания военных действий НТС делает разворот в своей политике по отношению к власовцам на 180 градусов. По конъюнктурным соображениям Союз отмежевался от власовцев, боясь навлечь на себя обвинения в коллаборации со стороны новых могущественных союзников. Руководитель НТС Байдалаков издал для членов Союза циркуляр, в котором заявлял, что Комитет по Освобождению Народов России был составлен немцами из людей продажных и аморальных, шкурников и трусов. Такая позиция руководства НТС вызвала раскол в среде послевоенных власовских политических организаций. С их стороны в адрес НТС начались упреки в политическом авантюризме и попытке захвата структур КОНР и РОА, неспособности налаживания ими (объявившими себя МИДом КОНР) связей с руководителями западных держав весной 1945 года. В вину солидаристам власовцы также поставили распоряжение Байдалакова по регистрации и обеспечению явки всех военнослужащих РОА в оккупационные союзнические структуры.

Несмотря на занятую руководством НТС позицию по отношению к недавним союзникам, часть солидаристов помогла некоторым власовцам найти убежище на Западе, получить проездные документы и визы.

В послевоенной союзной литературе редко упоминается о роли членов НТС в работе немецких специальных органов.

Между тем сотрудничество с немецкими спецслужбами привело к парадоксальному результату. «Зондерштаб Россия» фактически слился со структурой НТС на оккупированной территории.

По пути сотрудничества с Абвером пошел председатель Польского отдела НТС А.Э. Вюрглер. При организации «Зондерштаба» Смысловский предложил ему пост начальника 3-го отдела (отдел пропаганды). Смысловский при этом получал контроль над разветвленной агентурой НТС на оккупированной территории, Вюрглер. возможность беспрепятственного перемещения своих людей по оккупированной территории под прикрытием документов «Зондерштаба-Р» и ведения собственной агентурной работы. Еще в конце 30-х годов Вюрг263 лер возглавлял в Варшаве специальную школу по подготовке агентов для работы на советской территории. Средства на нее выделялись японской военной разведкой. Позднее по решению председателя Союза в «Зондерштаб» на работу были рекомендованы старые, проверенные кадры НТС. И.И. Виноградов, К.А. Евреинов, Б.Б. Мартино и другие. При этом сам руководитель «Зондерштаба» в подробности работы НТС на оккупированной территории не посвящался, зато японская разведка была в курсе работы НТС.

Анализ архивных документов МГБ СССР дает представление о проникновении членов НТС в Абвер. Так, в структуре «Зондерштаба» служили следующие члены союза:

Брандт В.В… член Совета НТС в Польском отделе и бывший главный редактор варшавской русской газеты «Меч»;

Врангель Б.Г… помощник резидента в г. Острове;

Евреинов К.А… начальник разведкурсов, с ноября 1943 года резидент в г. Молодечно;

Кашников В.Н… резидент в г. Лепеле, затем в г. Лиде;

Мамуков Е.Е… резидент в Днепропетровске, затем в Первомайске;

Ольгский М.Л… резидент в г. Борисове;

Тенсон А.А… резидент в г. Порхове, с ноября 1943 года в г.

Гдове;

Юнг (он же Востоков, или Афанасьев) Игорь Леонидович. помощник резидента в Слуцке, затем в Минске, участник формирования Русской Национальной Народной Армии (РННА) в Осинторфе, позднее. сотрудник «Предприятия «Цеппелин» и начальник его разведывательно-диверсионной школы;

Полчанинов Р.В… курьер резидентской области «Д» в г. Выру, затем в Минске;

Ширинкина А… сотрудник органа в Могилеве;

Попов Г.И. сотрудник органа в Порхове;

Арский (он же Отрожко). возглавлял Могилевскую резидентуру;

Родзевич (или Радзевич Алексей, он же Николай или Константин, Александр Николаевич или Дмитриевич). сотрудник 1-го отдела органа (разведработа против партизанских отрядов).

К 1943 году Смысловский обладал информацией о тайной работе НТС и установил негласное наблюдение за его сотрудниками. На состоявшейся в Варшаве встрече сотрудников немецких спецслужб, «Зондерштаба» и НТС, сотрудники Смысловского огласили результаты наблюдения за Вюрглером, из которых следовало, что НТС поддерживает связь с польским подпольем. При этом Байдалакова обвинили в связях с английской разведкой и предложили покинуть Варшаву. Вюрглер был отстранен от должности начальника отдела. Впоследствии ему была передана просьба участников встречи. немедленно покинуть пределы генерал-губернаторства. 23 декабря 1943 года около 10 часов утра Вюрглер был убит по дороге на службу двумя выстрелами в затылок. Убийцы так и остались неизвестны.

После войны НТС обвинил в убийстве Б.А. Хольмстона-Смысловского, что послужило поводом к началу полемики между ними на страницах эмигрантской прессы.

На территории оккупированных районов Брянщины и Орловской области, позднее в Белоруссии под патронажем «Предприятия «Цеппелин» действовал контрразведывательный орган «Штаб Ингвар» (или «Операция «Ингвар»). Возглавлял его вышеупомянутый И. Юнг.

Под контролем Абвера в г. Запорожье членами Союза была предпринята попытка создания «Всероссийской Партии Национального Возрождения» (ВПНВ). Вербовку в партию вел некто Обухов. С сентября 1944 года в связи с отсутствием у новой партии массовой поддержки среди местного населения Обухова заменили члены Союза Данилов, Алексеев и Смирнов. Немногие члены партии вербовались в диверсионную школу при Абверкоманде-202 и забрасывались в советский тыл. В августе 1944 года школа передислоцировалась в г. Радом, где по указанию руководства абверкоманды из нее были отчислены 30 членов НТС. Все они вместе с Даниловым выехали в г. Меттихофен (Бавария). Дальнейшая судьба этой группы неизвестна.

Помимо «эмигрантского» Национально-Трудового Союза существовал ряд антисоветских политических организаций в лагерях военнопленных и на оккупированной территории.

В сентябре 1941 года в офицерском лагере военнопленных в Хаммельбурге была создана Русская Трудовая Народная Партия (РТНП). Во главе нового политического образования встал бывший военный прокурор 100-й стрелковой дивизии РККА С.А. Мальцев. С немецкой стороны партию курировали офицер контрразведки капитан фон Зиверс и зондерфюрер Кох.