Соболь. Ценнейший пушной зверек, является многочисленным для данной территории видом. Следы его можно встретить почти во всех лесных угодьях и в кустарниковых тундрах до высоты 24002500 м. Больше соболя в северной таежной части. В конце 1930-х годов этих зверьков на Алтае истребили почти полностью. Лишь в двух-трех самых отдаленных и труднодоступных уголках, в том числе в верховьях р. Кыги, сохранилось несколько небольших очагов их обитания, в каждом из которых уцелело всего по несколько зверьков. Создание заповедника, запрет охоты на соболя по всему Алтаю и выпуск в регионе нескольких сотен животных, завезенных из других районов страны, позволили быстро восстановить численность вида. Сейчас соболь расселяется по соседним угодьям, где он стал уже также достаточно многочислен. В 1940-41 гг. была проведена работа по акклиматизации баргу-зинского соболя, что дало положительные результаты.

Американская норка. Представитель семейства куньих, новосел Алтая, обычен на данной территории.

Американскую норку выпустили в некоторые урочища в 1930-е годы. Норка успешно акклиматизировалась, обжила все пригодные для нее места обитания, в том числе и на заповедной территории. Сейчас следы ее можно увидеть около большинства горных таежных речек, по берегам Телецко-го озера. В годы обилия мелких млекопитающих этот зверек часто встречается и в тайге вдали от водоемов, где также находит себе достаточно пищи и убежищ. В 1937 г. американская норка была выпущена в среднем течении р. Сара-Кокши (левый приток Бии), хорошо акклиматизировалась и стала объектом охоты.

Рысь. Представитель семейства кошачьих. Встречается достаточно регулярно. Основная ее добыча – зайцы. Охотится она также на кабаргу, косулю, иногда за горными козлами в высокогорье. При глубоком снеге может убить молодого марала или лося. Летом часто кормится мелкими грызунами.

Ирбис – снежный барс. Крайне редок в бассейне Телецкого озера. Этот зверь занесен в Красную книгу России, Республики Алтай, мира. Обитает преимущественно высоко в горах, выше границы леса. Главная его добыча – сибирские горные козлы. Заходы барса отмечались до южной оконечности Телецкого озера.

Марал – подвид благородного оленя. Эти копытные звери богато представлены в прителецком регионе. Самый обычный и один из наиболее многочисленных видов. Его численность в заповеднике около 2000 животных. В начале 1930-х годов при основании заповедника маралов было гораздо меньше. Общая численность этого вида тогда оценивалась всего в несколько сотен животных. Марал является носителем пантов – ценнейшего лекарственного сырья, используемого в медицине для приготовления тонизирующих препаратов. Пантами называют молодые рога марала. Первые шесть лет в рогах содержится пантокрин. С древних времен панты были основным предметом меновой торговли между Алтаем и Китаем. До начала XIX в. алтайцы убивали маралов перед снятием молодых рогов. Первыми стали приручать маралов старообрядцы. Алтайцы используют мазь на основе пантокрина для быстрого лечения глубоких ран. Панты широко используются в тибетской медицине.

Лось. К началу 1930-х годов лосей также оставалось очень мало. Всего 150–200 этих животных сохранилось на правобережье Чулышмана, в верховьях р. Чульчи. Сейчас лоси встречаются почти повсеместно и в лесной части, и в кустарниковых горных тундрах.

Косуля. Сравнительно малочисленна. Держится в северной части в окрестностях пос. Яйлю и по восточному берегу Телецкого озера, а также в центральной части в районе среднего течения Чулы-шмана. Общая численность – несколько сотен животных. Меньше всего косули было в 1960-е годы. Тогда по северным берегам озера она совсем не встречалась. В настоящее время численность растет, и есть надежда, что в недалеком будущем косуля, как и марал, станет одним из обычных видов.

Лесной северный олень. В здешних местах северных оленей совсем немного (в пределах нескольких десятков животных). Обитают они по границе с Хакасией и южнее, в верховьях правых притоков Чулыш-мана.

Кабарга – безрогий олень. Самый маленький представитель семейства оленьих. Встречается повсюду в лесной части, особенно на севере и западе. Держится она преимущественно в поясе среднегорной тайги на высотах от 500 до 1500 м, ведет скрытный образ жизни. При опасности кабарга издает негромкое шипение. Вес самца кабарги составляет всего 8-10 кг при высоте в холке 50–60 см.

Кабарга в переводе с алтайского – «приподнятая спина». Это объясняется своеобразной внешностью кабарги – задние ноги у нее длиннее передних, поэтому задняя часть туловища возвышается над передней, а спина оказывается приподнятой. Голова располагается низко. У самца кабарги – довольно большие, длиной до 10 см, саблевидные клыки, выступающие на 3–5 см ниже морды. На спине кабарги – небольшие белые пятна. Охотятся на кабаргу ради особой мускусной железы, которая располагается в нижней части живота самца. Мускус пользуется огромным спросом на черном рынке, его широко используют в традиционной тибетской медицине.

Сибирский горный козел, местное название – бун. Встречается по правобережью Чулышмана, от устья р. Кайры до южной оконечности Шапшальского хребта. Общая численность около 1000 животных.

Алтайский горный баран – аргали. Исчезающий вид, занесен в Красную книгу России и мира. В настоящий момент существует большое количество программ по сохранению аргали, в том числе и WWF. Основными местами обитания аргали являются горные степи – открытые пространства на склонах гор. Масса самца этого крупного животного может достигать 200 и более кг. Рога аргали, закрученные в спираль, могут быть длиной больше одного метра и весить до 30 кг, то есть 8-10 % от массы тела самого животного. Охота на аргали запрещена с 1934 г.