В 5 часов 30 минут вершина горы Высокой перешла в руки японцев. Но дальше продвинуться штурмующим не удалось — резервный отряд русских, впереди которых шли матросы-десантники с крейсера «Баян», остановил их. Кондратенко с наступлением темноты бросил в контратаку все, что мог собрать — две роты стрелков и две роты моряков, но было уже поздно. Японские пулеметчики в большом числе заняли вершину Высокой и встретили контратакующих настоящим ливнем огня. Больше резервов Кондратенко не имел. К утру следующего дня защитники Порт-Артура оставили ближние подступы к горам Высокой и Плоской.

Бой за гору Высокую стал кульминацией четвертого штурма Порт-Артура. В бою за овладение Высокой и Плоской японская осадная армия потеряла до 12 тысяч солдат и офицеров. Велики оказались и потери русских: из строя выбыли 4500 человек, в том числе 1404 моряка-десантника. Из-за боевых потерь многие роты, отряды и команды, отведенные в тыл, были расформированы. В одном только 5-м Восточно-Сибирском стрелковом полку из 23 офицеров выбыли в ходе отражения штурма 14, из 26 зауряд-прапорщиков — 17, из 1805 нижних чинов — 1251 человек. То есть численность полка стала меньше одного стрелкового батальона.

С горы Высокой японцы незамедлительно начали корректировку огня осадных батарей по кораблям русской эскадры в порт-артурской гавани. Первым погиб эскадренный броненосец «Полтава» — в ее левый борт попал 11-дюймовый снаряд, который разорвался в погребе, где хранились снаряды для 47-миллиметровых пушек. Взрывом были пробиты дно корабля и переборки погреба. Начался пожар, от которого загорелся другой погреб с 12-дюймовыми снарядами. Новый сильный взрыв разрушил водонепроницаемые переборки, и броненосец медленно опустился на дно гавани почти до самой верхней палубы.

Корректировщики на горе Высокой хорошо знали свое дело. Восемь снарядов попало в эскадренный броненосец «Ретвизан», но он остался на плаву. На следующий день японцы выпустили более 500 11-дюймовых снарядов и потопили броненосцы «Ретвизан» и «Пересвет». Затем их участь разделили эскадренный броненосец «Победа» (он получил 23 попадания японских снарядов), крейсера «Паллада» и «Баян». Был сильно поврежден военный транспорт «Амур».

К концу дня 25 ноября из всей броненосной порт-артурской эскадры неповрежденным и непотопленным остался только эскадренный броненосец «Севастополь». Вместе с ним в строю оставались канонерская лодка «Отважный», семь миноносцев и военный пароход «Силач». В ночь на 26 ноября «Севастополь», по инициативе его командира капитана 1-го ранга Н.О. Эссена, вышел из гавани на внутренний рейд и на рассвете бросил якорь в бухте Белый Волк, где уже стояла канонерская лодка «Отважный».

На следующий день японская осадная артиллерия, в пасмурную погоду, выпустила по месту стоянки «Севастополя» во внутренней гавани около 300 крупнокалиберных снарядов. Обстрел Восточного бассейна гавани прекратился только в полдень, когда видимость заметно улучшилась. Того, узнав о выходе русского эскадренного броненосца из гавани, приказал атаковать его и уничтожить.

Атаки японского флота на броненосец «Севастополь», стоявший в бухте Белый Волк, продолжались в течение шести ночей подряд. В них участвовали большие силы: 10 отрядов эскадренных миноносцев (всего 30 кораблей), 2 минных заградителя и 3 минных катера. Настойчивые попытки потопить «Севастополь» дорого обошлись нападавшим — два японских миноносца оказались потопленными, а еще три и два минных катера получили большие повреждения и надолго вышли из строя. Заградительный огонь орудий броненосца оказался губительным для вражеских миноносцев в ходе их ночных торпедных атак.

Торпедные атаки прекратились только 2 декабря: Того решил, что русский броненосец получил такие серьезные повреждения (в него попали две торпеды и было затоплено несколько отсеков), что он должен обязательно погибнуть. В ходе минных атак на «Севастополь» японцы выпустили в общей сложности 180 торпед. Однако броненосный корабль с сильной артиллерией остался на плаву и до последнего дня обороны Порт-Артура поддерживал его защитников огнем своих орудий. Перед сдачей Порт-Артура «Севастополь» был отведен из бухты на глубокое место и затоплен своей командой.

В те дни, когда отряды японских эскадренных миноносцев безуспешно пытались торпедировать и пустить на морское дно броненосец «Севастополь», императорский Соединенный флот понес еще одну большую потерю.

Несший блокадную службу отряд крейсеров в составе «Акаси» и «Такасаго» оказался на краю выставленного русскими минного заграждения, и оба корабля подорвались. Крейсер «Такасаго» пошел на дно, при этом погибли около 300 человек его команды.

В эти дни осажденный русский гарнизон понес тяжелую утрату — погиб начальник сухопутной обороны крепости генерал-майор Р.И. Кондратенко. Это случилось во время посещения им форта № II. Японский 11-дюймовый гаубичный снаряд попал в пробитый еще накануне свод каземата. Вместе с генералом погибли 6 офицеров, в том числе комендант форта инженер-подполковник Рашевский. Гибель Кондратенко произвела крайне удручающее впечатление на порт-артурский гарнизон. Это была невосполнимая утрата, равно как и гибель вице-адмирала Макарова.

Начальник Квантунского укрепленного района Стессель назначил новым начальником сухопутной обороны генерал-майора Фока, своего единомышленника. Назначение Фока на место погибшего Кондратенко, не пользовавшегося после боев на Цзиньчжоунской позиции и Волчьих горах доверием порт-артурского гарнизона, было воспринято многими как дурное предзнаменование. Комендант крепости генерал-майор Смирнов прямо сказал об этом одному из генералов: «В скором времени вы будете свидетелем быстрой сдачи фортов генералом Фоком».