Адмирал Като, командовавший японским крейсерским отрядом, по приказу которого во Владивостоке был высажен десант, обратился к городскому населению с воззванием. В нем он извещал, что Страна восходящего солнца в его лице берет на себя охрану общественного порядка во Владивостоке и его окрестностях. Указывалась и причина такого решения: обеспечение личной безопасности многочисленных иностранных граждан, проживающих в портовом городе.

Начало высадки войск Антанты на юге Приморья послужило сигналом для наступательных действий белых войск. В апреле начал новое наступление на юге Забайкалья атаман Семенов (в его Особом маньчжурском отряде насчитывалось 600 японских военнослужащих, в том числе артиллеристов), активизировал свои действия атаман Уссурийского казачьего войска Калмыков. И тот, и другой получили от интервентов помощь оружием и боеприпасами.

Семеновские войска продвигались вдоль железной дороги, нацеливаясь на город Читу. В мае 1918 года атаман Семенов на станции Борзя объявил себя и близких к нему людей кадета С.А. Таскина и генерала И.Ф. Шильникова «Временным Забайкальским правительством». Это правительство только с весны до осени 1918 года получило от Японии военной и финансовой помощи почти на 4,5 миллиона рублей. За этот же период Франция оказала помощь атаману Семенову на сумму свыше 4 миллионов рублей. Помощь Великобритании оказалась гораздо скромнее — всего на 500 тысяч рублей.

Если державы Антанты весьма благосклонно отнеслись к перевороту в Омске и приходу к власти в Белом движении Сибири вице-адмирала А.В. Колчака (звание полного адмирала он получит несколько позже) и объявлению его Верховным правителем России, то позиция Японии оказалась иной. Токио предпочитал поддерживать на Востоке России власть белоказачьих атаманов Семенова, Калмыкова, Гамова и «отдельных мелких правительств, которые, не имея достаточной силы сами по себе и опоры в населении, должны были бы постоянно искать поддержки японцев…».

В Токио считали, что адмирал Колчак «человек Вашингтона» и что его деятельность на посту Верховного правителя России может повредить дальневосточным интересам Страны восходящего солнца. Именно Колчак по настоянию японского правительства был весной 1918 года удален из управления КВЖД (он руководил в нем военным отделом) и вплоть до октября этого года оставался не у дел. Причиной устранения бывшего командующего русским Черноморским флотом от «железнодорожных дел» стал его конфликт с атаманом Семеновым, за спиной которого стояли японцы.

Встреча адмирала Колчака с полковником-атаманом Семеновым, которого будущий Верховный правитель России вскоре произведет в генеральский чин, состоялась на нейтральной территории — в маньчжурском городе Харбине. Два военных вождя Белого движения на Востоке России разошлись в главном — в роли и месте Японии в событиях Гражданской войны на Дальнем Востоке и в Сибири. Семенов писал о Колчаке:

«…Адмирал являлся в то время ярым противником так называемой японской ориентации и считал, что только Англия и Франция готовы оказать бескорыстную и исчерпывающую помощь национальной России, восстановление которой находится в их интересах. Что касается Японии и США, то, по мнению адмирала, они стремились использовать наше затруднительное положение в своих собственных интересах, которые настойчиво диктовали возможно большее ослабление России на Дальнем Востоке. Ориентацию на Японию адмирал считал чуть ли не преступлением с моей стороны…»

Своеобразным ответом атамана Семенова адмиралу Колчаку стали совместные действия его Особого маньчжурского отряда с японскими войсками во время наступления на Забайкалье в октябре 1918 года. Тогда семеновская конница при форсировании широко разлившегося Онона, мост через который был взорван красными, взаимодействовала с японской кавалерией. Более того, совместными действиями командовал капитан Андо, офицер императорского Генерального штаба. А прибывшая в Забайкалье 7-я японская пехотная дивизия под начальством генерал-лейтенанта Фудзи подкрепила силы семеновцев в Забайкалье и помогла им овладеть Читой.

Недоброжелательное отношение правящих кругов Японии к адмиралу Колчаку продолжалось и дальше. Назначение его военным и морским министром омского правительства, состоявшееся в октябре 1918 года, вызвало в Токио отрицательную реакцию даже при всей явной благосклонности руководства Антанты к этой фигуре в российском Белом движении. Послу в Токио В.Н. Крупенскому дали понять, что Колчак пользуется репутацией японофоба.

Приход к верховной власти в Омске адмирала Колчака вызвал негативную реакцию японских правительственных кругов и высшего армейского командования. Из Токио в Читу атаману Семенову поступила доверительная секретная депеша: «Японское общественное мнение не одобряет Колчака. Вы протестуйте ему».

Семенов к тому времени вынашивал собственные планы стать «неким правителем» Забайкалья и прилегающих к нему русских земель, а также восточной части Монголии. Но без помощи сильной во всех отношениях Японии атаман в полковничьем звании сделать многого просто не мог. К тому же он не хотел иметь над собой еще какую-то власть, в том числе и далекого от Читы белого омского правительства.

Дальше Семенов действовал с полного одобрения командования японских экспедиционных сил на Дальнем Востоке и Токио. В середине Ноября из Читы за его подписью идет телеграмма: атаман сообщал омскому правительству о нежелании признавать верховную власть адмирала Колчака и предлагал на эту высшую должность в российском Белом движении свои кандидатуры — генералов Деникина, Хорвата или атамана Оренбургского казачьего войска Дутова.