Уже после того, как Татищев был предан Вышнему суду при Сенате, 18 мая 1723 года из канцелярии суда поступил в Берг-коллегию запрос, «в какой силе» была дана ему инструкция (то есть каков был круг его полномочий), сообщал ли он «о непорядочном устроении Уктусских и Алапаевских заводов, и чтоб вместо оных поведено было ему на Исети реке построить, вновь в Берг-коллегии многажды ль доносил? и к тому строению завода удобному месту чертежи сообщил ли?» и т. п. Само выдвижение подобных обвинений, видимо, строилось на надежде, что Татищев не писал или, что еще хуже, до коллегии не дошли его предложения. Но кое-чем коллегия все-таки располагала, и все показания Татищева она подтвердила.

Вышнему суду предшествовал довольно длительный период ревизионных проверок, осуществленных Геннином и другими лицами по его поручению. Геннин направился из Москвы 29 июля тем же маршрутом, что ранее проделал Татищев, то есть Москвой-рекой и далее водным путем. Он вез с собой ряд иностранных специалистов, в том числе таких профилей, по которым Татищеву людей подобрать не удалось. Существенно иным, нежели ранее у Татищева, было и материальное обеспечение его экспедиции: оно обычно зависело не столько от важности дела, сколько от должности и влиятельности возглавлявшего его лица. Татищев выехал несколько позднее и также со вновь набранными специалистами (шесть «школьников» из Артиллерийской школы) и разного рода материалами, в которых на Урале испытывался недостаток. Он вез, в частности, порох (пятьдесят пудов) и огнеупорную глину (триста пудов). Положение его оказалось двусмысленным. С точки зрения миссии Геннина он был подследственным. Но коллегия делала вид, будто ничего не случилось, и по-прежнему рассматривала его в качестве представителя Горного начальства.

Тяготясь таким положением, Татищев направил 30 июля, еще до отъезда в коллегию, доношение, в котором просил увольнения от занимаемой должности: «До окончания розыска у тех горных дел быть мне невозможно. Того ради покорно прошу, дабы от Горного начальства повелели меня отрешить, и по окончании розыска меня и подьячего Клушина, который при мне у прихода и расхода был, отпустить в Москву, дав подводы и прогоны». Коллегия согласилась с первой, частью просьбы, но отказала во второй. Указом 7 августа Татищев отстранялся от дел до окончания розыска, после чего его судьба должна была решаться коллегией.

К началу октября и Геннин и Татищев прибыли наконец в Кунгур. По-видимому, по инициативе Михаэлиса заводская администрация устроила обязательные сборы с населения на подарок проезжающему начальству — Геннину. Администрацию все это, конечно, удивить не могло: чем выше стоял по служебной лестнице тот или иной деятель, тем большими обычно были и размеры его поборов за счет казны и населения. Но Геннин искренне возмутился такой циничной попыткой его подкупить. Он потребовал возврата взысканных с населения денег и пресечения подобных действий впредь. Неудивительно, что с самого начала между ним и Михаэлисом возникла неприязнь.

Отношения между Геннином и Татищевым на первых порах были сугубо официальными, может быть, с оттенком недоброжелательства со стороны Геннина. Все-таки в целом ситуация на Урале понималась именно таким образом, что Геннин приехал защищать Демидовых от Татищева. И Геннин как будто не особенно скрывал это, с подчеркнутым дружелюбием обращаясь к Демидовым. Тем не менее, приступая к делу, он уже из Кунгура уведомил Никиту Демидова, чтобы к его приезду на Невьянский завод было приготовлено письменное доношение с подробным изложением обвинений в адрес Татищева. Демидов попытался уклониться от изложения своих обвинений на бумаге, памятуя предостережения Брюса. Прибыв на завод 1 декабря, Геннин повторил свое требование. «Я буду с ним, Татищевым, мириться, а взять мне с него нечего», — заявил на сей раз Демидов. Геннин вынужден был напомнить, что мириться уже поздно, поскольку император ждет результатов розыска. Демидов попытался подыскать другое обвинение: «Я-де писать не могу и как писать, не знаю, я не ябедник». И лишь после того, как Геннин разъяснил Демидову, что отказ подать письменное прошение будет равнозначен признанию его вины, тот изложил наконец два пункта претензий: 1) сооружение застав по дорогам и 2) отнятие Татищевым части пристани, устроенной на реке Чусовой (на земле казны).

Розыск по двум объявленным Демидовым пунктам не представлял затруднений. Правота Татищева была слишком очевидной, хотя позднее, в 1724 году, Геннин пристань все-таки передал Демидову. Передача (на определенных условиях) государственных предприятий частному капиталу вообще широко практиковалась, в том числе, как можно было видеть, и Татищевым. Но обязательным это, разумеется, для администратора, соблюдающего казенный интерес, не было. Проверил Геннин и другие, устные обвинения Демидова. Одно из них касалось уверения, будто по вине Татищева Демидов не может поставить медеплавильное дело. Но Демидов сам признался Геннину, что в меди он ничего не понимает и хотел бы вообще от этого дела избавиться, если бы можно было обойти предписания Берг-коллегии.

В устных обвинениях упоминалось и о взятках, которые якобы брал Татищев. Упоминание об этом в устах Демидова, который привык все и всех подкупать и покупать на Урале (но не смог купить Татищева), выглядело слишком уж ханжеским. Тем не менее Геннин рассмотрел и эту сторону обвинений. Ничего криминального в действиях и поведении Татищева он не нашел. Розыск с очными ставками был завершен к февралю 1723 года, и материалы следствия отправлены в Сенат и (копия) в Берг-коллегию. Сообщая Апраксину о завершении этого дела, Геннин как бы извинялся: «Демидова розыск да Татищева кончился. А что он на Татищева доносил, на оном розыске не доказал, или Татищев умел концы схоронить». Да и сам Демидов не настаивал более на каком-либо своем обвинении. В апреле 1723 года он будто даже благодарит Геннина: «Да спасет тебя бог за истинную твою, государь, правду, за что даждь боже вашему превосходительству быть генерал-губернатором в Сибири».

Петр I вернулся из персидского похода к концу 1722 года. В столице его ожидал ряд дел, очевидно, для него более важных, чем татищевское. «Птенцы гнезда Петрова» погрязли в склоках и казнокрадстве. Еще в 1721 году был казнен за казнокрадство бывший губернатор Сибири князь Гагарин. Умер, не дождавшись суда, знаменитый «прибыльщик» Алексей Александрович Курбатов. В отсутствие Петра продолжалось дело по очередной крупной махинации Меншикова, связанной с самовольным захватом ряда земель на Украине (так называемое почепское дело). К этому добавилось еще дело П. П. Шафирова, злоупотребления которого сопровождались недостойным поведением в Сенате. Меншикову его хищения Петр в очередной раз простил. Шафиров был приговорен к смертной казни и возведен на эшафот. Но затем дело ограничилось ссылкой в Новгород. Петру явно нужны были новые люди, готовые соблюдать не только его, но и государственные интересы.