Появление третьей генерации автокефалистов также было связано со взрывом националистических настроений на Западной Украине и совпало по времени с возрождением униатства. Зачинатели нового раскола часто в те годы объясняли свои действия необходимостью поставить заслон греко-католикам. Идея автокефалии, по их словам, лишала униатство наиболее веского аргумента в его пользу — характера “национальной” украинской церкви. Однако очень скоро стало ясно, что и уния, и автокефалия — это порождение одного и того же явления украинского сепаратизма. Правда, ориентированы они оказались на разные слои населения. И те, кто традиционно воспринимал униатство, имеющее на западе Украины трехвековую историю, как свою национальную религию, и те, кто считал верой отцов православие, в итоге оказались общими заложниками национализма, но никак не догматических, богословских, вероучительных или даже обрядовых споров и несогласий.

В этой связи важно отметить, что программа “Народного Руха” Украины имела специальный религиозный раздел, в котором были слова о необходимости борьбы “за нормализацию правового статуса разрушенных сталинщиной Украинской католической церкви (имелась в виду УГКЦ, называвшаяся так в 1989-1990 годах) и УАПЦ”. Причем перспектива возрождения УАПЦ многим политикам Галичины представлялась еще более заманчивой, чем реанимация унии: можно было ожидать потенциального экспорта автокефалистского раскола на восток Украины, где население традиционно было исключительно православным и униатство заметного отклика найти не могло.

Именно галицийское церковно-сепаратистское движение, тесно связанное с правыми политиками, реанимировало идею автокефалии Православной церкви на Украине 1921 года. Новый раскол начался под своеобразными девизами: “Рим нам не отец, но и Москва не мать” или “Самостийной державе — самостийную церковь”.

В феврале 1989 г. при активной поддержке того же “Руха” в Киеве стал действовать инициативный комитет по восстановлению УАПЦ, подтвердивший преемственную связь с УАПЦ 1921 года и призвавший украинские приходы выходить из юрисдикции Патриарха Московского.

Раскол стал набирать силу только после того, как в августе 1989 года о своем выходе из юрисдикции РПЦ вместе с приходом объявил протоиерей Владимир Ярема, настоятель львовского храма Петра и Павла. Они решили действовать в двух направлениях: искать архиерея-перебежчика среди епископата Русской церкви и одновременно завязывать контакты с эмигрантскими кругами и сохранившейся за границей “церковью”.

Но особого сотрудничества между “двумя ветвями Церкви святого Владимира”, как зачастую украинские националисты именовали УАПЦ и УГКЦ, не получилось. УГКЦ первоначально крайне негативно отнеслась к автокефалистскому расколу, видя в нем конкурента своей монополии на националистическую идею.

Для поднятия своего авторитета раскольникам был крайне необходим архиерей. Без него просто невозможно было создать хотя бы видимость каноничности и расширять свои ряды. В итоге такой архиерей-ренегат был найден в лице бывшего епископа Житомирского и Овручского Иоанна (Боднарчука), который был весьма обижен на Московский Патриархат. Это обусловило его согласие примкнуть к расколу.

В ноябре Боднарчук телеграммой объявил о своем выходе из состава епископата Русской церкви. С ним велись переговоры, однако это не возымело действия. Иоанн приглашался на заседание Священного синода РПЦ в ноябре 1989 года, но он дважды телеграфировал о своем отказе прибыть в Москву на рассмотрение своего дела. После этого за свои раскольничьи действия Иоанн определением Священного синода Русской православной церкви был лишен архиерейского сана и монашества.

Тем не менее Боднарчук никак не реагировал на это и продолжал участвовать в расколе. Автокефалисты, уже успевшие зарекомендовать себя столь же яростными поборниками национальной идеи, как и униаты, постепенно начинают завоевывать популярность среди галичан. Это позволяет раскольникам в скором времени перейти к той же практике насильственного захвата храмов Русской православной церкви, которую уже отработали греко-католики.

Архиерейский собор Русской православной церкви, проходивший в Москве 30-31 января 1990 года, уделил значительное внимание проблеме межконфессионального противостояния на западе Украины. Собор направил в адрес Председателя Верховного Совета СССР М. Горбачева телеграмму с призывом “способствовать немедленному прекращению актов насилия и беззакония” со стороны униатских и раскольничьих экстремистских кругов. Собор дал расколу наряду с унией однозначную оценку как явлению не религиозного, а политического порядка.

Важно отметить, что наряду с откровенными приверженцами украинского национализма в западноукраинских епархиях было немало клириков, которые, будучи искренними в своем православии, тем не менее полагали, что предоставление Украинскому экзархату Русской православной церкви канонической автокефалии сможет предотвратить наступление униатства.

В адрес Святейшего Патриарха Пимена и тогдашнего митрополита Киевского, Патриаршего экзарха Украины Филарета (Денисенко), стали поступать многочисленные послания от клириков из западноукраинских епархий с призывами даровать автокефалию экзархату. Ответом на это стало предоставление Архиерейским собором РПЦ 30-31 января 1990 года Украинскому и Белорусскому экзархатам более широкой автономии.

Новое положение об экзархатах давало им весьма значительную автономию в пределах Русской православной церкви, частью которой они продолжали оставаться. Экзархаты получили помимо нового наименования право иметь собственный синод, которому принадлежала бы высшая судебная, законодательная и исполнительная церковная власть. Экзархаты получили также огромную финансовую самостоятельность, что было весьма важно в условиях, когда раскольники постоянно утверждали, будто средства украинских приходов изымаются Москвой. По сути, экзархаты становились автономными церквами в пределах Патриархата.