Заказчиком «А-12» выступало ЦРУ, поэтому ударные возможности для этой машины представлялись излишними. Однако Келли Джонсон хотел в полной мере реализовать потенциал своего детища он считал, что ВВС также необходим скоростной высотный разведчик, обладающий способностью наносить удары по наземным целям. Обсуждение возможности создания такого самолета велось, начиная с 1958 года, но официальное предложение фирме «Локхид» поступило лишь в марте 1962 года К этому времени в «Сканк Уоркс» над проектом стратегического разведчика-бомбардировщика «Р-12» («R-12») работали уже больше года. Макеты двух альтернативных вариантов («R-12» и «RS-12») были готовы уже в апреле, а 4 июня их осмотрели высшие офицеры ВВС во главе с командующим, генералом Кертиссом Ли Меем. Ли Мей выступал против планов Джонсона, считая проект «RS-12» дублером бомбардировщика «ХВ-70 Валькирия». Конец спору положил министр обороны Макнамара, «похоронивший» обе программы.

Однако «похороны» «RS-12» оказались преждевременными — хитрый Джонсон изменил расшифровку «RS» с «Reconnaissance/Strike» («Разведывательный/Ударный») на «Reconnaissance Strategic» («Стратегический Разведчик») и продолжил разработку «универсального А-12», как он сам называл «RS-12».

Именно об «RS-12» говорил в своей июльской речи 1964 года президент США Джонсон, — самолет в тексте фигурировал под обозначением «РС-71» («RS-71»), но президент перепутал буквы: с его языка слетело «SR» и прочно «прилипло» к разведчику. А индекс «71» обозначал следующий за разведывательным вариантом «RS-70» бомбардировщика «Валькирия».

Контракт на изготовление шести прототипов «универсального А-12» фирма «Локхид» заключила в конце декабря 1962 года. Самолеты эти предназначались ЦРУ, а не ВВС, — военные все еще не могли решить, нужен им такой самолет или нет.

В начале 60-х годов в Штатах велись жаркие споры вокруг дальнейших путей развития стратегической разведки.

ВВС не соглашались с существовавшим положением, когда стратегические самолеты-разведчики находились в ведении ЦРУ; в свою очередь, в Управлении нашли себе «новую игрушку» — спутники-шпионы с фотоаппаратурой, обладающей высокой разрешающей способностью. В какой-то момент стороны пришли к консенсусу: все самолетыразведчики переходят в ведение ВВС, спутники же достаются ЦРУ.

Хотя ЦРУ сумело сохранить за собой уже построенные «А-12», наращивание численного парка этих машин исключалось.

Не хватало средств даже на поддержание разведчиков в состоянии, пригодном к полетам. Окончательно в свои руки программу «R-12» ВВС взяли весной 1963 года.

Главным отличием «R-12» от «А-12» являлось наличие второго члена экипажа, кабину которого оборудовали в секции, отведенной на «А-12» под отсек с фотооборудованием.

Ведущим летчиком-испытателем «SR-71» был назначен «фирменный» пилот «Сканк Уоркс» Боб Гиллиленд. 22 декабря 1964 года состоялся первый успешный полет.

Гиллиленд выписал в небе континентальной части США огромный круг, достигнув скорости в 1,5 Маха и высоты 15 244 метров.

Но были и проблемы. На первых порах особенно досаждала инженерам течь магистралей гидравлической и топливной систем. Тем не менее летом 1965 года удалось завершить большую часть программы. В целом результаты испытаний удовлетворили заказчика, за исключением дальности полета, которая оказалась на 25 % меньше требуемой.

В январе 1966 года начались испытания учебно-тренировочной модификации «СР-71Б» («SR-71B»).

Тогда же программа «SR-71» понесла первую потерю: 25 января разбился третий опытный разведчик. Из-за отказа системы управления воздухозаборником самолет потерял управление в полете на высоте 24 километров. Летчику Биллу Уиверу удалось спастись; причем Уивер потерял сознание и не помнил, каким образом он очутился под стропами парашюта, ведь его катапультируемое кресло осталось в самолете.

Видимо, из-за высокой перегрузки поток воздуха сорвал фонарь кабины и буквально вырвал летчика из кресла. Второй член экипажа, Джим Зауэр, при катапультировании погиб.

Другое тяжелое происшествие произошло 13 апреля 1967 года: «SR-71» с бортовым номером «17» потерпел аварию недалеко от Лас-Вегаса, оба члена экипажа успешно катапультировались. Причина вновь была связана с работой силовой установки. 25 ноября 1967 года в Неваде разбился 16-й построенный самолет. Экипаж в ночном полете неправильно считал показания авиагоризонта и потерял ориентацию в пространстве.

Летчики спаслись, однако очередной разведчик пришлось списать.

Последняя в ходе летных испытаний авария произошла 18 декабря 1969 года. Полет проводился в рамках отработки бортовой системы радиоэлектронной борьбы. Вскоре после выхода на сверхзвук экипаж услышал сильный хлопок, после чего произошло резкое падение тяги двигателей и потеря управляемости самолетом. Разведчик вышел на большие углы атаки и свалился на крыло. Через 11 секунд после хлопка пилоты катапультировались. Причина хлопка или взрыва так и осталась невыясненной. Вероятная причина катастрофы, скорее всего, опять была связана с работой воздухозаборника.

При незапуске воздухозаборника возникает очень большая асимметрия тяги двигателей. Самолет кренится и сваливается на крыло. Данная проблема проявилась еще на стадии проектирования «А-12». Чтобы избежать асимметрии тяги, рассматривался даже вариант установки обоих двигателей в фюзеляже, однако в конечном итоге было решено проблемы асимметрии тяги и «незапуска» воздухозаборника отдать «на откуп» автоматической системе управления. Однако «незапуск» воздухозаборников так и остался самым уязвимым местом всех самолетов серии «А-12». Со временем эту проблему удалось разрешить лишь частично путем подбора коэффициентов регулирования в системе управления и замене аналоговой системы на цифровую.