По распоряжению Сталина были арестованы все евреи — ответственные сотрудники центрального аппарата Министерства госбезопасности. Так оказались за решеткой Эйтингон, Райхман, заместители министра госбезопасности генерал-лейтенанты Питовранов и Селивановский. Арестовали и полковника в отставке Маклярского, ставшего к тому времени весьма известным кинодраматургом, специализировавшимся на сценариях из жизни разведчиков: Шварцман в своих показаниях упомянул и его. Был брошен в тюрьму и сын первого главы Советского государства Свердлова полковник Андрей Свердлов.

Вместе с этими людьми также были арестованы и их непосредственные подчиненные, по национальности русские. В МГБ и Следственной части появились новые лица из партийных органов. Они, как правило, отличались полной некомпетентностью. На волне набиравшей силу антисемитской кампании и истерии руководство Следственной части по особо важным делам МГБ специальными решениями ЦК КПСС в 1951–1953 годах было усилено Коняхиным и Месяцевым. Последний имел большой опыт работы в годы войны в качестве начальника следственного отдела во фронтовых органах военной контрразведки СМЕРШ. В 60—70-е годы Месяцев стал председателем Гостелерадио СССР, затем послом в Австралии.

Из всех арестованных «заговорщиков в МГБ» только Абакумов, Эйтингон, Питовранов и Матусов ни в чем не признали себя виновными.

Арестованные Рюминым врачи-евреи, находившиеся под следствием, обвинялись в том, что выполняли задания Абакумова. Приписывавшиеся участникам «заговора врачей» преступления казались моему отцу невероятными. Один из этих «террористов», профессор Александр Фельдман, лечил всю нашу семью, пользовался нашим полным доверием, и отец с мамой всегда поздравляли его с праздниками и посылали ему цветы.

По сценарию Рюмина в роли связного между врачами и «заговорщиками в МГБ» должна была выступать сестра Эйтингона Соня, которая якобы поддерживала связь между учеными-медиками и братом, планировавшим убийство руководителей страны.

Об арестах тогда публично не сообщалось, и сразу никто не осознавал, какие масштабы приняла эта «чистка» в МГБ. Отец вспоминал потом:

«Серьезность угрозы я почувствовал, предприняв попытку связаться с полковником Шубняковым, заместителем начальника Главного контрразведывательного управления. Попытка оказалась безуспешной, хотя мне в тот момент срочно требовалась справка-проверка на одного важного агента. Сведения, которые были мне нужны, мог дать только он, а Шубняков как в воду канул. Между тем никто не хотел внятно объяснить, куда он подевался, хотя по своему служебному положению (начальник Специального бюро по разведке и диверсиям) и званию (генерал-лейтенант) я имел на это право. Возмущенный, я позвонил Питовранову, начальнику контрразведывательной службы, но оказалось, что и с ним нельзя связаться: он таинственно исчез. Тут до меня дошло, что повторяется то же самое, что было в период массовых арестов в предвоенные годы. И Шубняков, и Питовранов к тому времени уже находились в Лефортовской тюрьме.

В 1951 году, когда арестовали Абакумова, мне позвонил Рюмин, которого только что назначили начальником Следственной части МГБ. Он заявил, что в его распоряжении имеются серьезные компрометирующие материалы на Эйтингона и его сестру. Эйтингон в тот момент находился в трехмесячной командировке в Литве. Я попросил, чтобы мне принесли эти материалы: я хотел с ними лично ознакомиться. Через час появился Рюмин с тощим досье. Против Эйтингона не было никаких данных, но против Сони были выдержки из агентурных сообщений, будто она отказывала в медицинской помощи русским, а лечила и консультировала только евреев. Я заявил Рюмину, что меня это совершенно не убеждает и Эйтингон в моих глазах по-прежнему остается надежным и заслуживающим доверия ответственным сотрудником органов безопасности. Рюмин возразил:

— А вот Центральный Комитет нашел эти данные вполне Убедительными. — И тут же, выхватив папку из моих рук, с гневным видом удалился.

Ситуация, сложившаяся в Министерстве госбезопасности была запутанной и крайне неопределенной. Министр Абакумов находился под арестом в «Матросской тишине». Однако его место оставалось вакантным — преемника не назначали. Когда я позвонил заместителю министра Огольцову с тем чтобы обсудить с ним положение с сестрой Эйтингона, он ответил:

— Это дело политическое, и рассматривать его можно лишь в ЦК партии.

По его словам, пока не будет назначен новый министр, он не будет подписывать никаких бумаг или давать какие-либо приказы.

После разговора с Огольцовым мне осталось только одно: позвонить Игнатьеву, тогдашнему секретарю ЦК партии, курировавшему работу МГБ—МВД. Он был членом созданной Сталиным комиссии ЦК по реорганизации министерства после ареста Абакумова. Меня уже вызывали на одно заседание, и я, признаюсь, критиковал руководство министерства за ошибки в проведении разведывательных и контрразведывательных операций за границей, а также в Западной Украине и Средней Азии. Игнатьев тогда сказал, что готов, если потребуется, обсудить со мной тот или иной неотложный вопрос. Когда я позвонил ему, он, казалось, с радостью согласился принять меня в ЦК на Старой площади.

Встретившись с ним, я сказал, что обеспокоен попытками оклеветать Эйтингона и его сестру, приписав им националистические взгляды. Игнатьев вызвал в кабинет Рюмина с материалами на Эйтингона и его сестру. В моем присутствии Рюмин, открыв папку, начал зачитывать крайне невразумительные показания против Эйтингона и его сестры, в которых утверждалось, что они оба проявляют враждебность по отношению к Советскому государству. На сей раз агентурные сведения, что Соня отказывалась лечить русских, даже не были упомянуты.