Дальнейшее развитие этой обители связано с активной деятельностью предприимчивого и энергичного игумена Никона — преемника преподобного Сергия, скончавшегося в 1392 году. В августе 1408 года полчища татарской конницы под водительством хана Едигея подошли к Москве и окружили город, рассчитывая взять его долгой блокадой. Месяц стояли вражеские войска под Москвой, грабя окрестные села. Был разграблен и Троицкий монастырь, однако в это время в самой Орде обострились раздоры, и Едигей, взяв с москвичей «откуп» в 3000 рублей, поспешил назад.

Когда Троицкие монахи возвратились в свою обитель, они увидели на ее месте только пепел от пожарища. С помощью великого московского князя игумен Никон отстраивает монастырь вновь, во всем следуя его прежней планировке. На месте старой церкви, где был похоронен преподобный Сергий, возводится новая — тоже деревянная, но больших размеров. В 1422 году преподобный Сергий был причислен к лику святых, его официально объявляют покровителем и заступником земли Русской, и в связи с этим над гробом его начинается возведение белокаменного Троицкого собора Поставленный «в похвалу» вьщающихся заслуг Сергия Радонежского перед Отечеством и церковью, Троицкий собор стал, таким образом, одним из первых мемориальных памятников Московской Руси.

В это же время были обретены мощи преподобного, причем обретение их сопровождалось многими чудесами и исцелением недужных и больных людей. Мощи преподобного Сергия покоятся у южной стены Троицкого собора, близ иконостаса, и по сей день источают благодать и исцеление всем, кто приходит к ним с верой. Мощи почивают в богатейшей серебряной позолоченной раке, сооруженной царем Иваном Грозным. Стенки прямоугольной (по размеру гроба) раки покрыты тонким рельефным орнаментом, на фоне которых четко выделяются накладные фигурные клейма с замысловатой вязью текстов из «Жития Сергия». Одновременно был сделан и великолепный золотой оклад на надгробную икону Сергия в рост, служившую крышкой гроба. [26] У раки Сергия Радонежского торжественным «крестоцелованием» московские князья скрепляли союзы, совершали молебны перед походами и по окончании их, крестили наследников престола и отмечали другие события. Например, в 1552 году царь Иван Грозный перед походом на Казань приходил в монастырь и пред гробом преподобного Сергия получил невидимое благословение от Святого заступника небесного. Оно осенило царя, и пали перед ним твердыни Казанского ханства.

В Троице-Сергиев монастырь рака была передана через год после смерти Ивана Грозного — уже от имени царя Федора и царицы Ирины «с молением о чадородии».

Осеняющий раку серебряный балдахин, устроенный в 1737 году императрицей Анной Иоанновной, был виртуозно выполнен в мастерской московского чеканщика Давида При-фа. Балдахин, весящий более 400 килограммов, стоит на четырех фигурных столбах и пышно украшен замысловатыми орнаментальными рельефами. Перед ракой теплится серебряная вызолоченная Неугасимая лампада, а для свеч устроен большой серебряный подсвечник.

В юго-западном углу Троицкого собора почивают останки князя Андрея Владимировича, которому село Радонеж досталось в удел по духовному завещанию его отца — князя Владимира Храброго. Кроткий и благочестивый князь Андрей принял в обители схиму с именем Саввы, и по кончине над гробом его была укреплена медная доска с летописью.

За алтарем Троицкого собора покоятся останки представителей рода Горбатых-Шуйских, и среди них — Александр Борисович Горбатый-Шуйский, один из храбрейших воевод в покорении Казанского ханства, а потом наместник его.

Искусный в делах ратных и истинный христианин, он впоследствии стал первой жертвой Ивана Грозного во второй период учиненных царем казней. Боярина обвинили в злых умыслах на жизни не только самого царя, но и покойной царицы Анастасии и вместе с 17-летним сыном Петром приговорили к смерти. Оба шли к месту казни без страха, держась за руки. Сын не хотел видеть смерти отца, и первый склонил голову под меч палача. Но отец отвел его в сторону со словами. «Да не узрю тебя мертвого!», и юноша уступил отцу. А потом поднял его отрубленную голову, поцеловал ее, взглянул на небо спокойным взором и отдал себя в руки палача.

Когда скончался преподобный Никон, над гробом его была возведена церковь, которая находится у самого входа в Троицкий собор — у правой стороны его. Строители возвели не отдельно стоящее мемориальное здание, а прислонили его к мощной стене Троицкого собора, объединив два здания и увековечив в камне духовную связь основателя монастыря и его ученика и преемника. Мощи преподобного Никона почивают под спудом в юго-западном углу придела. Позолоченная рака преподобного Никона была устроена преосвященным Платоном — митрополитом Московским. Рака была покрыта басменным серебром, а перед ней на стенах стояли разные древние иконы. Но иконостас Никоновского придела и рака преподобного Никона до настоящего времени не сохранились. Заново они были сделаны в 1950-х годах под руководством профессора Ф.Н. Мишукова.

В Троицком соборе, ближе к Никоновской церкви, покоятся останки представителей рода Воротынских, к северу — представители рода Глинских и Голицыных. Среди последних — родоначальник рода Михаил Иванович Булгаков-Голица. Взятый в плен в битве под Оршей, он 38 лет томился в литовском плену и на родину вернулся только в 1552 году. Оставшуюся жизнь он посвятил Богу, приняв в обители схиму с именем Ионы. Под западным притвором собора упокоились представители родов Одоевских и Трубецких…

К южной стороне Троицкого собора пристроен каменный притвор с широкими окнами и лепным карнизом, устроенный в 1559 году над гробом новгородского епископа Серапиона, бывшего в 1495–1506 годах игуменом монастыря. Часто этот притвор называют Серапионовой палаткой, а устроен он по преданию на месте бывшей кельи преподобного Сергия, в которой он удостоился посещения Богоматери с двумя апостолами. Здесь, на южной стороне, взорам верующих предстает икона этого благодатного видения, которая украшена серебряной позолоченной ризой, золотым венцом и короной из драгоценных камней. Близ этого образа в особых ковчегах хранятся десная (правая) рука Святого первомученика архидиакона Стефана и камень от Гроба Господня.